About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
Genome Coordinate Discrepancy
The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details).
 Symbol
Name
ID
Cxcl12
chemokine (C-X-C motif) ligand 12
MGI:103556

92 matching SNPs displayed


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs46180292
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117117381fCxcl12 : Locus-Region1SNPA A A A  G A      GG  G AA/G
rs29921536
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117119870fCxcl12 : Intron1SNPCTC    C C               C/T
rs51284503
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117120120fCxcl12 : Intron1SNPT TTT T CT CT     TT  TCTC/T
rs48469490
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117120162fCxcl12 : Intron1SNPA AAA A GAGGA     AA  AGAA/G
rs51157087
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117120201fCxcl12 : Intron1SNPA AAA A GAG A     AA  A AA/G
rs51520861
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117120476fCxcl12 : Intron1SNPA AAA A GAG A     AA  A AA/G
rs49261022
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117120533fCxcl12 : Intron1SNPC CCC C TCTTC     CC  CTCC/T
rs48169941
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117120639fCxcl12 : Intron1SNPC CCC C TCTTC     CC  CTCC/T
rs51272473
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117120822fCxcl12 : Intron1SNPT TTT T CTCCT     TT  TCTC/T
rs46226878
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117120851fCxcl12 : Intron1SNPG GGG G  G TG     GG  GTGG/T
rs47675176
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117121077fCxcl12 : Intron1SNPG GGG G AGAAG     GG  GAGA/G
rs46729595
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117121150fCxcl12 : Intron1SNPG GGG G AGAAG     GG  GAGA/G
rs49781841
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117121184fCxcl12 : Intron1SNPG GGG G TGTTG     GG  GTGG/T
rs51425257
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117121409fCxcl12 : Intron1SNPA AAA A AATTA     AA  ATAA/T
rs50618618
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117121697fCxcl12 : Intron1SNPC CCC C TCTTC     CC  CTCC/T
rs50196715
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117121943fCxcl12 : Intron1SNPA AAA A GAGGA     AA  AGAA/G
rs46808506
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117122330fCxcl12 : Intron1SNPT TTT T ATAAT     TT  TATA/T
rs50309616
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117122468fCxcl12 : Intron1SNPG GGG G TGTTG     GG  GTGG/T
rs48354985
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117122583fCxcl12 : Intron1SNPG GGG G AGAAG     GG  GAGA/G
rs45808639
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117122634fCxcl12 : Intron1SNPG GGG G AGAAG     GG  GAGA/G
rs49462096
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117122657fCxcl12 : Intron1SNPG GGG G TG TG     GG  GTGG/T
rs47452154
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117122835fCxcl12 : Intron1SNPG GGG G AGAAG     GG  GAGA/G
rs8262671
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123093rCxcl12 : Intron1SNP             CT     CC   C/T
rs8262670
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123155rCxcl12 : Intron1SNP       C C   CAC    CC   A/C
rs49642516
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123250fCxcl12 : Intron1SNPA AAA A GAGGA     AA  AGAA/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs8262669
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123289rCxcl12 : Intron1SNP     C C C   CTC    CC   C/T
rs8262668
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123327rCxcl12 : Intron1SNP     G G G   GAG    GG   A/G
rs8262667
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123388rCxcl12 : Intron1SNP     T T T   TCT    TT   C/T
rs8262665
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123395rCxcl12 : Intron2SNPC CCC C TCTTCC CC CCCCCTCC/T
rs8262666
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123416rCxcl12 : Intron1SNP     G G G   GTG    GG   G/T
rs50438050
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123442fCxcl12 : Intron1SNPT TTT T CTCCT     TT  TCTC/T
rs8262664
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123474rCxcl12 : Intron1SNP  A   A G    A AA    A   A/G
rs8236551
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123710fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
2SNP  GGGGGGGG   GAGGG  GG   A/G
rs8236552
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123745fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
2SNP  TTTTTTTT   TCTTT  TT   C/T
rs8245876
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123805fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
2SNPC CCCCCCGCGGCCGCCCCC CCGCC/G
rs8245877
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123895fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNP  CCCCCCCC    TCCC   C   C/T
rs8238257
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117123942rCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNP  C CC C C   CT CC  CC   C/T
rs8238256
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124027rCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1IN-DEL  - -- - -   -T --  --   -/T
rs4226231
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124062rCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
3SNP  C CCCCCC   CACCC  CC   A/C
rs8262672
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124114fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
4Mixed  - ----C-   -C--   --   -/A/C/T
rs4226230
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124222rCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNP  G G GGGG    AG         A/G
rs4226229
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124230rCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNP  G G GGGG    TG         G/T
rs4226228
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124244rCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNP  G G GGGG    AG         A/G
rs4226227
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124266rCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
2SNP  AAAAAAAA   ACAAA  AA   A/C
rs4226226
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124268rCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
4SNPG GGGGGGAGAAGGGGGGGGGGGAGA/G
rs8245878
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124499rCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
7Mixed  ------T-   -T---  --   -/A/C/G/T
rs8262678
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124519fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1IN-DEL  A -AAAAA    AA    AA   -/A
rs8262679
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124569fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNP  C CCCCCC   CTC    CC   C/T
rs51002915
