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Genome
Coordinate Discrepancy The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details). |
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Symbol Name ID |
Gja1 gap junction protein, alpha 1 MGI:95713 |
| SNP ID (dbSNP Build 128) | Map Position (NCBI Build 37) |  | Gene : dbSNP Function Class | Assays (ss) | Variation Type |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Allele Summary (all strains) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs8244463 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56096255 | f | Gja1 : Locus-Region | 1 | SNP | A | A | A | A | A | G | A | A | A/G | |||||||||||||||||||||||
| rs8244464 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56097575 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A/G | |||||||||||||||||||||
| rs8244465 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56097579 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A/G | |||||||||||||||||||||
| rs8244466 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56097595 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A/G | |||||||||||||||||||||
| rs8244467 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56097722 | f | Gja1 : Intron | 1 | IN-DEL | T | T | T | - | T | T | T | T | -/T | |||||||||||||||||||||||
| rs8244468 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56097882 | f | Gja1 : Intron | 2 | SNP | G | G | G | G | G | G | G | C | G | G | G | G | G | G | G | G | G | C/G | ||||||||||||||
| rs51755480 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56099377 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | G | G | G | G | G | A | G | G | G | G | G | G | G | A/G | ||||||||||||||||||
| rs49255592 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56099658 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | G | G | G | G | G | T | G | G | G | G | G | G | G/T | |||||||||||||||||||
| rs50839526 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56100764 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | T | T | T | T | T | G | T | T | T | T | T | G/T | ||||||||||||||||||||
| rs45852778 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56100901 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A | G | A/G | ||||||||||||||||||||
| rs48515953 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56101011 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | T | T | T | T | G | T | T | T | T | G/T | ||||||||||||||||||||||
| rs49574200 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56101047 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | G | G | G | G | G | A | G | G | G | G | G | G | G | A/G | ||||||||||||||||||
| rs45975128 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56101105 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A | A/G | |||||||||||||||||||||
| rs49124852 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56101140 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A | A | A | A/G | ||||||||||||||||||
| rs48565894 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56101218 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | G | G | G | G | G | A | G | G | G | G | A/G | |||||||||||||||||||||
| rs51969459 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56101307 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | C | C | A | C | C | A | C | A/C | ||||||||||||||||||||||||
| rs51413934 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56101691 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A | A | A | A/G | ||||||||||||||||||
| rs46375975 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56102090 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | G | G | G | G | G | A | G | G | G | G | G | G | A/G | |||||||||||||||||||
| rs50901459 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56102716 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | G | G | G | G | A | G | G | G | G | G | A/G | |||||||||||||||||||||
| rs49376566 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56102901 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | T | A | A | A | A | A | A | T | A/T | |||||||||||||||||||
| rs51542747 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56103346 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A | A | A/G | |||||||||||||||||||
| rs48547868 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56103591 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | C | C | C | C | C | C/T | ||||||||||||||||
| rs48661853 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56103814 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | T | T | T | T | T | A | T | T | A | T | T | T | T | A | A | A/T | ||||||||||||||||
| rs8244435 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104064 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | C/T | |||||||||||||||||||||
| rs8244434 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104068 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | T | T | T | T | T | C | T | T | T | C/T | ||||||||||||||||||||||
| SNP ID (dbSNP Build 128) | Map Position (NCBI Build 37) | | Gene : dbSNP Function Class | Assays (ss) | Variation Type | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | Allele Summary (all strains) |
| rs8244433 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104086 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | C/T | |||||||||||||||||||||
