About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
 Symbol
Name
ID
Mmp1a
matrix metallopeptidase 1a (interstitial collagenase)
MGI:1933846

101 matching SNPs displayed
Full result set is also available in a tab-delimited format.
Exclude SNPs that map to multiple locations

Legend
*The reference flanking sequence for this SNP maps to multiple locations in the mouse genome.
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs49484219 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7370937fMmp1b : within coordinates of1SNPG GGGG G GGGGGG GAGA/G
rs38797585 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7375673rMmp1b : within coordinates of1SNPC TTTT    TC  T T  C/T
rs37747672 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7375706rMmp1b : within coordinates of1SNPC CCCC    CT  C C CC/T
rs36239705 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7386540rMmp1b : within coordinates of2SNPA AAAA G AAGAAA AGAA/G
rs36239669 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7386548rMmp1b : within coordinates of2SNPG GGGG T GGGGGG GGGG/T
rs36365089 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7386600rMmp1b : within coordinates of1SNPC CCCC T CCCCCC CCCC/T
rs36239512 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7386613rMmp1b : within coordinates of2SNPT TTTT C TT TTT T TC/T
rs36239108 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7386995rMmp1b : within coordinates of2SNPG GGGG A GGAGGG GAGA/G
rs36239575 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7388742r 2SNPA AAAA G AAAA A A AA/G
rs36239604 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7388760r 2SNPC CCCC A CCCCCC C CA/C
rs52566355
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462158fMmp1a : Locus-Region1SNP TT            C   C/T
rs52426066
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462168fMmp1a : Locus-Region1SNP TT            C   C/T
rs52447519
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462177fMmp1a : Locus-Region1SNP  G            A   A/G
rs52101028
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462228fMmp1a : Locus-Region1SNP CC      C     T   C/T
rs51923896
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462257fMmp1a : Locus-Region1SNP CC            A   A/C
rs47454978
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462278fMmp1a : Locus-Region1SNP GG      G     C   C/G
rs47153721
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462310fMmp1a : Locus-Region1SNP AA      A     G   A/G
rs30613449
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462313rMmp1a : Locus-Region3SNPGGAGAA G AAGAGAGG GA/G
rs36949123
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462325fMmp1a : Locus-Region1SNPC CCCC G CCCCCC C CC/G
rs50128776
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462348fMmp1a : Locus-Region1SNP  G            A   A/G
rs46396257
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462352fMmp1a : Locus-Region1SNP GG            T   G/T
rs36821951
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462413fMmp1a : Locus-Region2SNPTTTTTT T TTGTTTGT TG/T
rs48574575
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462428fMmp1a : Locus-Region1SNP GG            C   C/G
rs36796903
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462461fMmp1a : Locus-Region1SNPA AAAA G AAGAAA A AA/G
rs47478288
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462497fMmp1a : Locus-Region1SNP TT      T     C   C/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs45911653
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462513fMmp1a : Locus-Region1SNP GG            A   A/G
rs36282195
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462565fMmp1a : Locus-Region1SNPC CCCC G CC CCC C CC/G
rs48249052
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462586fMmp1a : Locus-Region1SNP  A            G   A/G
rs51702894
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7462596fMmp1a : Locus-Region1SNP AA      A     G   A/G
rs37754456
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7463256fMmp1a : Locus-Region1SNPC CCCC   CCTCCC C CC/T
rs36312511
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7463338fMmp1a : Locus-Region1SNPA AAAA T AAAAAA A AA/T
rs36239604 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7463383fMmp1a : 758 bp upstream of2SNPC CCCC A CCCCCC C CA/C
rs36239575 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7463401fMmp1a : 740 bp upstream of2SNPA AAAA G AAAA A A AA/G
rs36239457
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7463431fMmp1a : Locus-Region2SNPG GGGG C GGCGGG G ?C/G
rs37895568
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7463921fMmp1a : Locus-Region1SNPG GGGG A GGAGGG G GA/G
rs36262401
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7464010fMmp1a : Locus-Region1SNPC CCCC C CCCCTC T CC/T
rs37945421
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7464202fMmp1a : Coding-Synonymous1SNPA TTTT T TTTTTT T TA/T
rs38084772
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7464309fMmp1a : Intron1SNPG GGGG A GGAGGG G GA/G
rs38028208
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7464585fMmp1a : Intron1SNPT TTTT C TTCTTT T TC/T
rs38828205
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7464614fMmp1a : Intron1SNPG GGGG G GGTGGG G GG/T
rs36239696
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7464896fMmp1a : Coding-Synonymous2SNPC CCCC C CCACCC CACA/C
rs36239108 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7464983fMmp1a : within coordinates of2SNPG GGGG A GGAGGG GAGA/G
rs36238329
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7465068fMmp1a : Coding-NonSynonymous2SNPC CCCC T CCCCCC CCCC/T
rs36239046
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7465102fMmp1a : Coding-Synonymous2SNPA AAAA A AATAAA A AA/T
rs36806064
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7465144fMmp1a : Intron1SNPT TTTT C TTC TT T TC/T
rs36239410
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7465161fMmp1a : Intron2SNPG GGGG A GGAGGG G GA/G
rs36239512 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7465367fMmp1a : within coordinates of2SNPT TTTT C TT TTT T TC/T
rs36365089 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7465380fMmp1a : within coordinates of1SNPC CCCC T CCCCCC CCCC/T
rs36239669 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7465432fMmp1a : within coordinates of2SNPG GGGG T GGGGGG GGGG/T
