About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
 Symbol
Name
ID
Col9a3
collagen, type IX, alpha 3
MGI:894686

98 matching SNPs displayed
Full result set is also available in a tab-delimited format.


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33466098
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180599462fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNP  G   A  G           A/G
rs47106189
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180599678fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
2SNP  G      G   G  A    A/G
rs27664307
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180602113fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG        A           A/G
rs27664306
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180603205fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
3SNPAAG   A  G        A  A/G
rs27664305
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180604639fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG G GGA  GG  GAGA/G
rs27664304
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180604652fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG G GGGG AG  GGGA/G
rs27664303
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180604670fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG G GGAG GG  GAGA/G
rs27664302
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180604937fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG G GGAG G   GAGA/G
rs27664301
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180605265fCol9a3 : Coding-Synonymous
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGG  A GGGG GG  GGGA/G
rs27664300
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180605320fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPT TTTT C TTCT TT  TCTC/T
rs27664299
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180605454fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC C CC C CCG  C    GCC/G
rs27664298
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180605498fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG G GGAG GG  GAGA/G
rs27664297
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180605525fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC T CCCC CC  CCCC/T
rs27664296
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180605602fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG A GGGG GG  GGGA/G
rs27664295
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180606234fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA AAAA G AAGA AA  AGAA/G
rs27664294
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180606588fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG G GGAG G   GAGA/G
rs27664293
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180606910fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC T CCTC CC  CTCC/T
rs27664292
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180606970fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA AAAA A AAGA AA  AGAA/G
rs27664291
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180606971fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC G CC C CC  CCCC/G
rs27664290
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180606981fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPT TTTT T TTAT T   TATA/T
rs27664289
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180607018fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA AAAA C AAAA AA  AAAA/C
rs27664288
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180607027fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC T CCTC C   CTCC/T
rs27664287
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180607152fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG G GGAG GG  GGGA/G
rs6392121
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180607617fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNP      G A            A/G
rs27664286
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180607752fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG T GGGG GG  GGGG/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs6394428
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180608029fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
2SNPT TTTTTGGTTGT TG  TGTG/T
rs27664285
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180608240fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC T  CTC CC  CTCC/T
rs27664284
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180608297fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG C GGCG GG  GCGC/G
rs27664283
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180608387fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPT TTTT C TTCT T   TCTC/T
rs27664282
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180608497fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG A GGAG GG  GAGA/G
rs27664281
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180608811fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPT TTTT C TTCT TC  TCTC/T
rs27664280
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180608909fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC A CCAC C   CACA/C
rs27664279
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180609627fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA AAAA T AATA AA  ATAA/T
rs27664278
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180609732fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA AAAA G AAGA AA  AGAA/G
rs27664277
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180610258fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC T CCTC CC  CTCC/T
rs27664276
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180610300fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG A GGAG GG  GAGA/G
rs27664275
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180610439fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA AAAA G AAGA AA  AGAA/G
rs27664274
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180610472fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG C GGCG GG  GCGC/G
rs27664273
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180610545fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG C GGCG GG  GCGC/G
rs27664272
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180610809fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA AAAA T AATA A   ATAA/T
rs27664271
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180610898fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG A GGAG GG  GAGA/G
rs27664270
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180610916fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG   GG G     GAGA/G
rs27664269
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180610933fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC   CC T CC C     CTCC/T
rs27664268
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180610965fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPT TTTT C TTCT T   TCTC/T
rs27664267
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180611006fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG T GGTG GG  GTGG/T
rs27664266
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180611054fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG A GGGG GG  GGGA/G
rs27664265
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180611286fCol9a3 : Coding-Synonymous
nmf88 : within coordinates of
1SNPT TTTT C TTTT TT  TTTC/T
rs27664264
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180611385fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG A GGAG GG  GAGA/G
rs27664263
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180611413fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC   CC T CCTC CC  CTCC/T
rs27664262
