About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
Genome Coordinate Discrepancy
The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details).
 Symbol
Name
ID
Slamf6
SLAM family member 6
MGI:1353620

103 matching SNPs displayed


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs31530047
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173846578fSlamf6 : Locus-Region1SNPG GGGG  G GGC   C        G        G    GC/G
rs31530046
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173846665fSlamf6 : Locus-Region1SNPT CTTC  C   C   T        C      C C     C/T
rs31530045
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173846686fSlamf6 : Locus-Region1SNP  CC C  T   C   T        T      T C     C/T
rs31303918
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173846791fSlamf6 : Locus-Region1SNP GG   A   G                             A/G
rs31530044
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173848279fSlamf6 : Intron1SNPG GG G  A   G   G        G      G G     A/G
rs31529223
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173848429fSlamf6 : Intron1SNPG G  G  G   G   G        A      A G     A/G
rs31529222
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173848494fSlamf6 : Intron1SNPT T  T  C   T   T        T      T T     C/T
rs31529221
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173848655fSlamf6 : Intron1SNP  T     C   C            C      C T     C/T
rs32700001
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173848883fSlamf6 : Intron1SNPTTT   C   T                             C/T
rs31529220
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173849052fSlamf6 : Intron1SNP  G  G  G   G   A        G      G G     A/G
rs31529219
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173849366fSlamf6 : Intron1SNPT T  T  C   T            T      T T     C/T
rs31529218
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173849392fSlamf6 : Intron1SNPG G  G  A   G   G        G      G G     A/G
rs31529217
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173849400fSlamf6 : Intron1SNPA A  A  A   C   A        A      A A     A/C
rs31529216
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173849445fSlamf6 : Intron1SNPA A  A  C   A   A        A      A A     A/C
rs31744171
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173850771fSlamf6 : Intron1SNP  C   T   C                             C/T
rs31529215
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173850807fSlamf6 : Intron1SNPA T     T   T   A        T      T T     A/T
rs31486503
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173851196fSlamf6 : Intron1SNP GA   G   G                             A/G
rs31529214
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173851459fSlamf6 : Intron2SNP GT  GT T G T   T        T      T T     G/T
rs31528133
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173851524fSlamf6 : Intron2SNPGGA GGG G G G            A      A A     A/G
rs31330565
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173851901fSlamf6 : Intron2SNPAAGAAA    AAGA  G        G      G G    GA/G
rs31879444
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173851921fSlamf6 : Intron1SNP AG       A                             A/G
rs31528132
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173851998fSlamf6 : Intron1SNPC CCCC    CCGC  G        C      C C    CC/G
rs31780420
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173852081fSlamf6 : Intron1SNP AG       A                             A/G
rs32221099
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173852139fSlamf6 : Intron1SNP TC       T                             C/T
rs31561650
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173852276fSlamf6 : Intron1SNP AG       A                             A/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs32092876
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173852557fSlamf6 : Intron1SNP GG   A   G                             A/G
rs31528131
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173852720fSlamf6 : Intron2SNPGGAGGGA   GGAG  A        A      A A     A/G
rs31156041
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173852765fSlamf6 : Intron2SNPGG   GA   GGAG  A                       A/G
rs32699269
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173852772fSlamf6 : Intron1SNP TT   C   T                             C/T
rs31830651
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173852844fSlamf6 : Intron1SNP CT   C   C                             C/T
rs32407190
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173853006fSlamf6 : Intron1SNP GA   G   G                             A/G
rs30617702
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173853050fSlamf6 : Intron1SNP CT   C   C                             C/T
rs32714688
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173853089fSlamf6 : Intron1SNP GA   G   G                             A/G
rs31037580
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173853205fSlamf6 : Intron1SNP GA       G                             A/G
rs32257245
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173853249fSlamf6 : Intron1SNP TC                                     C/T
rs31867818
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173853397fSlamf6 : Intron1SNP AT                                     A/T
rs31344836
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173853707fSlamf6 : Intron1SNP  C   T                                 C/T
rs30600850
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173854495fSlamf6 : Intron1SNP TC       T                             C/T
rs31809478
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173855577fSlamf6 : Intron1SNP  A   G   G                             A/G
rs32681397
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173855610fSlamf6 : Intron1SNP  C   T   T                             C/T
rs3700053
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173855650fSlamf6 : Intron2SNP  T T G   T                             G/T
rs31045098
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173858634fSlamf6 : Intron1SNP CC   T   C                             C/T
rs32025822
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173859105fSlamf6 : Intron1SNP  C   A   A                             A/C
rs3654041
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173859208fSlamf6 : Intron3SNPC CCCCG   CCGC  G        C      C C    CC/G
rs31528130
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173859836fSlamf6 : Intron1SNPA AAAA    AAAA  A        G      G A    AA/G
rs31528129
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173860377fSlamf6 : Intron1SNPC CCCC    CTCC  C        C      C C     C/T
rs31341226
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173861785fSlamf6 : Intron2SNPAAAAAAG   AAGA  G        A      A A    AA/G
rs31528128
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173861839fSlamf6 : Intron1SNPC CC C    CCAC  A        C      C C    CA/C
rs32506637
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173862171fSlamf6 : Intron1SNP AA   G   A                             A/G
rs32768914
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173862340fSlamf6 : Intron1SNPAAA   T   A                             A/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs31420188
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173862716fSlamf6 : Intron2SNPAAAAAAT   AATA  T        A      A A    AA/T
