About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
Genome Coordinate Discrepancy
The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details).
 Symbol
Name
ID
Icos
inducible T cell co-stimulator
MGI:1858745

126 matching SNPs displayed


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs29752476
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61032878fIcos : Locus-Region1SNP  AAA  A AGA   AGAA/G
rs29752479
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61033208fIcos : Locus-Region1SNP   TT  G  TT   TGTG/T
rs3161942
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61033226fIcos : Locus-Region1SNP   GG     GG   GGCC/G
rs29753434
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61033226fIcos : Locus-Region1SNP   AA  G  AA   AAAA/G
rs29753437
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61033804fIcos : Locus-Region1SNP   A   G  GA   GGAA/G
rs29753440
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61033966fIcos : Locus-Region1SNP   CC     GC   CGCC/G
rs29753443
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61034795fIcos : mRNA-UTR1SNP   TT     CT   CTTC/T
rs3161944
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61034822fIcos : Coding-NonSynonymous1SNP   AA  G  GA   GGGA/G
rs29754348
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61035140fIcos : Intron1SNP   TT     TT   CCTC/T
rs29754351
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61035182fIcos : Intron1SNP    C  C  CC   CTCC/T
rs29755134
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61035270fIcos : Intron1SNP  AAA    ATA   TTAA/T
rs3161945
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61035422fIcos : Intron1SNP    G  G  GG   GGTG/T
rs29755139
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61035581fIcos : Intron1SNP   AA  C  AA   ACAA/C
rs29755142
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61035634fIcos : Intron1SNP   A   G  AA   AGAA/G
rs3161946
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61035696fIcos : Intron1SNP   AA  G AGA   GGGA/G
rs29755837
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61035874fIcos : Intron1SNP   GG  G GGG   GAGA/G
rs29755840
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61035915fIcos : Intron1SNP  GGG  G GAG   AGGA/G
rs29755843
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61035982fIcos : Intron1SNP   CC  C CCC   ACCA/C
rs29748916
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61036850fIcos : Intron1SNP   AA  A  AA   ACAA/C
rs29748919
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61036965fIcos : Intron1SNP   G   A  GG   GGGA/G
rs29748922
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61037244fIcos : Intron1SNP  GGG  G GAG   GGGA/G
rs3157946
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61037500fIcos : Intron1SNP   CC  T  CC   TTTC/T
rs29749657
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61037713fIcos : Intron1SNP  TTT  T  TT   TGTG/T
rs29749660
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61037755fIcos : Intron1SNP   TT  C  TT   CTTC/T
rs29749663
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61038187fIcos : Intron1SNP   TT  T  TT   CTTC/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs29750546
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61038442fIcos : Intron1SNPC CCCC  CCTC CCTTCC/T
rs29750549
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61038456fIcos : Intron1SNPC CCCC TCCCC CCTCCC/T
rs3157948
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61038581fIcos : Intron1SNPT TG T TTTGG TTG TG/T
rs29751534
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61039045fIcos : Intron1SNPA AA A AAACA AAA AA/C
rs29751537
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61039090fIcos : Intron1SNPT TT T TTTCT TTT TC/T
rs29751540
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61039106fIcos : Intron1SNPC CC C CCCCC CCT CC/T
rs29751543
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61039131fIcos : Intron1SNPC CCCC CCCTC CCCTCC/T
rs29752506
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61039232fIcos : Intron1SNPG GG G  GGGG GGT GG/T
rs29752509
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61039248fIcos : Intron1SNPT TTTT TTTGT TT  TG/T
rs29752512
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61039255fIcos : Intron1SNP  CC C C C C CCT CC/T
rs29753285
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61039295fIcos : Intron1SNPC CCCC TCCCC CCTCCC/T
rs29753288
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61039307fIcos : Intron1SNPT TT T  TTTT TTATTA/T
rs29753291
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61039460fIcos : Intron1SNPT TTTT TTTCT TTC TC/T
rs29754244
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61039699fIcos : Intron1SNPG GG G GGGCG GGG GC/G
rs29754247
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61039952fIcos : Intron1SNPT TTTT TTTCT TT CTC/T
rs3161948
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61040136fIcos : Intron1SNPG GA G GGGGA GG GGA/G