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180611597fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC T CCTC CC  CTCC/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs27664261
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180611881fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPT TTTT C TT T TT  TCTC/T
rs27664260
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180612080fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPT TTTT C TTCT TT  TCTC/T
rs27664259
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180612273fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC T CCTC CC  CTCC/T
rs6222838
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180612998fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNP      A C            A/C
rs6222854
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180613006fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNP      G A            A/G
rs6222858
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180613011fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
2SNPA AAAAAGGAA A AA  AGAA/G
rs6223411
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180613102fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
2SNPT TTTTTCCTTCT TC  TCTC/T
rs6386861
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180613223fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
2SNPC CCCCCTTCCTC CC  CTCC/T
rs6387283
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180613278fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
2SNPT TTTTTCCTTCT T   TCTC/T
rs6387391
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180613345fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
2SNPT TTTTTCCTTCT T   TCTC/T
rs6387806
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180613381fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
2SNPT TTTTTCCTTCT TC  TCTC/T
rs6387927
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180613439fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNP      C A            A/C
rs27664258
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180614050fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG G GGAG GG  GAGA/G
rs27664257
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180614218fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG A GGGG GG  GGGA/G
rs27664256
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180614417fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG G GGAG GG  GAGA/G
rs27664255
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180614549fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC C CCTC C   CTCC/T
rs27664254
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180615132fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC G CCGC C   CGCC/G
rs27664253
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180615254fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA AAAA C AACA AA  ACAA/C
rs27664252
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180615343fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA AAAA G AAGA A   AGAA/G
rs27664251
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180615642fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCC    CC C C   CTCC/T
rs27664250
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180615743fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA AAAA G AAGA A   AGAA/G
rs27664249
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180615847fCol9a3 : Coding-Synonymous
nmf88 : within coordinates of
1SNPT TTTT G TTGT TG  TGTG/T
rs27664248
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180616362fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA AAAA G AAGA A   AGAA/G
rs27664247
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180616748fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG A GGAG GG  GAGA/G
rs27664246
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180616883fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC T CCTC CC  CTCC/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs27664245
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180616944fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC A CCAC CC  CACA/C
rs27664244
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180616981fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG A GG   GG  GAGA/G
rs27664243
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180617100fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPT TTTT A TTAT TT  TATA/T
rs27664242
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180618173fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC T CC C CC  CTCC/T
rs27664241
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180618266fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG A GGAG GA  GAGA/G
rs27664240
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180618282fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPT TTTT C TT T TT  TCTC/T
rs27664239
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180618414fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPT TTTT C TTCT T   TCTC/T
rs27664238
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180618675fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPC CCCC T CCTC C   CTCC/T
rs33460278
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180618813fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
2SNP AC   A              A/C
rs33646864
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180619076fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
2SNPAAG   A  G           A/G
rs27664237
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180619444fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA AAAA G AAGA AA  AGAA/G
rs27664236
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180619650fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA  AAA G AAGA AA  AGAA/G
rs27664235
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180619825fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPG GGGG A GGGG GG  GGGA/G
rs27664234
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180619869fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA  AAA G AA       AGAA/G
rs27664233
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180620342fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPT TTTT T TTTT TT  TCTC/T
rs27664232
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180620380fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPT TTTT C TTCT T   TCTC/T
rs27664231
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180620439fCol9a3 : Intron
nmf88 : within coordinates of
1SNPA AAAA G AAGA A   AGAA/G
rs13465703
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180621467fCol9a3 : mRNA-UTR
nmf88 : within coordinates of
Tcfl5 : Intron
1SNPC CCCC T CCTC CC  CTCC/T
rs27664230
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180622962fCol9a3 : 773 bp downstream of
nmf88 : within coordinates of
Tcfl5 : Intron
1SNPC CCCC T CCTC C   CTCC/T
rs27664229
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180622994fCol9a3 : 805 bp downstream of
nmf88 : within coordinates of
Tcfl5 : Intron
1SNPC CCCC G CCGC C   CGCC/G
rs27664228
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180623482fCol9a3 : 1293 bp downstream of
nmf88 : within coordinates of
Tcfl5 : Intron
2SNPGGGGGG   GG G GG TGTGG/T
rs51539087
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180623549fCol9a3 : 1360 bp downstream of
nmf88 : within coordinates of
Tcfl5 : Intron
1SNP A               G   A/G
rs27664227
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:180624177fCol9a3 : 1988 bp downstream of
nmf88 : within coordinates of
Tcfl5 : Intron
1SNPG GGGG A GGAG GG  GAGA/G

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
09/16/2014
MGI 5.19
The Jackson Laboratory