| rs8244432 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104107 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | T | T | T | T | T | A | T | T | T | T | A/T | |||||||||||||||||||||
| rs8244431 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104109 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | T | T | T | T | T | C | T | T | T | T | C/T | |||||||||||||||||||||
| rs47689073 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104268 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | G | G | G | G | G | G | G | G | T | G | G | G | G | G | G | G/T | ||||||||||||||||
| rs8244430 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104280 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | G | G | G | G | G | A | G | G | G | A/G | ||||||||||||||||||||||
| rs8244429 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104282 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | G | G | G | G | A | G | G | A/G | ||||||||||||||||||||||||
| rs8244442 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104564 | r | Gja1 : Intron | 1 | IN-DEL | T | T | T | T | - | T | T | T | -/T | |||||||||||||||||||||||
| rs8244443 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104564 | r | Gja1 : Intron | 1 | IN-DEL | C | C | C | C | - | C | C | C | -/C | |||||||||||||||||||||||
| rs8244444 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104564 | r | Gja1 : Intron | 1 | IN-DEL | C | C | C | C | - | C | C | C | -/C | |||||||||||||||||||||||
| rs8244441 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104615 | r | Gja1 : Intron | 1 | IN-DEL | A | A | A | A | - | A | A | A | -/A | |||||||||||||||||||||||
| rs8244440 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104616 | r | Gja1 : Intron | 1 | IN-DEL | A | A | A | A | - | A | A | A | -/A | |||||||||||||||||||||||
| rs8244439 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104617 | r | Gja1 : Intron | 1 | IN-DEL | A | A | A | A | - | A | A | A | -/A | |||||||||||||||||||||||
| rs8244438 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104618 | r | Gja1 : Intron | 1 | IN-DEL | A | A | A | A | - | A | A | A | -/A | |||||||||||||||||||||||
| rs8244437 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104620 | r | Gja1 : Intron | 1 | IN-DEL | T | T | T | T | - | T | T | T | -/T | |||||||||||||||||||||||
| rs46955504 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104686 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | G | G | G | G | G | G | G | G | G | G | G | G | G | G | A | A/G | ||||||||||||||||
| rs8244436 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104708 | r | Gja1 : Intron | 2 | SNP | C | C | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | C | C | C | C | C | C | C | C/T | ||||||||||||
| rs45775098 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104949 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A/G | ||||||||||||||||
| rs48022145 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56104996 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | G | A | A/G | ||||||||||||||||
| rs8244454 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105026 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | T | T | T | T | T | C | T | T | T | C/T | ||||||||||||||||||||||
| rs8244453 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105036 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | C | C | C | C | C | A | C | C | C | A/C | ||||||||||||||||||||||
| rs8244452 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105078 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A/G | |||||||||||||||||||||
| rs8244451 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105079 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A/G | |||||||||||||||||||||
| rs8244450 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105082 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | G | G | G | G | G | A | G | G | G | G | A/G | |||||||||||||||||||||
| rs8244449 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105129 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | T | T | T | T | T | C | T | T | T | T | C/T | |||||||||||||||||||||
| rs8244448 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105145 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | G | G | G | G | G | A | G | G | G | G | A/G | |||||||||||||||||||||
| SNP ID (dbSNP Build 128) | Map Position (NCBI Build 37) | | Gene : dbSNP Function Class | Assays (ss) | Variation Type | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | Allele Summary (all strains) |
| rs8244447 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105162 | r | Gja1 : Intron | 2 | SNP | T | T | T | T | T | T | C | T | T | T | T | T | T | C/T | ||||||||||||||||||
| rs47931180 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105195 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | C | C | C | C | C | C | C | C | C | C | C | C | C | T | C | C/T | ||||||||||||||||
| rs8244446 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105222 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | T | T | T | T | C | T | T | T | T | C/T | ||||||||||||||||||||||
| rs8244445 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105240 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A/G | |||||||||||||||||||||