rs29754252
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61040227fIcos : Intron1SNPA AAAA AAACA AA  AA/C
rs29755045
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61040786fIcos : Intron1SNPA AA A GAAGA AA  AA/G
rs29755048
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61041140fIcos : Intron1SNP   A A  AAGA    GAA/G
rs29755051
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61041353fIcos : Intron1SNPC CC C CCCTC CC TCC/T
rs29755764
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61041403fIcos : Intron1SNPA AA A  AACA AA  AA/C
rs29755767
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61041797fIcos : Intron1SNPA AA A AAAAA AA GAA/G
rs29755770
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61041932fIcos : Intron1SNPT TTTT TTTCT TT CTC/T
rs29755773
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61042693fIcos : Intron1SNPG GGGG GGGAG GGGGGA/G
rs3161949
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61042787fIcos : Intron1SNPT TATT TTTTA TTTTTA/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs3162164
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61042873fIcos : Intron1SNP   G A  AAAG A A AA/G
rs3158193
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61042918fIcos : Intron1SNPC CTCC TCCTT CCT CC/T
rs29748997
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61043066fIcos : Intron1SNPC CC C CCCTC CCC CC/T
rs3157950
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61043090fIcos : Intron1SNPC CA C CCCCA CCCCCA/C
rs29749002
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61043247fIcos : Intron1SNPC CCCC CCCCC CCTCCC/T
rs3157951
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61043334fIcos : Intron1SNPG GA G GGGGA GGGGGA/G
rs3162173
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61043968fIcos : Intron1SNPA AG A  AAGG AAG AA/G
rs29749989
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61044145fIcos : Intron1SNPG GG G GGGAG GGG GA/G
rs30579208
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61044823rIcos : Intron1SNP  A     C         A/C
rs3158211
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61046045fIcos : Intron1SNPA AG A  AAGG AAG AA/G
rs29751304
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61046211fIcos : Intron1SNPG GGGG GGGGG GGAGGA/G
rs29751307
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61046235fIcos : Intron1SNPA AA A  AAAA  AG AA/G
rs3157953
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61046271fIcos : Intron1SNPT TCTT CTTCC TTC TC/T
rs29751312
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61046454fIcos : Intron1SNPG GGGG GGGCG GGG GC/G
rs3157954
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61046474fIcos : Intron1SNPA AT A TAATT AAT AA/T
rs29752237
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61046899fIcos : Intron1SNPA AA A AAATA AAA AA/T
rs29752240
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61047009fIcos : Intron1SNPA AAAA  AAGA AAA AA/G
rs3162195
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61047025fIcos : Intron1SNPT TCTT TTTTC TTCTTC/T
rs29753345
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61047338fIcos : Intron1SNPC CC C CCCTC CCC CC/T
rs29753348
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61047356fIcos : Intron1SNPC CCCC CCCTC CCC CC/T
rs3158229
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61047371fIcos : Intron1SNPA AG A  AAGG AAG AA/G
rs3158231
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61047390fIcos : Intron1SNPC CG C GCCGG CCG CC/G
rs3158236
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61047716fIcos : Intron1SNPG GT G GGGGT GGGGGG/T
rs29754377
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61047817fIcos : Intron1SNPA AA A  AACA AAAAAA/C
rs29754380
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61047846fIcos : Intron1SNPC CCCC CCCCC CCCTCC/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs29754383
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61047861fIcos : Intron1SNPT TT T  TTGT TTTTTG/T
rs3162202
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61047902fIcos : Intron1SNPT TG T GTTGG  TGGTG/T
rs29755168
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61048619fIcos : Intron1SNPG GG G GGGAG GGGGGA/G
rs3158242
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61048744fIcos : Intron1SNPA AG A AAAGG AAGGAA/G
rs29755173
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61048885fIcos : Intron1SNPG GG G GGGAG GGGGGA/G
rs29756126
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61048938fIcos : Intron1SNPC CC C  CCTC CCCCCC/T
rs29756129
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61049007fIcos : Intron1SNPC CC C  CCTC CCCCCC/T
rs29756132
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61049073fIcos : Intron1SNPG GG G GGGAG GGGGGA/G
rs29756975
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61049378fIcos : Intron1SNPC CC C CCCTC CCCCCC/T
rs29756978
