About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
Genome Coordinate Discrepancy
The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details).
 Symbol
Name
ID
Ctns
cystinosis, nephropathic
MGI:1932872

143 matching SNPs displayed


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs26903287
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72995491fCtns : Locus-Region
Tax1bp3 : mRNA-UTR
1SNPG GGGG G GGAGGGAAGA/G
rs26903286
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72995538fCtns : Locus-Region
Tax1bp3 : mRNA-UTR
1SNPC TCCC C CCCCCCCCCC/T
rs26903285
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72995630fCtns : Locus-Region
Tax1bp3 : Locus-Region
1SNPA CAAA A AACAAACC A/C
rs26903284
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72995658fCtns : Locus-Region
Tax1bp3 : Locus-Region
1SNPT CTTT T TT TTTCC C/T
rs26903283
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72995715fCtns : Locus-Region
Tax1bp3 : Locus-Region
1SNPT  TTT T TTCTTTCC C/T
rs26903282
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72995974fCtns : Locus-Region
Tax1bp3 : Locus-Region
1SNPA GAAA A AAAAAAAAAA/G
rs26903281
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72996031fCtns : Locus-Region
Tax1bp3 : Locus-Region
1SNPA AAAA A AA AAAGG A/G
rs26903280
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72996101fCtns : Locus-Region1SNP    T          AA A/T
rs26903279
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72996602fCtns : Locus-Region1SNPC TCCC C CCCCCCCCCC/T
rs26903278
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72996697fCtns : mRNA-UTR1SNPG GGGG G GGGGGGAAGA/G
rs26903277
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72996750fCtns : mRNA-UTR2SNPTTGTTTTT TTGTTTGG G/T
rs29471626
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72996899fCtns : mRNA-UTR1SNP CT   C           C/T
rs26903276
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72996926fCtns : mRNA-UTR2SNPAAGAAAAA AAGAAAGGAA/G
rs26903275
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72997453fCtns : mRNA-UTR1SNPA AAAA A AAGAAAAA A/G
rs26903274
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72997515fCtns : mRNA-UTR1SNPG AGGG G GGAGGGGGGA/G
rs26903273
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72997578fCtns : mRNA-UTR1SNPG GGGG G GGCGGGGGGC/G
rs26903272
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72997678fCtns : mRNA-UTR1SNPC TCCC C CCTCCCCC C/T
rs26903271
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72997751fCtns : mRNA-UTR2SNPC TCCCCC CCTCCCCC C/T
rs29405948
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72998335fCtns : mRNA-UTR1SNP  C   T  T        C/T
rs26903270
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72998428fCtns : Coding-Synonymous2SNPA GAAAAA AAGAAAAAAA/G
rs26903269
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72998483fCtns : Coding-Synonymous1SNPA AAAA A AAGAAAAA A/G
rs29480574
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72998759fCtns : Coding-Synonymous1SNP  A      G        A/G
rs29446116
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72998881fCtns : Intron1SNP  C      T        C/T
rs26903268
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72998902fCtns : Intron1SNPC CCCC C CCGCCCCC C/G
rs26889167
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72998961fCtns : Intron2SNPTTATTT T TTTTTTTT A/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs29413086
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999035fCtns : Intron1SNP CT      C        C/T
rs6378779
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999063fCtns : Intron1SNP      C G         C/G
rs6379299
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999150fCtns : Intron1SNP      A G         A/G
rs29474359
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999235fCtns : Intron1SNP CT   C  C        C/T
rs26889166
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999242fCtns : Intron2SNPAACAAAAA AACAAACCAA/C
rs26889165
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999389fCtns : Intron1SNPC CCCC C CCGCCCGGCC/G
rs26889164
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999419fCtns : Intron1SNPA AAAA A AACAAACCAA/C
rs26889163
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999485fCtns : Intron2SNPTTCTTTTT TTTTTTCCTC/T
rs26889162
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999522fCtns : Intron2SNPTTCTTTTT TTCTTTCC C/T
rs26889161
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999731fCtns : Intron1SNPC  CCC C CCCCCCTTCC/T
rs29459204
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999732fCtns : Intron1SNP GA   G  G        A/G
rs26889160
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999868fCtns : Coding-NonSynonymous2SNPT CTTT T TTCTTTCCTC/T
rs26889159
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999917fCtns : Coding-Synonymous1SNPT CTTT T TTCTTTCC C/T
rs26889158
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999947fCtns : Coding-Synonymous1SNPA GAAA A AAGAAAGGAA/G
rs26889157
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:72999986fCtns : Intron1SNPG GGGG G GGGGGGAAGA/G
rs26889156
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73000283fCtns : Intron2SNPTTCTTT T TTCTTTCCTC/T
rs26889155
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73000319fCtns : Intron2SNPCCTCCCCC CCCCCCCC C/T
rs26889154
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73000344fCtns : Intron1SNPC CCCC C CCACCCCCCA/C
rs26889153
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73000546fCtns : Intron2SNPAAGAAAAA AAGAAAGG A/G
rs26889152
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73000602fCtns : Intron2SNPGGTGGGGG GGGGGGGGGG/T
rs29458103
