About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
Genome Coordinate Discrepancy
The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details).
 Symbol
Name
ID
Cc2d1a
coiled-coil and C2 domain containing 1A
MGI:2384831

105 matching SNPs displayed


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33434317
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86654834fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Coding-NonSynonymous
2SNP GG   AGGAA   GG A/G
rs50655213
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86654907fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Coding-Synonymous
1SNP   GGG G GG   GA A/G
rs46451479
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86654926fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Coding-NonSynonymous
1SNPG    G A GG   GG A/G
rs46887913
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86655210fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Intron
1SNP       G GG   TT G/T
rs48937654
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86655261fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Intron
1SNP    T  C CC   TCCC/T
rs46365765
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86655283fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Intron
1SNPA A AA A AA   AG A/G
rs48443651
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86655544fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Intron
1SNPC CCCC T CCC  CC C/T
rs46991167
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86655559fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Intron
1SNP  TTTT T TT   ATTA/T
rs51264354
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86655678fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Intron
1SNP         CC   CT C/T
rs45734746
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86655749fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Intron
1SNP         TC   C  C/T
rs46565724
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86655866fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Coding-NonSynonymous
1SNP  CC C C TC   CCCC/T
rs47554204
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86655976fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Intron
1SNP       A AA   GGAA/G
rs50121794
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86656124fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Coding-NonSynonymous
1SNP       C TC    C C/T
rs50183435
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86656468fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Locus-Region
1SNPT      C CC   TCCC/T
rs50042833
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86656509fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Locus-Region
1SNPG  G G G GG   GAGA/G
rs48949477
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86656585fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Locus-Region
1SNPC CCCC T CC   CCCC/T
rs50266789
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86656645fCc2d1a : Locus-Region
Podnl1 : Locus-Region
1SNP       C TT   CT C/T
rs46584271
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86657375fCc2d1a : Coding-Synonymous1SNP   A A A GG   AG A/G
rs33569206
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86657762fCc2d1a : Coding-NonSynonymous2SNP  A   GG  G   AG A/G
rs51460723
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86658170fCc2d1a : Intron1SNPG GGGG A GGG  GA A/G
rs47196006
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86658321fCc2d1a : Intron1SNPC CCCC C CCC  CTCC/T
rs33305902
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86658443fCc2d1a : Intron2SNP GGGG TTGTT   GTTG/T
rs32726591
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86658727fCc2d1a : Intron2SNP GG   AGGAA   GGGA/G
rs32968166
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86658736fCc2d1a : Intron1SNP GG   A G        A/G
rs32620389
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86658747fCc2d1a : Intron1SNP AA   G A        A/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs32698742
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86658755fCc2d1a : Intron1SNP CC   T C        C/T
rs45906624
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86658832fCc2d1a : Coding-Synonymous1SNP   CC  C CC   CT C/T
rs32877365
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86659102fCc2d1a : Intron1SNPC C   G C        C/G
rs32665330
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86659107fCc2d1a : Intron1SNPG G   T G        G/T
rs50447961
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86659164fCc2d1a : Intron1SNP  GGGG A GG   GG A/G
rs33026506
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86659425fCc2d1a : Intron1SNP GG   A G        A/G
rs32748706
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86659603fCc2d1a : Intron2SNPAAA A CCACC   ACCA/C
rs33579031
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86659936fCc2d1a : Intron2SNPAAA   G AGG   AA A/G
rs51234609
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86660454fCc2d1a : Intron1SNPA AAAA G AA   AAAA/G
rs51538740
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86660475fCc2d1a : Intron1SNPG  GG  A GG   GG A/G
rs47941699
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86660541fCc2d1a : Intron1SNPC CCCC T CC   CC C/T
rs33129736
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86660986fCc2d1a : Coding-Synonymous2SNPAAAAAAGGAGGAAAAGAA/G
rs32704592
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86661270fCc2d1a : Intron2SNPGGGGGGAGGAAGGGGAGA/G
rs51150203
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86661364fCc2d1a : Intron1SNPA AAAA TAAAAAAAAAA/T
rs49693470
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86661771fCc2d1a : Intron1SNPG GGGG TGGGGGGGGGG/T
rs32795319
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86661915fCc2d1a : Intron2SNPA AAAAGGAGGAAAGGAA/G
rs32889437
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86661930fCc2d1a : Intron2SNPC CCCCTCCTCCCCCCCC/T
rs33115479
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86661961fCc2d1a : Intron1SNP  T   C T        C/T
rs32535890
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86662173fCc2d1a : Intron2SNPT TTTTCTTCCTTTTCTC/T
rs51005524
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86662303fCc2d1a : Intron1SNPA AAAA CAAAAAAAAAA/C
rs48550006
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86662316fCc2d1a : Intron1SNPA AAAA GAAAAAAAAAA/G
rs46431087
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86662548fCc2d1a : Intron1SNPC CCCC  CC CCCT CC/T
rs51811878
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86662726fCc2d1a : Coding-NonSynonymous1SNPA CAAC  CCCCACCCCA/C
rs48472254
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86662762fCc2d1a : Intron1SNPA AAAA GAAAAAAAAAA/G
rs51520788
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86662800fCc2d1a : Intron1SNPC CCCC GCCCCCCCCCC/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33300702
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86662918fCc2d1a : Intron1SNP  A   G A        A/G
