About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
 Symbol
Name
ID
Slc6a9
solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, glycine), member 9
MGI:95760

223 matching SNPs displayed
Full result set is also available in a tab-delimited format.


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs258117019
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117833482fSlc6a9 : Locus-Region1SNP             A  T    A/T
rs6176289
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117833786fSlc6a9 : Locus-Region3SNPTTG   T G    T  G    G/T
rs6176802
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117833876fSlc6a9 : Locus-Region2SNP      A G    A  G    A/G
rs6190262
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117834092fSlc6a9 : Locus-Region1SNP      C A            A/C
rs47525695
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117834963fSlc6a9 : Locus-Region2SNP CC      C   C  TC   C/T
rs50118976
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117835532fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP GG      G   G  A    A/G
rs32735493
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117835776fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP TC      C           C/T
rs31952510
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117836289fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP  C   T              C/T
rs48385358
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117836693fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP AT          A  T    A/T
rs46326202
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117836755fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP TC      C   T  C    C/T
rs46755510
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117837086fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP CT      T   C  T    C/T
rs46238574
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117837087fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP GA      A   G  A    A/G
rs48111644
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117837128fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP GA      A           A/G
rs32985643
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117837279fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP CT      T           C/T
rs45638043
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117837414fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP  G                  G
rs28273057
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117837537fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
3SNP GC   G           G GC/G
rs32305713
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117837670fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP CT   C  T           C/T
rs32116511
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117837769fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
3SNP TA   T  A   T  A    A/T
rs32575806
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117837880fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP  A   T  A           A/T
rs32727720
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117837881fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP  A   T  A           A/T
rs32001177
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117837882fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP  A   T  A           A/T
rs32540027
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117837971fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP AG   A  G           A/G
rs52237556
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117838028fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP AC      C           A/C
rs231575157
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117838046fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             A  C    A/C
rs51025767
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117838147fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP  G      G           G
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs51634616
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117838168fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP  G      G           G
rs48419973
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117838380fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP AG                  A/G
rs48756570
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117838547fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP AT      T           A/T
rs46034541
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117838652fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP TC      C   T  C    C/T
rs48803744
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117838712fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP TC      C           C/T
rs49524458
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117838788fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP GT      T           G/T
rs47690302
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117838837fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP TC      C           C/T
rs212116827
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117838847fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             T  A    A/T
rs243180784
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117838849fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             T  C    C/T
rs260536965
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117839360fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             C  T    C/T
rs46443154
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117839375fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP TC          T  C    C/T
rs31912628
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117839679fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
3SNP CT   C      C  T    C/T
rs32299739
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117839799fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP AC   A              A/C
rs252323631
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117840033fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             C  A    A/C
rs48352457
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117840248fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP C       A           A/C
rs219328786
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117840853fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             C  T    C/T
rs28273056
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117841366fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNPC C      CT TC  T C  C/T
rs264566180
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117841407fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             C  T    C/T
rs233541313
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117841533fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             A  G    A/G
rs28273055
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117841676fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CCCC C CCCC CC  CTCC/T
rs249800408
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117842196fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             T  G    G/T