rs36239705 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7465440fMmp1a : within coordinates of2SNPA AAAA G AAGAAA AGAA/G
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs36449133
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7465843fMmp1a : Intron1SNPC CCCC G CCGCCC C CC/G
rs37712467
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7465855fMmp1a : Intron1SNPT TTTT C TT TTT T TC/T
rs36572861
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7466733fMmp1a : Intron1SNPT T  T C  TC T     C/T
rs39172001
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7466856fMmp1a : Intron1SNPA AAAA G AAGAAA AGAA/G
rs36259681
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7467390fMmp1a : Intron1SNPA AAAA G AAGAAA A AA/G
rs38167523
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7467574fMmp1a : Intron1SNPC CCCC T CCTCCC C CC/T
rs38048049
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7467919fMmp1a : Intron1SNPA AA A G AAG AA A AA/G
rs37312789
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7467980fMmp1a : Intron1SNPC CCC  T CCTCCC C CC/T
rs37582294
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7468213fMmp1a : Intron1SNPC CCCC T CCTCCC C CC/T
rs30585272
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7468935rMmp1a : Intron1SNP CA   C  C         A/C
rs49840989
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7470120fMmp1a : Intron1SNP  T      T     C   C/T
rs49924485
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7470182fMmp1a : Intron1SNP         T     G   G/T
rs47846177
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7470187fMmp1a : Intron1SNP  G      G     C   C/G
rs47544555
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7470201fMmp1a : Intron1SNP CC      C     G   C/G
rs51860196
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7470238fMmp1a : Intron1SNP GG      G     A   A/G
rs49113399
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7470290fMmp1a : Intron1SNP CC      C     T   C/T
rs46279951
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7470332fMmp1a : Intron1SNP GG      G     A   A/G
rs51951680
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7470344fMmp1a : Intron1SNP GG      G     T   G/T
rs47114351
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7470632fMmp1a : Intron1SNP GG      G     T   G/T
rs36663028
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7473290fMmp1a : Intron1SNPC CCCC   CCTC C C CC/T
rs37747672 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7473641fMmp1a : within coordinates of1SNPC CCCC    CT  C C CC/T
rs38797585 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7473674fMmp1a : within coordinates of1SNPC TTTT    TC  T T  C/T
rs6164555
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7473679fMmp1a : Intron1SNP      C T          C/T
rs6164565
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7473680fMmp1a : Intron1SNP      C G          C/G
rs6164568
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7473687fMmp1a : Intron1SNP      A G          A/G
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs37726939
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7473827fMmp1a : Intron1SNPT TTTT T TTCT T T TC/T
rs6165555
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7473840fMmp1a : Intron1SNP      C G          C/G
rs6166078
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7473922fMmp1a : Intron2SNPA AAAAAACAACAAA ACAA/C
rs6166175
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7473985fMmp1a : Intron1SNP      A G          A/G
rs6166176
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7473987fMmp1a : Intron1SNP      T G          G/T
rs49484219 *
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7474015rMmp1a : within coordinates of1SNPG GGGG G GGGGGG GAGA/G
rs6180425
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7474280fMmp1a : Intron1SNP      T A          A/T
rs36750978
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7474463fMmp1a : Intron1SNPC CCCC   CCA  C C CA/C
rs36420600
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7474541fMmp1a : Intron1SNPA AAAA A AAGA A A AA/G
rs37071155
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7475209fMmp1a : Intron1SNPC CCCC C CCGC C C CC/G
rs37069428
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7475243fMmp1a : Intron1SNPA AAAA    AGA A AGAA/G
rs36394604
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7475320fMmp1a : Coding-Synonymous1SNPT TTTT T TTCTTT T TC/T
rs38514675
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7475560fMmp1a : Intron1SNPA AAAA   AAG  A A AA/G
rs37536060
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7475784fMmp1a : Intron1SNPT TTTT T TTCTTT TCTC/T
rs36881717
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7475860fMmp1a : Intron1SNPG GGGG   GGAGGG G GA/G
rs37086224
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7476266fMmp1a : Coding-NonSynonymous1SNPC CCCC   CCTCCC C CC/T
rs37303166
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7476673fMmp1a : mRNA-UTR1SNP  TCTT   TTCT T C CC/T
rs36703190
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7476818fMmp1a : mRNA-UTR1SNPG GGGG   GGA GG G GA/G
rs38474970
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7476905fMmp1a : Locus-Region1SNPG GGGG   GGTGGG G GG/T
rs36797746
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7477281fMmp1a : Locus-Region1SNPC CCCC    CG  C C CC/G
rs36273224
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7477349fMmp1a : Locus-Region1SNPC CCCC C CCTCCC C CC/T
rs37839020
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7477360fMmp1a : Locus-Region1SNPA AAAA A AACA A A AA/C
rs37595465
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7477414fMmp1a : 545 bp downstream of1SNPT TTTT   TTCT T T TC/T
rs36345534
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7477449fMmp1a : 580 bp downstream of1SNP  TT T    TC  T T TC/T
rs37276462
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7477595fMmp1a : 726 bp downstream of1SNPA AAAA   AAGA A A AA/G
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs36468233
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr9:7477610fMmp1a : 741 bp downstream of1SNPA AAAA    AT  A A AA/T

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
12/16/2014
MGI 5.20
The Jackson Laboratory