About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
Genome Coordinate Discrepancy
The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details).
 Symbol
Name
ID
Clcn5
chloride channel 5
MGI:99486

106 matching SNPs displayed


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33332977
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6734722fClcn5 : Locus-Region1SNPC CCCC TC TCC CTCC/T
rs33332980
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6734845fClcn5 : Locus-Region1SNPC CCCC CC ACCCCACA/C
rs33332983
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6735795fClcn5 : Locus-Region1SNPC CC      T   CTCC/T
rs33333866
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6735878fClcn5 : Locus-Region1SNPT TTTT CT CTTTTCTC/T
rs33333869
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6736475fClcn5 : Locus-Region1SNPA AAAA AA GAAAAGAA/G
rs33333872
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6736606fClcn5 : mRNA-UTR1SNPG GGGG GG GGGGGAGA/G
rs33334735
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6737007fClcn5 : Intron1SNPC CCCC  C TCCCCTCC/T
rs33334738
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6737034fClcn5 : Intron1SNPT TTTT CT CTTTTCTC/T
rs33334740
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6737311fClcn5 : Intron1SNPC CCCC CC TCCCCTCC/T
rs33334743
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6737354fClcn5 : Intron1SNPT TTTT  T C TT CTC/T
rs33335716
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6737427fClcn5 : Intron1SNPC CCCC CC T CCCTCC/T
rs33335719
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6738660fClcn5 : Intron1SNPC CCCC  C TCCCCTCC/T
rs33328526
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6738818fClcn5 : Coding-Synonymous1SNPG GGGG GGGAGGGGGGA/G
rs33328529
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6739010fClcn5 : Coding-Synonymous1SNPG GGGG GG AGGGGAGA/G
rs33328531
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6739155fClcn5 : Intron1SNPT TTTT TT ATTTTATA/T
rs33328533
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6739593fClcn5 : Intron1SNP  A    A  G  A GAA/G
rs33329475
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6739646fClcn5 : Intron1SNPG GGGG GG AGGGGAGA/G
rs33329477
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6740278fClcn5 : Intron1SNPA AAAA AA G AA GAA/G
rs33329479
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6740436fClcn5 : Intron1SNPT TTTT CT T TTTTTC/T
rs33329481
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6740661fClcn5 : Intron1SNPC CCCC AC ACCCCACA/C
rs33330474
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6741246fClcn5 : Intron1SNPC CCCC AC ACCCCACA/C
rs33330476
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6741392fClcn5 : Intron1SNPG GGGG GGGAGGGGGGA/G
rs33330479
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6741495fClcn5 : Intron1SNPC CCCC TCCCCCCCCCC/T
rs33330482
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6741641fClcn5 : Intron1SNPT TTTT GT GTTT GTG/T
rs33331404
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6741956fClcn5 : Intron1SNPT TTTT AT T TTTTTA/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33331406
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6742011fClcn5 : Intron1SNPT TTTT CTT TTT  TC/T
rs33331409
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6742332fClcn5 : Intron1SNPA AAAA TAATAAAATAA/T
rs33331411
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6742372fClcn5 : Intron1SNPA AAAA  A GAAA GAA/G
rs33332254
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6742624fClcn5 : Intron1SNPT TTTT ATTTTTT TTA/T
rs33332257
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6742688fClcn5 : Intron1SNPA AAAA AA GAAAAGAA/G
rs33332260
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6742783fClcn5 : Coding-NonSynonymous1SNPT TTTT CT C TT CCC/T
rs33332263
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6743060fClcn5 : Coding-Synonymous1SNPG GGGG AG AGGGGAGA/G
rs33333025
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6743129fClcn5 : Coding-Synonymous1SNPC CCCC CCCTCCCCTCC/T
rs33333028
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6743159fClcn5 : Coding-Synonymous1SNPG GGGG GGGAGGGGAGA/G
rs33333031
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6743435fClcn5 : Intron1SNPC CCCC CC TCCC TCC/T
rs33333033
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6743622fClcn5 : Intron1SNPA AAAA GAAGAAAAGAA/G
rs33333886
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6743971fClcn5 : Intron1SNPC CCCC CCCCCCC CTC/T
rs33333888
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6744041fClcn5 : Intron1SNPA AAAA AAAAAAAAGAA/G
rs33333891
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6744059fClcn5 : Intron1SNPA AAAA AAAAAAAGAAA/G
rs33333893
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6744103fClcn5 : Intron1SNPA AAAA GA A AA AAA/G
rs33334855
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6744585fClcn5 : Intron1SNPT TTTT CTTCTTTTCTC/T
rs33334858
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6744823fClcn5 : Intron1SNPA AAAA GA  AAAA AA/G
rs33334860
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6744851fClcn5 : Intron1SNPA AAAA GAAGAAAA AA/G
rs33334863
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6744966fClcn5 : Intron1SNPA AAAA AA TAAA TAA/T
rs33335846
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6745040fClcn5 : Intron1SNPC CCCC TCCCCCCCCCC/T
rs33331354
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6745095fClcn5 : Intron1SNPA AAA  AA G AA GAA/G
rs33331357
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6745553fClcn5 : Intron1SNPG GGGG AGGGGGGGGGA/G
rs33331360
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6745562fClcn5 : Intron1SNPC CCCC CCCTCCCCCCC/T
rs33331362
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6745699fClcn5 : Intron1SNPT TTTT TTTATTTTATA/T
rs33332195
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6745736fClcn5 : Intron1SNPC CCCC CC TCCCCTCC/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33332198
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6745937fClcn5 : Intron1SNPG GGGG AGGAGGGGAGA/G
rs33332200
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6745992fClcn5 : Intron1SNPA AAAA AA C AAACAA/C