rs32866818
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86663213fCc2d1a : Coding-Synonymous2SNPG AGGA GAGGAGAGGAA/G
rs32581703
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86663380fCc2d1a : Intron1SNP TT   C T        C/T
rs51576267
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86663686fCc2d1a : Intron1SNPG GGGG GGGGGGGAGGA/G
rs50028268
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86664186fCc2d1a : Coding-Synonymous1SNPG GGGG GGGGGGGGGAA/G
rs47570783
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86664298fCc2d1a : Coding-Synonymous1SNPA AAAA GAAAAAAAAAA/G
rs3714661
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86664842fCc2d1a : Intron3SNPAAAAAAGAAGGAAAAGAA/G
rs3714662
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86664843fCc2d1a : Intron2SNP GA  AG A        A/G
rs32920915
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86665474fCc2d1a : Intron1SNPAAT   A T        A/T
rs33221343
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86665481fCc2d1a : Intron1SNPTTT   C T        C/T
rs32597248
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86665731fCc2d1a : Intron2SNPTTTTTTCTTCCTTTTCTC/T
rs3662136
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86666006fCc2d1a : Intron3SNPC CCCCTCCTTCCCCTCC/T
rs3663287
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86666200fCc2d1a : Intron2SNP  C C T C        C/T
rs32617307
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86666509fCc2d1a : Intron1SNP  C   T C        C/T
rs46160365
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86666640fCc2d1a : Intron1SNPC CCCC CCCCCCCTCCC/T
rs33271060
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86666931fCc2d1a : Intron1SNPA G   G G        A/G
rs32647662
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86666965fCc2d1a : Intron1SNPTTG   G G        G/T
rs32671730
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86667114fCc2d1a : Intron1SNPAAA   G A        A/G
rs13460724
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86667368rCc2d1a : Coding-NonSynonymous2SNPCCCCCCTCCTCCCCCCCC/T
rs51469392
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86667716fCc2d1a : Intron1SNPT TTTT CTTTTTTTTTC/T
rs33311563
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86667835fCc2d1a : Intron2SNPAAAAAAGGAGGAAAAGAA/G
rs32793698
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86668113fCc2d1a : Coding-Synonymous1SNP  A   C A        A/C
rs33550840
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86668340fCc2d1a : Intron1SNP  T   C T        C/T
rs33160164
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86668348fCc2d1a : Intron1SNP  T   C T        C/T
rs32583845
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86668396fCc2d1a : Intron1SNP GG   C G        C/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33504365
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86668427fCc2d1a : Intron2SNPCCCCCCTTCTTCCCCTCC/T
rs32588560
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86668615fCc2d1a : Intron1SNP CT   C T        C/T
rs32780731
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86668652fCc2d1a : Intron1SNP GG   A G        A/G
rs33138086
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86668716fCc2d1a : Intron2SNPGGGGGGAAGAAGGGGAGA/G
rs32787171
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86669046fCc2d1a : Intron2SNPAAAAAAGGAGGAAAAGAA/G
rs33067630
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86669076fCc2d1a : Intron2SNPGGGGGGAGGAAGG GAGA/G
rs32797379
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86669143fCc2d1a : Intron1SNPGG    A G        A/G
rs33251753
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86669146fCc2d1a : Intron1SNPCC    T C        C/T
rs32668359
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86669199fCc2d1a : Intron1SNPGG    A G        A/G
rs32610892
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86669497fCc2d1a : Intron1SNPAAA   G A        A/G
rs33097796
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86669537fCc2d1a : Intron1SNPTTT   C T        C/T
rs32539033
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86669704fCc2d1a : Intron1SNP TT   C T        C/T
rs32605259
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86669767fCc2d1a : Intron1SNP GG   A G        A/G
rs32870686
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86669832fCc2d1a : Intron1SNP GG   T G        G/T
rs33374750
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86670106f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Intron
1SNP CC   T C        C/T
rs32575881
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86670154f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Intron
1SNP CC   T C        C/T
rs32772794
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86670408f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Intron
2SNPAAAAAAGAAGGAAAAGAA/G
rs49712637
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86670523f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Intron
1SNPG GGGG GGGGAGAAGAA/G
rs33225556
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86670586f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Intron
2SNPCCCCCCTCCTTCCCCTCC/T
rs33135966
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86670694f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Intron
2SNP? C   T CTT GG T C/G/T
rs32780740
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86670695f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Intron
1SNPC C   T C        C/T
rs33383040
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86670861f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Intron
1SNPGGG   A G        A/G
rs33394523
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86670911f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Intron
1SNPGGG   A G        A/G
rs3712313
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86671109f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Intron
1SNP    C T          C/T
rs3712316
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86671111f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Intron
2SNPA AAAAGAAGGAAAAGAA/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs3714170
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86671367f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Intron
2SNPA AAAACCACCAAAACAA/C
rs51077306
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86671491f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Intron
1SNPA AAAA AAAAGAGGAGA/G
rs32607561
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86671711f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Locus-Region
1SNPT T   C          C/T
rs32567176
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86671999f4930432K21Rik : Locus-Region
Cc2d1a : Locus-Region
2SNPTTTTTTATTAATTTTATA/T
rs33236830
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr8:86672148f4930432K21Rik : mRNA-UTR
Cc2d1a : Locus-Region
2SNPAAAAAAGAAGGAAAAGAA/G

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
05/08/2013
MGI 5.13
The Jackson Laboratory