rs45651045
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117842350fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP  G      G   A  G    A/G
rs28273054
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117842420fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CCC  T C CC C   CCCC/T
rs226831441
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117842679fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             A  T    A/T
rs244416323
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117842713fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             C  T    C/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs28273053
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117842869fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNPT T    T T C T  C TTTC/T
rs28273052
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117843243fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
3SNPGGG    A G AAG AA GAGA/G
rs28273051
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117843352fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
3SNPTTTC   C T C TCCC TCTC/T
rs108160062
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117843412fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP CC      C   C  T    C/T
rs107671638
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117843418fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP GG      G   G  A    A/G
rs28273050
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117843614fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
3SNPCCCT   C C T C  T CTCC/T
rs28273049
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117844290fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA  A   G A A      AAAA/G
rs28273048
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117844373fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GG   A G G  G   GGGA/G
rs28273047
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117844449fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC C    T C CC     CCCC/T
rs28273046
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117844549fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT TT   C T TT     TTTC/T
rs28273045
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117844687fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT T    C T T      TTTC/T
rs28273044
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117844715fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CC   C C CC C   CTCC/T
rs28273043
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117845031fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AA   G A A      AAAA/G
rs28273042
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117845363fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT T    A T T      TATA/T
rs108698978
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117845519fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP  G      G   G  A    A/G
rs28273041
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117846030fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CC   T C CC C   CCCC/T
rs28273040
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117846149fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG G    A G G      GGGA/G
rs234365206
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117847403fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             C  T    C/T
rs28273039
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117847459fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT T    A T T      TATA/T
rs252287589
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117847948fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             C  T    C/T
rs219814670
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117848225fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             T  C    C/T
rs28273038
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117848269fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
4SNPCCT   TT T T CT T CTTC/T
rs28273037
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117848284fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CC   T C CC C   CTCC/T
rs28273036
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117848367fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT T    C T        TCTC/T
rs28273035
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117848373fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNPC C      C T C  T CCCC/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs28273034
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117848396fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GG   A G GG G   GAGA/G
rs28273033
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117848435fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GG   A G GG G   GGGA/G
rs28273032
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117848452fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNPT TC   C T CCTC C TCTC/T
rs28273031
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117848531fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GG   A G GG G   GGGA/G
rs28273030
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117848566fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GG   G G G  G   GAGA/G
rs28273029
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117848860fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNPA AC   C A CCA  C ACAA/C
rs32659939
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117849141fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP CT   C  T           C/T
rs49169949
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117849143fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP GA      A           A/G
rs28273028
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117849145fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA A    G A G      AGAA/G
rs28273027
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117849386fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GG   G G AG     GGGA/G
rs32342054
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117849566fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP  T   G  T           G/T
rs28273026
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117849967fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CC     C C   C  CTCC/T
rs28273025
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117850720fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNPA AG   G A G A  G AGAA/G
rs28273024
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117851267fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
3SNPGGA   GG A G      GGGA/G
rs220706919
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117851446fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             C  T    C/T
rs28273023
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117851834fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AT        T T     AA/T
rs28273022
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117852341fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GG   G G CG     GGGC/G
rs28273021
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117852465fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
3SNPAAT      T A      AAAA/T