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61049570fIcos : Intron1SNP  AA A  AA A  AACAA/C
rs3157956
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61049654fIcos : Intron1SNPT TA T TTTTA TTTTTA/T
rs29749056
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61049709fIcos : Intron1SNPC CCCC  CCTC CCCCCC/T
rs31422130
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61049875fIcos : Intron1SNP CC   C C         C
rs29749059
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61050065fIcos : Intron1SNPG GGGG  GGTG GGGGGG/T
rs29749062
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61050127fIcos : Intron1SNPC CCCC CCCCC CCCTCC/T
rs29749965
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61050163fIcos : Intron1SNPG GG G GGGTG GGGTGG/T
rs3157957
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61050201fIcos : Intron1SNPG GT G GG GT GGGGGG/T
rs29749970
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61050366fIcos : Intron1SNPA AAAA GAAGA AAAAAA/G
rs29749973
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61050379fIcos : Intron1SNPC CCCC CCCGC CCCCCC/G
rs29750926
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61050592fIcos : Coding-Synonymous1SNPT TT T  TTCT TTTTTC/T
rs4222390
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61050676rIcos : Coding-Synonymous1SNP  G GGGAG   G     A/G
rs4222389
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61050763rIcos : Coding-Synonymous1SNP  G GGGAG   G     A/G
rs4222388
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61050766rIcos : Coding-Synonymous1SNP  A AAAGA   A     A/G
rs4222386
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61050926rIcos : Intron2SNPT TTTTTGTTGTTTTTTTG/T
rs4222385
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61050936rIcos : Intron1SNP  G GGGAG   G     A/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs29750931
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61051044fIcos : Intron1SNPT TT T TTTCT TTTTTC/T
rs29751844
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61051155fIcos : Intron1SNPG GG G  GGAG GGGGGA/G
rs29751847
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61051238fIcos : Intron1SNPA AA A AAAGA AAAAAA/G
rs29751850
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61051263fIcos : Intron1SNPC CC C  CCTC CCCCCC/T
rs29751853
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61051329fIcos : Intron1SNPG GG G  GGAG GGGGGA/G
rs3162138
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61051680fIcos : Intron1SNPT TCTT TTTTC TTTTTC/T
rs29752868
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61051756fIcos : Intron1SNPG  G G GGGTG GGGGGG/T
rs29752871
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61051849fIcos : Intron1SNPC CC C CCCTC CCCCCC/T
rs29753864
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61051861fIcos : Intron1SNPT TTTT TTTCT TTTTTC/T
rs29753866
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61051892fIcos : Intron1SNPT TT T TTTCT TTTTTC/T
rs29753869
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61053225fIcos : Intron1SNP  A      A A   AGAA/G
rs3161953
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61053502fIcos : Intron1SNPA AT A  AAAT AAAAAA/T
rs29754914
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61054035fIcos : Intron1SNPG GGGG GGGGG GGGAGA/G
rs29754917
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61054115fIcos : Intron1SNPG GGGG GGGGG GGGAGA/G
rs29754920
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61054400fIcos : Intron1SNPA AAAA AAAAA AAAGAA/G
rs29754923
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61054415fIcos : Intron1SNPA AA A  AAGA AAAGAA/G
rs29755586
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61054983fIcos : mRNA-UTR1SNPA AA A  AAGA AAAAAA/G
rs29755589
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61055067fIcos : mRNA-UTR1SNPC CC C CCCCC CCTCCC/T
rs29755592
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61055551fIcos : mRNA-UTR1SNPG GG G GGGAG GGGGGA/G
rs3158189
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61055651fIcos : mRNA-UTR1SNPG GAGG GGGGA GGGGGA/G
rs29756487
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61055803fIcos : mRNA-UTR1SNPA AAAA  AAGA AAAGAA/G
rs29756490
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61055861fIcos : mRNA-UTR1SNPG GG G GGGGG GGTGGG/T
rs29756493
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61056146fIcos : Locus-Region1SNPG GG G GGGAG GGGAGA/G
rs29757566
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61056192fIcos : Locus-Region1SNPG GG G GGGGG GGGAGA/G
rs29750036
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61056395fIcos : Locus-Region1SNPA AA A  AAGA AAA AA/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs29750039
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:61056426fIcos : Locus-Region1SNPT TT T TTTTT TTTCTC/T

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
05/08/2013
MGI 5.13
The Jackson Laboratory