Mapping Data

Experiment

• Experiment
  CROSS
• Chromosome
  17
• Reference
  J:20144 Heine D, et al., Analysis of recombinational hot spots associated with the p haplotype of the mouse MHC. Genomics. 1994 Sep 1;23(1):168-77
• ID
  MGI:44460

Genes

Gene	Assay Type	Description
D17Mit23	PCR amplified length variant	d106
D17Mit28	PCR amplified length variant	D545
D17Nds2	PCR amplified length variant	28.MMHSP68L
D17Nds3	PCR amplified length variant	22.MMTNFAB
D17Rua7	PCR amplified length variant	D17Rua7-pA, D17Rua7-pB
D17Mit24	PCR amplified length variant	D12
D17Rua1	PCR amplified length variant	D17Rua1-pA, D17Rua1-pB
D17Mit64	PCR amplified length variant	MPC2153
D17Mit11	PCR amplified length variant	M145

Notes

• Reference
  In this reference the authors used PCR-based markers found within anchor loci to map recombination hot spots on Chromosome 17. The markers and corresponding loci (provided in parenthesis) are: D17Mit23 (Pim1), D17Rua3 (Crya1), D17Mit28 (H2-K), D17Mit21 (H2-Ab), D17Mt22 (H2-Eb), D17Rua2 (H2-Ea), D17Mit34 (H2-S referred to in text as C4-Slp), D17Nds2 (Hsp70-1), D17Nds3 (Tnfb), D17Rua7 (H2-D), D17Rua9 (H2-Q1), D17Rua5 (H2-M4), D7Rua6 (H2-M6), D17Mit24 (H2-M2) and D17Rua1 (Tpx1).

CROSS

• Type
  Backcross, female
• Female Parent
  <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p> <p>/<s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s>
• Strain
  (C3.NB-H2

  x A.SW-H2)F1

• Male Parent
  <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s>/<s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s>
• Strain
  A.SW-H2/Sn
• Allele 1
  p from C3.NB-H2

• Allele 2
  s from A.SW-H2/Sn

2x2 Data Reported

Marker 1	Marker 2	# Recombinants	# Parentals
D17Mit23	D17Mit28	6	221
D17Mit28	D17Nds2	0	227
D17Nds2	D17Nds3	0	227
D17Nds3	D17Rua7	0	227
D17Rua7	D17Mit24	0	227
D17Mit24	D17Mit64	1	226
D17Mit64	D17Rua1	1	226
D17Rua1	D17Mit11	1	226

Statistics

Marker 1	Marker 2	# Recombinants	Total	% Recombinants	Std Error
D17Mit23	D17Mit28	6	227	2.643	1.065
D17Mit24	D17Mit64	1	227	0.441	0.440
D17Mit28	D17Nds2	0	227	0.000	0.000
D17Mit64	D17Rua1	1	227	0.441	0.440
D17Nds2	D17Nds3	0	227	0.000	0.000
D17Nds3	D17Rua7	0	227	0.000	0.000
D17Rua7	D17Mit24	0	227	0.000	0.000
D17Rua1	D17Mit11	1	227	0.441	0.440