rs28273020
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117852509fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG G    A G G      GGGA/G
rs28273019
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117852920fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG G    T G T      GGGG/T
rs28273018
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117853114fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT T    T T C      TCTC/T
rs28273017
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117853130fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AA   G A G      AGAA/G
rs28273016
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117853149fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GG   A G GG G   GGGA/G
rs28273015
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117853382fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CCCC C CCCC CC  CTCC/T
rs28273014
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117853911fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
4SNPTTCCCCT  CCTCTCCC TCTC/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs28273013
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117853987fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GGGG   GGGG GG  GAGA/G
rs28273012
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117854225fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GGGG G GGGG GG  GAGA/G
rs28273011
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117854285fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CCCC G CCCC CC  CGCC/G
rs28273010
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117854500fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT T    C      T      C/T
rs28273009
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117854678fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AAAA   AAAA AA  AGAA/G
rs28273008
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117854700fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GGGG   GGGG GG  GAGA/G
rs28273007
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117854845fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GGGG A GGGG GG  GGGA/G
rs28273006
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117854962fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GGGG G GGGG GG  GAGA/G
rs28273005
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117855238fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CCCC T CCCC CC  CCCC/T
rs28273004
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117855298fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT TTTT C TTTT TT  TCTC/T
rs255395048
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117855426fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             G  T    G/T
rs28273003
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117855536fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNPA ACCC   ACCCACCC ACAA/C
rs28273002
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117855718fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CCCC T CCCC CC  CCCC/T
rs28273001
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117855799fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GAGG G GGGA GA  GGGA/G
rs51896489
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117856371fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP AT      T   A  T    A/T
rs28273000
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117857141fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AAAA C AAAA AA  AAAA/C
rs28272999
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117857547fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GTGG   GGGT GT  GGGG/T
rs6279491
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117857573fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP      A G            A/G
rs261619573
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117857636fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             G  A    A/G
rs28272998
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117857639fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GG G G GGAG GG  GGGA/G
rs28272997
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117857940fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNPG GGAA G GAGGGAGA GGGA/G
rs253940922
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117858055fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             G  A    A/G
rs28272996
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117858202fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CCCC T CCCC CC  CCCC/T
rs216006923
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117858327fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             G  A    A/G
rs28272995
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117858421fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNPG GAAA G GAAAGAAA GAGA/G
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs32585141
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117858459fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNPACA   C  A           A/C
rs28272994
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117858561fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT TTTT T TTTT TT  TCTC/T
rs28272993
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117858735fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AAAA A AAAA AA  AGAA/G
rs28272992
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117858837fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
3SNPCCTC CC  T TC CC  CCCC/T
rs32825522
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117858986fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
3SNPA     G  A   A  G    A/G
rs28272991
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117859097fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CCCC T CCCC CC  CCCC/T
rs28272990
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117859259fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GGGG G GGGG GG  GCGC/G
rs28272989
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117859389fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CCCC C CCCC CC  CTCC/T
rs28272988
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117859593fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GAGG G GGGA GA  GGGA/G
rs28272987
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117859820fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CTCC C CCCT CT  CCCC/T
rs32198302
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117859956fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
3SNPTTG          T  G    G/T
rs28272986
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117860176fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
4SNPTTCCCC C CCCCTCCC TCTC/T
rs28272985
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117860207fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT TTTT C TTTT TT  TTTC/T
rs261122880
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117860239fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             A  C    A/C
rs32878380
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117860599fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
3SNP GA      A   G  A    A/G