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124586fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNPT TTT T  TGG      TT  TG G/T
rs8238255
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124592rCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1IN-DEL    TTTT T    -T T   T   -/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs8236553
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124636rCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
2SNP  GGGGGGGG   GTGGG  GG   G/T
rs8245887
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124722rCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNP  CCCCCCCC    TC C  CC   C/T
rs8236374
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124878fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
3SNP  A AAAACA   ACAA   AA   A/C
rs8236375
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117124890fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
3SNP  C CCCCAC   CCCC   CC   A/C
rs47454075
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117125188fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : Locus-Region
1SNPA AAA A CACCA     AA  ACAA/C
rs45793323
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117125204fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : Locus-Region
1SNPT TTT T CTCCT     TT  TCTC/T
rs50992513
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117125999fCxcl12 : Intron1SNPC CCC C TCTTC     CC  CTCC/T
rs45688189
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117126026fCxcl12 : Intron1SNPA AAA A  AAGA     AA  A AA/G
rs49097779
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117126308fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNPC CCC C TCTTC     CC  CTCC/T
rs52048762
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117126410fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNPA AAA A TATTA     AA  ATAA/T
rs51428213
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117126486fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNPG GGG G AGAAG     GG  GAGA/G
rs48512988
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117126781fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNPC CCC C ACAAC     CC  CACA/C
rs47398823
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117127023fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNPT TTT T GTGGT     TT  TGTG/T
rs49701885
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117127096fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNPA AAA A TATT      AA  ATAA/T
rs51511016
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117127424fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNPT TTT T CTCCT     TT  TCTC/T
rs48966754
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117127617fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNPT TTT T CTTCT     TT  TTTC/T
rs13471279
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117127679fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNPT TTT T CTCCT     TT  TCTC/T
rs45923817
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117127867fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNPA   A A GAGG      AA  AGAA/G
rs46463980
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117128088fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNPT TTT T CTCCT     TT  TCTC/T
rs47248268
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117128120fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNPG GGG G TGTTG     GG  GTGG/T
rs49438925
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117128256fCxcl12 : Intron
Cxcl12 : mRNA-UTR
1SNPT TTT T CT  T     TT  T TC/T
rs50820762
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117129015fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPC CCC C ACAAC     CC  CACA/C
rs48867463
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117129334fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPT TTT T CTCCT     TT  TCTC/T
rs49148756
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117129607fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPA AAA A  AGGA     A   AGAA/G
rs48142487
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117129634fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPC CCC C TCTTC     CC  CTCC/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs48406054
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117129716fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPA AAA A TATTA     AA  ATAA/T
rs50605242
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117129736fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPC CCC C TCTTC     CC  CTCC/T
rs51560650
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117129804fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPA AAA A GAGGA     AA  A AA/G
rs47178092
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117129828fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPT TTT T CTCCT     TT  TCTC/T
rs47945196
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117129840fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPA AAA A GAGG      AA  AG A/G
rs52316537
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117130019fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPG GGG G AGAAG     GG  GAGA/G
rs52469128
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117130111fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPG GGG G AGAAG     GG  GAGA/G
rs49028912
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117130148fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPC CCC C CCTCC     CC  CTCC/T
rs50952737
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117130588fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPC CCC C TCTTC     CC  CTCC/T
rs51990080
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117130619fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPA AAA A CACCA     AA  ACAA/C
rs51162432
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117130654fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPC CCC C CCACC     CC  CACA/C
rs46366053
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117130971fCxcl12 : mRNA-UTR1SNPT TTT T ATAAT     TT  TATA/T
rs48007454
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117131408fCxcl12 : Locus-Region1SNPT TTT T  TCCT     TT  TC C/T
rs47163959
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117131456fCxcl12 : Locus-Region1SNPA AAA A GA GA     AA  AGAA/G
rs49583748
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117131808fCxcl12 : Locus-Region1SNPG GGG G TGTTG     GG  GTGG/T
rs50959941
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117131835fCxcl12 : Locus-Region1SNPT TTT T CTCCT     TT  TCTC/T
rs47598442
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:117131881fCxcl12 : Locus-Region1SNPA AAA A GAGGA     AA  AGAA/G

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
06/05/2013
MGI 5.13
The Jackson Laboratory