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73000730fCtns : Intron1SNP CT   C  C        C/T
rs26889151
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73000825fCtns : Intron2SNPCCTCCCCC CCCCCCCCCC/T
rs29433337
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73000986fCtns : Intron1SNP TC   T  T        C/T
rs26889150
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001066fCtns : Coding-Synonymous2SNPGGAGGGGG GGAGGGGGGA/G
rs26889149
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001105fCtns : Coding-Synonymous2SNPGGAGGGGG GGAGGGAAGA/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs29438421
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001153fCtns : Intron1SNP TG               G/T
rs29396958
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001159fCtns : Intron1SNP TG               G/T
rs26889148
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001234fCtns : Intron1SNPC GCCC C CC CCCCCCC/G
rs26889147
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001317fCtns : Coding-Synonymous1SNPA GAAA A AAGAAAAAAA/G
rs26889146
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001354fCtns : Intron1SNPC CCCC C CCCCCCAACA/C
rs26889145
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001458fCtns : Intron2SNPTTCTTT T TTCTTTCC C/T
rs29411653
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001515fCtns : Intron1SNP CT   C           C/T
rs29428165
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001515fCtns : Intron1SNP TC   T           C/T
rs32986386
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001545fCtns : Intron1SNP CT   C           C/T
rs26889144
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001559fCtns : Intron1SNPA AAAA A AACAAAAA A/C
rs26889143
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001576fCtns : Intron2SNPTTCTTTTT TTCTTTCCTC/T
rs26889142
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001719fCtns : Intron2SNPTTCTTTTT TTCTTTTT C/T
rs29413265
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001738fCtns : Intron1SNP TA   T           A/T
rs29438808
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73001811fCtns : Intron1SNP CT   C           C/T
rs6173662
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73002385fCtns : Intron3SNPGGCGGGGGCGGCGGGCCGC/G
rs6174173
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73002433fCtns : Intron3SNPCCGCCCCCGCCGCCCCCCC/G
rs6174698
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73002507fCtns : Intron3SNPTTCTTTTTCTTCTTTCCTC/T
rs26889141
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73002562fCtns : Intron2SNPCCGCCCCC CCGCCCCCCC/G
rs29482106
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73002626fCtns : Intron1SNP CA   C  C        A/C
rs26889140
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73002635fCtns : Intron1SNPA GAAA A AAAAAAAAAA/G
rs26889139
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73002840fCtns : Intron2SNPT CTTTTT TTCTTTCCTC/T
rs29444148
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73002923fCtns : Intron1SNP  T   C  C        C/T
rs29479265
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73002928fCtns : Intron1SNP  A   T  T        A/T
rs29462578
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73002929fCtns : Intron1SNP  A   C  C        A/C
rs26889138
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73003328fCtns : Intron1SNPC TCCC C CCTCCCTTCC/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs26889137
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73003348fCtns : Intron1SNPG AGGG G GGGGGGGGGA/G
rs26889136
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73003399fCtns : Intron1SNPT  TTT T TTTTTTCCTC/T
rs26889135
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73003547fCtns : Intron1SNPA AAAA A AATAAAAAAA/T
rs26889134
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73003637fCtns : Intron1SNPG GGGG G GGAGGGAAGA/G
rs26889133
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73003731fCtns : Intron1SNPA TAAA A AAAAAAAAAA/T
rs26889132
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73003929fCtns : Intron1SNPA  AAA A AACAAA CAA/C
rs26889131
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73004023fCtns : Intron1SNPG TGGG G GGGGGGTTGG/T
rs26889130
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73004251fCtns : Intron1SNPT CTTT T TTCTTTCCTC/T
rs26889129
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73004374fCtns : Intron1SNPG AGGG G GGAGGGAAGA/G
rs29470368
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73004442fCtns : Intron1SNP  G   A  A        A/G
rs26889128
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73004621fCtns : Intron2SNPTTCTTTTT TTCTTTCCTC/T
rs26889127
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73004669fCtns : Intron2SNPCCGCCCCC CCGCCCGGCC/G
rs26889126
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73004774fCtns : Intron1SNPA CAAA A AAAAAAAAAA/C
rs26889125
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73004793fCtns : Intron1SNPA GAAA A AAGAAAGGAA/G
rs26889124
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73004878fCtns : Intron1SNPG GGGG G GGAGGGGGGA/G
rs26889123
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73005093fCtns : Intron1SNPC ACCC C CC CCCAACA/C
rs26889122
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73005105fCtns : Intron1SNPA AAAA A AATAAAAAAA/T
rs26889121
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73005156fCtns : Intron1SNPC TCCC C CCCCCCTTCC/T
rs26889120
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73005227fCtns : Coding-NonSynonymous1SNPC TCCC C CCCCCCTTCC/T
rs26889119
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73005292fCtns : Intron1SNPT CTTT T TT TTTCCTC/T
rs26889118