rs28272984
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117860628fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT TTTT T TTTT TT  TCTC/T
rs241835065
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117860876fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             C  T    C/T
rs251623839
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117860880fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNP             C  A    A/C
rs28272983
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117860911fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT TTTT G TTTT TT  TTTG/T
rs28272982
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117860942fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AAAA   AAAA AA  AGAA/G
rs28272981
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117860983fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT TTTT C TTTT TT  TCTC/T
rs50650824
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117861040fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP GA          G  AA   A/G
rs31866686
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117861058fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP CT   C          C   C/T
rs28272980
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117861124fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CCCC T CCCC CC  CTCC/T
rs28272979
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117861147fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AAAA A AAAA AA  ACAA/C
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs28272978
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117861204fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT TTTT G TTTT TT  TGTG/T
rs28272977
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117861426fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AAAA G AAAA AA  AGAA/G
rs28272976
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117861646fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNPC CCTT C CTCCCTCT CCCC/T
rs28272975
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117861652fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CC C C C AC CC  CCCA/C
rs28272974
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117861685fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT TTTT C TTTT TT  TCTC/T
rs28272973
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117861727fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GGGG G GGGG GG  GAGA/G
rs28272972
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117862127fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GGGG G GGGG GG  GAGA/G
rs28272971
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117862236fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNPG GGAA G GAGGGAGA GGGA/G
rs28272970
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117862282fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
4SNPTTCCCC C CCTCTCCC TTTC/T
rs28272969
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117862909fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AAAA G AAAA AA  AGAA/G
rs28272968
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117862952fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CCCC A CCCC CC  CCCA/C
rs46809121
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117863408fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNP CT      T   C  T    C/T
rs28272967
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117863757fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Coding-Synonymous
1SNPG GGGG G GGGG GG  GAGA/G
rs28272966
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117864417fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Coding-Synonymous
1SNPT TTTT T TTTT TT  TCTC/T
rs28272965
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117864706fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
2SNPT TTCC C TCCTTCTC TCTC/T
rs28272964
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117864831fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Coding-Synonymous
1SNPC CCCC C CCTC CC  CTCC/T
rs28272963
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117864943fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
4SNPAAGAGGAG GGAAAGAG AGAA/G
rs28272962
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117865096fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Coding-Synonymous
1SNPT TTTT C TTTT TT  TTTC/T
rs28272961
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117865494fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AAAA G AAGA AA  AAAA/G
rs28272960
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117865580fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GGGG A GGGG GG  GGGA/G
rs28272959
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117865819fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GGGG A GGGG GG  GGGA/G
rs28272958
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117865846fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT TTTT A TTTT TT  TATA/T
rs28272957
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117865965fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPC CCCC A CCCC CC  CACA/C
rs28272956
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117866043fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GGGG A GGGG GG  GGGA/G
rs28272955
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117866138fGm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AAAA A AAAA AA  AGAA/G
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs28272954
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117866545fCcdc24 : within coordinates of
Gm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPG GGGG A GGGG GG  GGGA/G
rs28272953
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117866890fCcdc24 : within coordinates of
Gm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPT TTTT C TTTT TT  TCTC/T
rs28272952
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117867171fCcdc24 : within coordinates of
Gm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AAAA G AAAA AA  AAAA/G
rs28272951
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117867376fCcdc24 : within coordinates of
Gm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AAAA G AAAA AA  AGAA/G
rs28272950
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117867555fCcdc24 : within coordinates of
Gm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Intron
1SNPA AAAA C AAAA AA  ACAA/C
rs28272949
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117868209fCcdc24 : within coordinates of
Gm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : Coding-Synonymous
3SNPCCTCCCCC TCCC CC  CCCC/T
rs28272948
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117868522fCcdc24 : within coordinates of
Gm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : mRNA-UTR
1SNPA AAAA A AAAA AA  ACAA/C
rs28272947
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117868537fCcdc24 : within coordinates of
Gm17114 : within coordinates of
Slc6a9 : mRNA-UTR
2SNPCCTCCCCC TCCC CC  CCCC/T
rs31962871
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117869503fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : mRNA-UTR
Slc6a9 : Locus-Region
2SNP CT      T           C/T
rs28272946
