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Query Results -- Summary
 Symbol
Name
ID
Usf1
upstream transcription factor 1
MGI:99542

138 matching SNPs displayed
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Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs31539485
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171409418fArhgap30 : mRNA-UTR
Lootl : within coordinates of
Usf1 : 1895 bp upstream of
1SNPC C C  T  C  C   C C/T
rs46570330
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171409561fArhgap30 : mRNA-UTR
Lootl : within coordinates of
Usf1 : 1752 bp upstream of
4SNP GG   A G   G  G   A/G
rs32793042
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171409645fArhgap30 : mRNA-UTR
Lootl : within coordinates of
Usf1 : 1668 bp upstream of
5SNP CT   C T   T  C   C/T
rs13465196
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171410088fArhgap30 : mRNA-UTR
Lootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
3SNPGGT     T   T  G   G/T
rs31539484
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171410151fArhgap30 : mRNA-UTR
Lootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
1SNPC CTCC CC CC CC CCCC/T
rs31538553
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171410194fArhgap30 : mRNA-UTR
Lootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
6SNPG A GGGGA   AGGG A A/G
rs31538552
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171410436fArhgap30 : Intron
Lootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
4SNPTTAATT AA AAAATTTAAA/T
rs47550954
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171410620fArhgap30 : Intron
Lootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
4SNP CC   T C   C  C   C/T
rs30553775
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171410850fLootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
6SNPAAAAAACAA CAACAAAAAA/C
rs32595832
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171410855fLootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
5SNPCCA   C A   A  C   A/C
rs31538551
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Chr1:171411054fLootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
6SNPTTTTT CTT CTTC TTTTC/T
rs32038561
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411058fLootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
3SNP TC   C C   C  T   C/T
rs31538550
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411104fLootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
6SNPAAAAAAGAA GAGGAAAAAA/G
rs31538549
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411148fLootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
5SNPGGGG  AGG AGGAGG GGA/G
rs31538548
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411169fLootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
2SNPT CCT  CC CCCCTTTCCC/T
rs31538547
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411270fLootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
6SNPCCCCC TCC TCCT CCC C/T
rs31538546
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411379fLootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
3SNPCCAACC AA AAAACCCAAA/C
rs31498508
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411481fLootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
4SNPCCAAC AAA AAAA C AAA/C
rs51335849
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411624fLootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
3SNP  A   T A   A  T   A/T
rs31538545
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411663fLootl : within coordinates of
Usf1 : Locus-Region
5SNPG G GGTTG TGGTGT GGG/T
rs31864623
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411692fLootl : within coordinates of
Usf1 : mRNA-UTR
4SNPCCT   C T   T  C   C/T
rs50815546
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411705fLootl : within coordinates of
Usf1 : mRNA-UTR
2SNP GG   T G          G/T
rs30465544
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411790fLootl : within coordinates of
Usf1 : mRNA-UTR
6SNPC TTCCCCT C TCCCCTTC/T
rs31439167
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411844fLootl : within coordinates of
Usf1 : mRNA-UTR
6SNPC TTCCCCT CTTCCCCTTC/T
rs107846429
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411922fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
2SNP      G T          G/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs108890325
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411931fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNP      T G          G/T
rs108523699
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411932fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNP      G T          G/T
rs31538544
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171411974fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNPG GGGG AG GG GG GGGA/G
rs31321207
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171412032fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
6SNPG GGGGAGGGAGGAGGGGGA/G
rs31544709
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171412203fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
6SNPC CCCCGCCCGCCGCCCC C/G
rs31544708
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171412354fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
6SNPA AAAAGGAAGAAGAAAAAA/G
rs31544707
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171412389fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
2SNPA CCAA CCCCCCCAAACCA/C
rs47634216
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171412606fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
4SNP AA   T A   A  A   A/T
rs45815650
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171412709fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
4SNP GG   A G   G  A   A/G
rs31544706
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171412735fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
5SNPAAAAAAGAAAGAAGAAAAAA/G
rs31544705
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171412924fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNPG GGGG AGGGG GG GGGA/G
rs47831026
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171412987fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
4SNP G    A G   G  G   A/G
rs51675839
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413031fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
4SNP GA   G A   A  G   A/G
rs31544704
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413116fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