rs33332203
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6746184fClcn5 : Intron1SNPG GGGG GGGGGGGGAGA/G
rs33333136
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6746733fClcn5 : Intron1SNPC CCCC CCCTCCCCCCC/T
rs33333138
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6749294fClcn5 : Intron1SNP  AAAA  A T  A AAA/T
rs33333140
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6749338fClcn5 : Intron1SNPC CCCC  CCTCCCCCCC/T
rs33333143
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6750085fClcn5 : Intron1SNPC CCCC  C ACCCCCCA/C
rs33334066
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6750222fClcn5 : Intron1SNPC CCC   C C CC ACA/C
rs33334068
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6750261fClcn5 : Intron1SNPT TTTT  T ATTTTTTA/T
rs33334071
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6750279fClcn5 : Intron1SNPC CCCC  C CCCCCTCC/T
rs33334964
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6750550fClcn5 : Intron1SNPC CCCC  C TCCCC CC/T
rs33334967
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6750560fClcn5 : Intron1SNPT TTTT  TT TTT GTG/T
rs33334970
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6751257fClcn5 : Intron1SNPG GGGG  GGTGGGGTGG/T
rs33334973
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6752719fClcn5 : Intron1SNPC CCC   C ACCCCACA/C
rs33335816
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6752747fClcn5 : Intron1SNPA AAAA  A GAAAAGAA/G
rs33335819
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6753065fClcn5 : Intron1SNPG GGG   G A GG AGA/G
rs31124147
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6753740rClcn5 : Intron1SNP AA   A G        A/G
rs33335821
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6754091fClcn5 : Intron1SNPT TTTT  T CTTTCCTC/T
rs33336654
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6754150fClcn5 : Intron1SNPT TTTT  T CTTT CTC/T
rs33336657
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6755286fClcn5 : Intron1SNPT TTTT  T GTTT GTG/T
rs33336660
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6755458fClcn5 : Coding-NonSynonymous1SNPC CCCG  C G  C GCC/G
rs33336663
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6756111fClcn5 : Intron1SNPC CCCC  C CCCCCTCC/T
rs33337316
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6756299fClcn5 : Intron1SNPG GGGG  G A GGGAGA/G
rs33337318
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6756348fClcn5 : Intron1SNPG GGGG  G AGGGGGGA/G
rs33337321
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6756986fClcn5 : Intron1SNPA AAAA  A GAAAAGAA/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33338194
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6757120fClcn5 : Intron1SNPT TTTT  TTATTTTATA/T
rs33338197
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6757428fClcn5 : Intron1SNPT TTTT  TTGTTTGGTG/T
rs33338200
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6757456fClcn5 : Intron1SNPC CCCC  CCTCCCCTCC/T
rs33338203
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6757689fClcn5 : Intron1SNPA AAAA  A CAAA CAA/C
rs33335634
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6757820fClcn5 : Intron1SNPT TTTT  TTGTTTTGTG/T
rs33335637
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6758257fClcn5 : Intron1SNPA AAAA  A TAAAATAA/T
rs33335639
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6758842fClcn5 : Intron1SNPT TTTT  T C TTTCTC/T
rs33335642
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6758917fClcn5 : Intron1SNPG GGGG  GGTGGGGGGG/T
rs33336415
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6759281fClcn5 : Intron1SNPC CCCC  C C CCCTCC/T
rs33336416
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6759698fClcn5 : Intron1SNPA AAAA AA CAAAACAA/C
rs33336418
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6760273fClcn5 : Intron1SNPT    T T  CT TT TC/T
rs33336421
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6760331fClcn5 : Intron1SNPT TTTT TT CTTTT TC/T
rs33336423
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6760393fClcn5 : Intron1SNPC CCCC CC TCCCC CC/T
rs33337206
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6760483fClcn5 : Intron1SNPT TTTT AT TTTTT TA/T
rs33337208
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6760951fClcn5 : Coding-Synonymous1SNPA AAAA GA GAAAA AA/G
rs33337210
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6761062fClcn5 : Intron1SNPA AAAA CA CAAAC AA/C
rs33337213
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6761146fClcn5 : Intron1SNPT TTTT CT CTTTT TC/T
rs33338125
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6761158fClcn5 : Intron1SNPT TTTT  T CTTTT TC/T
rs33338127
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6762227fClcn5 : Intron1SNPG GGGG AG  GGGA  A/G
rs33338130
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6762606fClcn5 : Intron1SNPC CCCC CC TCCCC CC/T
rs33338133
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6763301fClcn5 : Intron1SNPT TTTT CT TTTTT TC/T
rs33339185
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6763707fClcn5 : Intron1SNPT TTTT AT ATTTT TA/T
rs33339188
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6763828fClcn5 : Intron1SNPG GGGG AG AGGGG GA/G
rs33339190
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6763897fClcn5 : Intron1SNPC CCCC CC TCCCC CC/T
rs33339192
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6763918fClcn5 : Intron1SNPT TTTT TT ATTTT TA/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33340104
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6763964fClcn5 : Intron1SNPC CCCC TC TCCCC CC/T
rs33340106
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6764664fClcn5 : Intron1SNPT TTTT AT ATTTT TA/T
rs33340108
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6764794fClcn5 : Intron1SNPA AAAA AA GAAAA AA/G
rs33340111
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6765216fClcn5 : Intron1SNPT TTTT CT TTTTT TC/T
rs33341034
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6765715fClcn5 : mRNA-UTR1SNPC CCCC CC TCCCC CC/T
rs33341036
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
ChrX:6765853fClcn5 : Locus-Region1SNPA AAAA GA GAAAG AA/G

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
05/08/2013
MGI 5.13
The Jackson Laboratory