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73005323fCtns : Intron1SNPT TTTT T TTCTTTTTTC/T
rs26889117
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73005395fCtns : Intron1SNPC TCCC C CCCCCCTTCC/T
rs26889116
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73005468fCtns : Intron1SNPA CAAA A AAAAAACCAA/C
rs26889115
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73005604fCtns : Intron1SNPA CAAA A AACAAACCAA/C
rs26889114
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73005663fCtns : Intron1SNPT CTTT T TTCTTTCCTC/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs26889113
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73005778fCtns : Intron1SNPC TCCC C CCCCCCTTCC/T
rs26889112
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73005854fCtns : Intron1SNPC TCCC C CCCCCCTTCC/T
rs26889111
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73006029fCtns : Intron1SNPT CTTT T TTCTTTCCTC/T
rs6394157
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73006148fCtns : Intron1SNP      A C         A/C
rs6394213
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73006183fCtns : Intron2SNPT  TTTTTCTT TTTCCTC/T
rs6394592
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73006189fCtns : Intron1SNP      A G         A/G
rs6394609
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73006200fCtns : Intron1SNP      C T         C/T
rs6394624
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73006211fCtns : Intron1SNP      C T         C/T
rs26889110
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73006227fCtns : Intron1SNPA AAAA A AATAAA  AA/T
rs26889109
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73006233fCtns : Intron1SNPG GGGG G GGGGGGAAGA/G
rs6395213
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73006336fCtns : Intron2SNPC GCCCCCGCCGCCCGGCC/G
rs26889108
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73006373fCtns : Intron1SNPC CCCC C CCTCCCCCCC/T
rs6410005
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73006710fCtns : Intron1SNP      G A         A/G
rs26889107
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73006772fCtns : Intron1SNPG GGGG G GGAGGGGGGA/G
rs26889106
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73007091fCtns : Intron1SNPC CCCC C CCTCCCCCCC/T
rs26889105
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73007213fCtns : Intron1SNPG GGGG G GGCGGGGGGC/G
rs26889104
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73007245fCtns : Intron1SNPC CCCC C CCCCCCTTCC/T
rs26889103
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73007379fCtns : Intron2SNPTTGTTTTT TTGTTTG TG/T
rs26889102
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73007458fCtns : Intron1SNPC CCCC C CCTCCCCCCC/T
rs26889101
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73007571fCtns : Intron1SNPG GGGG G GGAGGGGGGA/G
rs26889100
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73007684fCtns : Intron2SNPG CGGGGG GGGGGGCCGC/G
rs26889099
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73007755fCtns : Intron2SNPG TGGGGG GGTGGGGGGG/T
rs26889098
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73008129fCtns : Intron2SNPCCACCCCC CC CCCAACA/C
rs29453501
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73008327fCtns : Intron1SNPAAC   A  A        A/C
rs29424032
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73008494fCtns : Intron1SNPCCT      C        C/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs29432832
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73008797fCtns : Intron1SNPGGA   G  G        A/G
rs29411806
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73009037fCtns : Intron1SNP GA   G  G        A/G
rs26889097
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73009173fCtns : Intron1SNPA AAAA A AAAAAAGGAA/G
rs26889096
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73009308fCtns : Intron1SNPC CCCC C CCCCCCTTCC/T
rs26889095
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73009569fCtns : Intron2SNPGGAGGGGG GGAGGGGGGA/G
rs26889094
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73009682fCtns : Intron1SNPG GGGG G GGAGGGGGGA/G
rs26889093
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73009878fCtns : Intron1SNPT TTTT   TTCTTTCC C/T
rs26889092
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73010402fCtns : Intron1SNPT TTTT T TTGTTTTT G/T
rs26889091
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73010418fCtns : Intron1SNPG GGGG G GGGGGGAA A/G
rs26889090
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73010798fCtns : Intron1SNPT TTTT T TTCTTTTT C/T
rs26889089
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73011163fCtns : Intron
Shpk : Locus-Region
1SNPA AAAA A AAGAAAAAAA/G
rs26889088
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73011322fCtns : Intron
Shpk : Locus-Region
2SNPA TAAAAA A  AAAAA A/T
rs26889087
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73011647fCtns : Intron
Shpk : Locus-Region
1SNPC CCCC C CCCCCCCG C/G
rs26889086
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73012446fCtns : mRNA-UTR
Shpk : Locus-Region
1SNPA AAAA A AACAAACC A/C
rs26889085
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73012576fCtns : Locus-Region
Shpk : Locus-Region
1SNPG GGGG G GGGGGGCCGC/G
rs26889084
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73012605fCtns : Locus-Region
Shpk : Locus-Region
1SNPT TTTT T TTTTTTATTA/T
rs26889083
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73012917fCtns : Locus-Region
Shpk : Locus-Region
1SNPT TTTT C TTCTTTCCCC/T
rs26889082
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:73012978fCtns : Locus-Region
Shpk : Locus-Region
1SNPC CCCC C CCCCCCTCCC/T

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
05/08/2013
MGI 5.13
The Jackson Laboratory