5SNPG AAGGGGAAGAAGGGGAAA/G
rs51873286
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413377fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
4SNP GT   G T   T  G   G/T
rs108796118
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413473fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
3SNP      G T   T  G   G/T
rs31543973
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413594fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
5SNPGGAAGGGGAAGAAGGGGAAA/G
rs244347097
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413633fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNP            C  T   C/T
rs52367651
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413636fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
4SNP  G   A G   G  G   A/G
rs50767552
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413650fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
4SNP  G   T G   G  G   G/T
rs48022493
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413740fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNP AG                A/G
rs47383814
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413777fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
4SNP GG   A G   G  G   A/G
rs31543972
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413851fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
3SNPCCGGCC GGGGGGGCCCGGC/G
rs31543971
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413854fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
4SNPG TTGGGTTTGTTGGGGTTG/T
rs31543970
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413911fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
4SNPC TTCCCTTTCTTCCCCTTC/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs31543969
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413929fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNPC CCCC ACCCC CC CCCA/C
rs31543968
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413963fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
3SNPCCTTCC TTTTTTTCCCTTC/T
rs31543967
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171413974fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
3SNPGGAAGG AAAAAAAGGGAAA/G
rs31543966
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171414053fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
5SNPTTCCTTTTCCTCCTTTTCCC/T
rs31543965
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171414227fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
3SNPGGAAGG GAAAAAAGGGAAA/G
rs31543964
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171414256fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNPG GGGG AGGGG GG GGGA/G
rs31543163
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171414393fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
6SNPGGAAGGGGAAG AGGGGA A/G
rs31543162
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171414494fLootl : within coordinates of
Usf1 : mRNA-UTR
2SNPT CCTT TCCCCCCTTTCCC/T
rs30814527
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171414644fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
4SNP  G   A G   G  G   A/G
rs257585506
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171414750fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNP            C  T   C/T
rs107731858
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171414833fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
3SNP      T A   A  A   A/T
rs108516774
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171414922fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
3SNP      C T   T  C   C/T
rs244385718
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171414988fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNP            G  A   A/G
rs212109880
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415015fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNP            A  G   A/G
rs31543161
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415153fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
4SNPC CCCCTCCCTCCTCCCCCC/T
rs46023086
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415225fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
4SNP  G   A G   G  G   A/G
rs214164723
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415331fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNP            C  T   C/T
rs31543160
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415455fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
5SNPC CCCCTCCCTCCTCCCCCC/T
rs251098553
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415460fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNP            C  T   C/T
rs222494590
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415579fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNP            T  C   C/T
rs234055578
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415598fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNP            T  C   C/T
rs31543159
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415648fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
3SNPAAGGAA AGGGGGGAAAGGA/G
rs31543158
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415672fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
5SNPAAAAAAGAAAGAAGAAAAAA/G
rs51832866
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415895fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
2SNP AG     G   G  A   A/G
rs49576023
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415923fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
3SNP GA   G A   A  G   A/G
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs47520404
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415924fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
3SNP AT   A T   T  A   A/T
rs245691326
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415961fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNP            T  C   C/T
rs261471350
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171415962fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNP            G  A   A/G
rs31543157
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171416048fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
5SNPCCTTC CCTTCTTCCC TTC/T
rs31543156
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171416049fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
2SNPC G CC CGGG GGCCCG C/G
rs31543155
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171416058fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