rs31528127
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173862812fSlamf6 : Intron2SNPAAAAAAG   AAGA  G        A      A A     A/G
rs32413526
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173862867fSlamf6 : Intron1SNPTTT   C   T                             C/T
rs13476238
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173863835fSlamf6 : Intron3SNPAATAAATT TATTAAT TTAAAATTTAATTTATTTAATATA/T
rs31566538
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173866150fSlamf6 : Intron1SNP GG   A   G                             A/G
rs31528126
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173866456fSlamf6 : Intron2SNPAAG AAA G AA             A      A G    AA/G
rs31528125
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173866496fSlamf6 : Intron1SNPA AAAA    ATAA           A      A A    TA/T
rs30944892
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173866590fSlamf6 : Intron2SNPCCC CCT   CTTC           C      C C     C/T
rs31528124
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173866605fSlamf6 : Coding-Synonymous2SNP TT  TC   TCCT  T                 T    CC/T
rs32743535
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173867292fSlamf6 : Intron1SNP AA   G   A                             A/G
rs3710340
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173868197fSlamf6 : Coding-Synonymous2SNPA AAAAT A AATA           A      A A    AA/T
rs3710856
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173868254fSlamf6 : Intron2SNPC CCCCT T CTTC           C        C    TC/T
rs3712789
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173868552fSlamf6 : Intron2SNPT T TTC   TTCT           T      T T    TC/T
rs31535162
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173868639fSlamf6 : Intron2SNPGGGGGGA   GGAG           G      G G    GA/G
rs30694832
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173868666fSlamf6 : Intron2SNPAAGAAAG   AGGA           A      A G    GA/G
rs31243630
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173868859fSlamf6 : Intron2SNPTTTTTTC C TCCT           T      T T    CC/T
rs31535161
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173868998fSlamf6 : Intron2SNPTTTTTTC   TTCT           T      T T    TC/T
rs30807790
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173869018fSlamf6 : Intron2SNPCCCCCCT   CCTC           C      C C    CC/T
rs30946924
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173869350fSlamf6 : Intron2SNPC CCCCT T CTT                   C C    TC/T
rs31550633
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173869468fSlamf6 : Intron1SNP  T   G   T                             G/T
rs30936521
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173869470fSlamf6 : Intron1SNP  T   C   T                             C/T
rs31468848
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173869648fSlamf6 : Intron1SNP  C   T   C                             C/T
rs31535160
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173869711fSlamf6 : Intron2SNP  T   C   TCC                           C/T
rs31535159
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173869740fSlamf6 : Intron1SNPC CCCC    C TC           C      C C     C/T
rs31535158
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173869743fSlamf6 : Intron1SNPA A AA    ACA            A      A A    CA/C
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs31535157
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173869858fSlamf6 : Intron1SNPC CCCC    CTCC           C      C C    TC/T
rs31535156
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173869870fSlamf6 : Intron2SNPT TTTTC   TTCT           T      T T    TC/T
rs31535155
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173869935fSlamf6 : Intron1SNPT TTTT    TATT           T      T T    AA/T
rs32215556
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173869968fSlamf6 : Intron1SNP      A   G                             A/G
rs32500371
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173870082fSlamf6 : Intron1SNP  G   A   G                             A/G
rs31535154
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173870545fSlamf6 : Intron1SNPG G GG    GGCG           G        G     C/G
rs31534303
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173870593fSlamf6 : Intron1SNPT T TT    TCCT           T      T T    CC/T
rs31534302
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173870606fSlamf6 : Intron1SNPG G GG    GGTG           G      G G    GG/T
rs31534301
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173871245fSlamf6 : Intron1SNPA           C                     A     A/C
rs31534300
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173871439fSlamf6 : Intron1SNPA AA A    AGAA  A        A      A A    GA/G
rs31534299
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173871645fSlamf6 : Intron1SNPT TTTT    TTCT  T        T      T T    TC/T
rs31874597
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173872282fSlamf6 : Intron1SNP AA   C                                 A/C
rs31278661
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173872376fSlamf6 : Intron1SNP GG   A                                 A/G
rs31534298
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173872521fSlamf6 : Intron1SNPG GGGG    GAGG  G        G      G G    AA/G
rs31534297
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173872571fSlamf6 : Intron1SNPT TTTT  C TTCT           T      T T    TC/T
rs31534296
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173872648fSlamf6 : Intron1SNPG GGGG    GAGG           G      G G    AA/G
rs31534295
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173872711fSlamf6 : Coding-Synonymous1SNPT TTTT    TTCT           T      T T    TC/T
rs31534294
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173872733fSlamf6 : mRNA-UTR1SNPG G GG  G GGAG           G      G G    GA/G
rs31533413
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173872975fSlamf6 : mRNA-UTR1SNPC CCCC  T CCTC  T        C      C C    CC/T
rs31533412
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173873029fSlamf6 : mRNA-UTR1SNPT    T    TTCT           T      T       C/T
rs31533411
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173873172fSlamf6 : mRNA-UTR2SNPCCC CCT   CCTC           C        C     C/T
rs31533410
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173873184fSlamf6 : mRNA-UTR2SNPCCC  CT   C TC           C        C     C/T
rs31533409
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173873187fSlamf6 : mRNA-UTR1SNP     A     GA            A        A     A/G
rs31533408
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173873508fSlamf6 : mRNA-UTR2SNPAAAAAAT   AATA           A      A A    AA/T
rs31533407
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173873526fSlamf6 : mRNA-UTR2SNPAAAAAAG   AAGA           A      A A    AA/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs30801950
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173873628fSlamf6 : mRNA-UTR2SNPTTTTTTC C TCCT           T      T T    CC/T
rs31533406
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173873993fSlamf6 : mRNA-UTR2SNPTTT   A   TTAT           T      T T    TA/T
rs31402366
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:173874307fSlamf6 : Locus-Region1SNPCCC   T   C                             C/T

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
05/08/2013
MGI 5.13
The Jackson Laboratory