| rs50795764 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105540 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | C | C | C | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | T | C | C/T | ||||||||||||||||
| rs47635291 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105542 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | C | C | C | C/T | ||||||||||||||||||
| rs8244456 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105876 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A/G | ||||||||||||||||||||||
| rs8244455 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56105880 | r | Gja1 : Intron | 1 | SNP | T | T | T | T | C | T | T | T | T | C/T | ||||||||||||||||||||||
| rs51459499 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56106029 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A | A | A/G | ||||||||||||||||
| rs47848932 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56106128 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | C | C | C | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | T | C | C/T | ||||||||||||||||
| rs50956989 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56106174 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | G | A | A/G | |||||||||||||||||
| rs47295745 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56106578 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | C | C | C | C | C | C/T | ||||||||||||||||
| rs46694856 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56106910 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A/G | ||||||||||||||||
| rs49609967 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56107037 | f | Gja1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | A | A | A | C | A | A | A | A | A | A | A/C | ||||||||||||||||
| rs46006719 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56107472 | f | Gja1 : Coding-Synonymous | 1 | SNP | G | G | G | G | G | G | G | G | G | G | G | G | G | G | A | A/G | ||||||||||||||||
| rs8260768 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56107529 | f | Gja1 : Coding-Synonymous | 1 | SNP | C | C | C | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | C | C | C/T | ||||||||||||||||
| rs8244462 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56107943 | r | Gja1 : Coding-Synonymous | 1 | SNP | G | G | G | G | G | A | G | G | G | G | A/G | |||||||||||||||||||||
| rs50037117 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56108132 | f | Gja1 : Coding-Synonymous | 1 | SNP | C | C | C | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | T | C | C/T | ||||||||||||||||
| rs8236417 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56108375 | f | Gja1 : Coding-Synonymous | 3 | SNP | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | C/T | |||||||||||||||||||||
| rs8237360 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56108424 | f | Gja1 : Coding-NonSynonymous | 3 | SNP | A | A | A | A | A | A | A | C | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A/C | |||||||||||
| rs8237361 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56108685 | f | Gja1 : mRNA-UTR | 2 | SNP | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A/G | |||||||||||||||||||||
| rs51242609 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56109014 | f | Gja1 : mRNA-UTR | 1 | SNP | G | G | G | G | G | G | G | G | A | G | G | G | G | A | G | A/G | ||||||||||||||||
| rs8244457 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56109085 | f | Gja1 : mRNA-UTR | 1 | IN-DEL | G | G | G | - | G | G | -/G | |||||||||||||||||||||||||
| rs8244458 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56109086 | f | Gja1 : mRNA-UTR | 1 | IN-DEL | G | G | G | - | G | G | -/G | |||||||||||||||||||||||||
| rs8244459 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56109087 | f | Gja1 : mRNA-UTR | 1 | IN-DEL | T | T | T | - | T | T | -/T | |||||||||||||||||||||||||
| SNP ID (dbSNP Build 128) | Map Position (NCBI Build 37) | | Gene : dbSNP Function Class | Assays (ss) | Variation Type | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | Allele Summary (all strains) |
| rs3091116 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56109234 | f | Gja1 : mRNA-UTR | 1 | SNP | A | G | G | G | G | G | G | G | A/G | |||||||||||||||||||||||
| rs47693169 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56109307 | f | Gja1 : mRNA-UTR | 1 | SNP | C | C | C | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | T | C | C/T | ||||||||||||||||
| rs8244461 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56109386 | r | Gja1 : mRNA-UTR | 1 | SNP | C | C | C | G | C | C | C | C/G | ||||||||||||||||||||||||
| rs8244460 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56109449 | r | Gja1 : mRNA-UTR | 1 | SNP | T | T | T | C | T | T | T | C/T | ||||||||||||||||||||||||
| rs48316349 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56109677 | f | Gja1 : mRNA-UTR | 1 | SNP | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | G | A | A/G | ||||||||||||||||
| rs45635352 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr10:56110533 | f | Gja1 : Locus-Region | 1 | SNP | C | C | C | C | C | C | C | C | A | C | C | C | C | A | C | A/C |
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc |
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last database update 05/22/2013 MGI 5.13 |
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