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117869536fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : mRNA-UTR
Slc6a9 : Locus-Region
1SNPC CTCC C CCTT CT  CCCC/T
rs28272945
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117869566fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : mRNA-UTR
Slc6a9 : Locus-Region
1SNPG GGGG G GGGG GG  GAGA/G
rs28272944
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117869812fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Coding-NonSynonymous
Slc6a9 : within coordinates of
1SNPA AAAA G AAAA AA  AAAA/G
rs242183375
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117869891fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Intron
Slc6a9 : within coordinates of
1SNP             T  C    C/T
rs28272943
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117869919fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Coding-NonSynonymous
Slc6a9 : within coordinates of
2SNPG GGAA G G GGGAGA GGGA/G
rs28272942
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117870033fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Intron
Slc6a9 : within coordinates of
1SNPT  TTT T TTTT TT  TGTG/T
rs28272941
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117870134fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Coding-Synonymous
Slc6a9 : within coordinates of
3SNPA GGAAA  GA G AG  AAAA/G
rs28272940
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117870390fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Intron
Slc6a9 : within coordinates of
3SNPG AAAA A AAAAGAAA GAGA/G
rs28272939
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117870508fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Intron
Slc6a9 : within coordinates of
1SNPG GGGG G GGGG GG  GAGA/G
rs28272938
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117870772fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Intron
Slc6a9 : within coordinates of
1SNPC CCCC C CCAC CC  CCCA/C
rs28272937
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117870988fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Intron
Slc6a9 : within coordinates of
1SNPG GAGG G GGGA GA  GGGA/G
rs245833050
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117871280fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Intron
Slc6a9 : within coordinates of
1SNP             G  A    A/G
rs28272936
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117871415fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Intron
Slc6a9 : within coordinates of
2SNPA AGGG G AGAGAGGG AAAA/G
rs28272935
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117871626fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Intron
Slc6a9 : within coordinates of
2SNPA AGGG   AGAGAGGG AGAA/G
rs28272934
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117871728fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Intron
Slc6a9 : within coordinates of
1SNPC CCCC C CCTC CC  CTCC/T
rs28272933
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117871908fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Intron
Slc6a9 : within coordinates of
2SNPA ACC    ACCCACCC ACAA/C
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs28272932
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117872355fB4galt2 : within coordinates of
Ccdc24 : Intron
Slc6a9 : within coordinates of
1SNPC CCCC C CCCC CC  CTCC/T
rs28272931
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117872539fB4galt2 : Locus-Region
Ccdc24 : Locus-Region
Slc6a9 : within coordinates of
2SNPC TTTT T TTTTCTTT CTCC/T
rs28272930
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117872594fB4galt2 : Locus-Region
Ccdc24 : Locus-Region
Slc6a9 : within coordinates of
1SNPC CCCC C CCCC CC  CGCC/G
rs52046154
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117872875fB4galt2 : Locus-Region
Ccdc24 : Locus-Region
Slc6a9 : within coordinates of
1SNP  A              G   A/G
rs28272929
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117872949fB4galt2 : Locus-Region
Ccdc24 : Locus-Region
Slc6a9 : within coordinates of
3SNPC CTTT T CTCTCTTTTCTCC/T
rs28272928
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117873007fB4galt2 : mRNA-UTR
B4galt2 : Noncoding-Transcript-Variant
Ccdc24 : Locus-Region
Slc6a9 : within coordinates of
3SNPG GAAA   G GAGAAAAGAGA/G
rs28272927
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117873705fB4galt2 : mRNA-UTR
B4galt2 : Noncoding-Transcript-Variant
Ccdc24 : Locus-Region
Slc6a9 : within coordinates of
3SNPGGAGGGGG AGGG GG  GGGA/G
rs13469808
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117873825rB4galt2 : Noncoding-Transcript-Variant
B4galt2 : mRNA-UTR
Ccdc24 : Locus-Region
Slc6a9 : within coordinates of
4SNPTTCCCCT  CCCCT  C TCTC/T
rs28272926
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117873850fB4galt2 : mRNA-UTR
B4galt2 : Noncoding-Transcript-Variant
Ccdc24 : Locus-Region
Slc6a9 : within coordinates of
1SNPG GGGG G GGGG GG  GAGA/G
rs28272925
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117874011fB4galt2 : Intron
Ccdc24 : Locus-Region
Slc6a9 : within coordinates of
1SNPA AAAA G AAAA AA  AGAA/G
rs28272924
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117874096fB4galt2 : Intron
Ccdc24 : Locus-Region
Slc6a9 : within coordinates of
2SNPG GTTT G GTGTGTTT GGGG/T
rs32788924
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117874238fB4galt2 : Intron
Ccdc24 : Locus-Region
Slc6a9 : within coordinates of
3SNP CT   C  T   C  T    C/T
rs32641195
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117874254fB4galt2 : Intron
Ccdc24 : Locus-Region
Slc6a9 : within coordinates of
3SNP CT   C  T   C  T    C/T
rs244009679
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117874277fB4galt2 : Intron
Ccdc24 : Locus-Region
Slc6a9 : within coordinates of
1SNP             G  A    A/G
rs31746867
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117874297fB4galt2 : Intron
Ccdc24 : Locus-Region
Slc6a9 : within coordinates of
2SNP AG   A  G           A/G
rs28272923
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117874958fB4galt2 : Intron
Slc6a9 : within coordinates of
1SNPG GGGG C GGGG GG  GGGC/G
rs49048430
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117876051fB4galt2 : Intron
Slc6a9 : 853 bp downstream of
2SNP  C      C   C  T    C/T
rs49062308
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117876296fB4galt2 : Intron
Slc6a9 : 1098 bp downstream of
2SNP  C      C   C  T    C/T
rs32551146
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117876445fB4galt2 : Intron
Slc6a9 : 1247 bp downstream of
3SNP CT   C  T   C  T    C/T
rs31840396
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117876464fB4galt2 : Intron
Slc6a9 : 1266 bp downstream of
2SNP CT   C  T           C/T
rs32484069
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117876485fB4galt2 : Intron
Slc6a9 : 1287 bp downstream of
2SNP AG   A  G           A/G
rs260091097
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117876601fB4galt2 : Intron
Slc6a9 : 1403 bp downstream of
1SNP             C  T    C/T
rs227539988
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr4:117877018fB4galt2 : Intron
Slc6a9 : 1820 bp downstream of
1SNP             G  A    A/G

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
09/09/2014
MGI 5.19
The Jackson Laboratory