About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
 Symbol
Name
ID
Shh
sonic hedgehog
MGI:98297

35 matching SNPs displayed
Full result set is also available in a tab-delimited format.


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs242395704
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28455065fShh : 1750 bp downstream of1SNP        AA  A
rs33674412
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28455185fShh : 1630 bp downstream of3SNPAAA  G  AAA A/G
rs108198781
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28455205fShh : 1610 bp downstream of1SNP  G       C C/G
rs108778547
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28455316fShh : 1499 bp downstream of1SNP TT       C C/T
rs108667620
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28455436fShh : 1379 bp downstream of1SNP A        T A/T
rs29729942
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28456230fShh : 585 bp downstream of1SNP TC  C      C/T
rs33485416
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28456231fShh : 584 bp downstream of1SNP GA  A      A/G
rs33068028
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28456528fShh : Intron2SNP TC  CC     C/T
rs29682823
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28456745fShh : Intron3SNPGGG  AA GG  A/G
rs33133952
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28458658fShh : Intron2SNP GC  GG CC  C/G
rs33181672
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28458898fShh : Intron2SNP TG  TT GT  G/T
rs50197484
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28460553fShh : Intron1SNP A    G     A/G
rs48089243
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28460637fShh : Intron1SNP AG   G     A/G
rs33541793
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28461148fShh : Intron3SNP  C  TT CC  C/T
rs48165522
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28461904fShh : Intron1SNP        CC  C
rs33746193
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28462388fShh : Intron3SNP AA  GG AA  A/G
rs33214222
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28462410fShh : Intron3SNP TT  AA TT  A/T
rs33285952
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28463121fShh : Intron4SNP GAA GGGAA  A/G
rs33560337
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28463291fShh : Intron2SNP TG  GG     G/T
rs33259009
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28463499fShh : Intron3SNP CC  TT CC  C/T
rs29727180
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28463548fShh : Intron3SNPAAA  GG AA  A/G
rs33735948
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28464029fShh : Intron2SNPAAG  AA GG  A/G
rs214754934
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28464207fShh : Intron1SNP        TT  T
rs234473356
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28464716fShh : Intron1SNP        TC  C/T
rs261352797
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28464804fShh : Intron1SNP        CC  C
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33682898
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28465239f9530036O11Rik : Locus-Region
Shh : Intron
3SNP  G  A  GG  A/G
rs37496005
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28466035f9530036O11Rik : Locus-Region
Shh : Intron
1SNP   AT  A   AA/T
rs51528487
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28467987f9530036O11Rik : Intron
Gm26894 : within coordinates of
Shh : Locus-Region
2SNP  C     CC  C
rs29676307
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28468150f9530036O11Rik : Intron
Gm26894 : within coordinates of
Shh : Locus-Region
3SNP CC  T  CC  C/T
rs33455132
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28468481f9530036O11Rik : Intron
Gm26894 : within coordinates of
Shh : Locus-Region
3SNP AA  GG AA  A/G
rs36386019
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28468594f9530036O11Rik : Intron
Gm26894 : within coordinates of
Shh : Locus-Region
1SNP   C   T   CC/T
rs29562835
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28468719f9530036O11Rik : Intron
Gm26894 : within coordinates of
Shh : Locus-Region
3SNP CC   A CC  A/C
rs33112153
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28468781f9530036O11Rik : Intron
Gm26894 : within coordinates of
Shh : Locus-Region
3SNP GG  AA GG  A/G
rs29530423
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28468909f9530036O11Rik : Intron
Gm26894 : within coordinates of
Shh : Locus-Region
3SNP CC  TT CC  C/T
rs29733217
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr5:28468919f9530036O11Rik : Intron
Gm26894 : within coordinates of
Shh : Locus-Region
3SNP TT  CC TT  C/T

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
04/08/2014
MGI 5.17
The Jackson Laboratory