5SNPAATTAAAATTATTAAAA TA/T
rs50502013
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171416437fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
4SNP GG   C G   G  G   C/G
rs255337622
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171416531fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNP            A  C   A/C
rs31543154
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171416641fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
1SNPT TTTT ATTTT TT TTTA/T
rs31542373
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171416680fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
5SNPGGAGGGGGAGGGAGGGGAGA/G
rs31542372
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171416839fLootl : within coordinates of
Usf1 : Coding-NonSynonymous
1SNPC CCCC GCCCC CC CCCC/G
rs31542371
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171416853fLootl : within coordinates of
Usf1 : Coding-NonSynonymous
1SNPC CTCC CCTCC CC CCCC/T
rs31542370
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171416923fLootl : within coordinates of
Usf1 : Coding-Synonymous
4SNPCCC C TTCCTC TC  CCC/T
rs50615636
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171416941fLootl : within coordinates of
Usf1 : Coding-Synonymous
2SNP AA   T A          A/T
rs31542369
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171417025fLootl : within coordinates of
Usf1 : Intron
5SNPGGGGGGAAGGAGGAGAGGGA/G
rs52375440
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171417049fLootl : within coordinates of
Tstd1 : Locus-Region
Usf1 : Intron
2SNP GT     T   T  G   G/T
rs107785468
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171417066fLootl : within coordinates of
Tstd1 : Locus-Region
Usf1 : Intron
2SNP GA     A   A  G   A/G
rs31542368
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171417112fLootl : within coordinates of
Tstd1 : Locus-Region
Usf1 : Intron
1SNPT TTTT TTTTC TT TTTC/T
rs31542367
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171417130fLootl : within coordinates of
Tstd1 : Locus-Region
Usf1 : Intron
5SNPAAAAAAGAAAGAAGAAAAAA/G
rs31542366
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:171417168fLootl : within coordinates of
Tstd1 : Locus-Region
Usf1 : Intron
1SNPC CCCC TCCCC CC CCCC/T
rs31542365
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Usf1 : Intron
1SNPG GGGG AGGGG GG GGGA/G
rs31542364
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Tstd1 : Locus-Region
Usf1 : Intron
4SNPGGGGGGCGGGCG CG GGGC/G
rs31541673
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Tstd1 : Locus-Region
Usf1 : Intron
5SNPT TTT C TTCTTCTTTTTC/T
rs31541672
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Tstd1 : Locus-Region
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rs51228379
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4SNP  G   A G   G  G   A/G
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs31541671
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rs31541670
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rs31541667
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rs31541666
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rs31541665
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rs31541664
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rs31541051
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rs31541048
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Tstd1 : Locus-Region
Usf1 : mRNA-UTR
1SNPC CCCC TCCCC CC CCCC/T
rs31541047
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Tstd1 : Locus-Region
Usf1 : mRNA-UTR
5SNPAAAAAAGAAAGAAGAAAAAA/G
rs31541046
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rs31541045
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Tstd1 : Locus-Region
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1SNPC CTCC TCTCC CC CCTC/T
rs31541044
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6SNPAAAAAAGGAAGAAGAAAAAA/G
rs31540183
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Usf1 : Locus-Region
1SNPC CCCC TCCCC CC CCCC/T
rs31540182
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Tstd1 : Coding-Synonymous
Usf1 : Locus-Region
1SNPG GGGG AGGGG GG GGGA/G
rs31540181
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rs31540180
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Tstd1 : Intron
Usf1 : 193 bp downstream of
1SNPC CCCC TCCCC CC CCCC/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs31453028
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Tstd1 : Intron
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6SNPT TTTTGTTTGTTGTTTTTG/T
rs31186605
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Tstd1 : Intron
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6SNPA AAAAC AACAACAAAAAA/C
rs31540178
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Tstd1 : Coding-NonSynonymous
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1SNPG GGGG AGGGG GG GGGA/G
rs31540177
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Tstd1 : Intron
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1SNPC CCCC TCCCC CC CCCC/T
rs31540176
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Tstd1 : mRNA-UTR
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rs31540175
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Tstd1 : mRNA-UTR
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1SNPC CCCC TCCCC CC CCCC/T
rs31540174
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Tstd1 : Locus-Region
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6SNPAAAAAAGGAAGAAGAAAAAA/G
rs31539403
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Tstd1 : Locus-Region
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1SNPC CCCC TCCCC CC CCCC/T
rs31539402
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Tstd1 : Locus-Region
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1SNPA AAAA GAAAA AA AAAA/G
rs31888561
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Tstd1 : Locus-Region
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5SNP GG   A G   G  G   A/G
rs31539401
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rs31539400
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rs31539399
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Usf1 : 1873 bp downstream of
1SNPG GGGG CGGGG GG GGGC/G

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
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05/12/2015
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