Mapping Data

Experiment

• Experiment
  CROSS
• Chromosome
  13
• Reference
  J:38409 Beckers MC, et al., High-resolution linkage map of mouse chromosome 13 in the vicinity of the host resistance locus Lgn1. Genomics. 1997 Feb 1;39(3):254-63
• ID
  MGI:1349168

Genes

Gene	Assay Type	Description
D13Mit231	PCR amplified length variant
D13Mit193	PCR amplified length variant
Dhfr	Southern analysis	pLTRdhfr26
D13Sel1	Southern analysis	BMT/BMNT004
Hexb	Southern analysis	p[b]Hex54
D13Mit111	PCR amplified length variant
D13Mit110	PCR amplified length variant
D13Hun34	reported elsewhere
D13Hun33	reported elsewhere
D13Mit128	PCR amplified length variant
Htr1a	Southern analysis	Gpcr18 cDNA
D13Mit70	PCR amplified length variant
D13Mit47	PCR amplified length variant
D13Mit71	PCR amplified length variant
D13Mit112	PCR amplified length variant
Gzma	Southern analysis	Granzyme A cDNA
Itga2	Southern analysis	pBSMA21
Itga1	Southern analysis	Itga1 cDNA4
D13Hun39	reported elsewhere
D13Mit77	PCR amplified length variant

Notes

• Reference
  Authors use Htr1 for locus symbol Htr1a.

CROSS

• Type
  Backcross, female
• Female Parent
  <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b>/<s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s> <s>
• Strain
  (C57BL/6J x M. spretus)F1
• Male Parent
  <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b>/<b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b> <b>
• Strain
  C57BL/6J
• Allele 1
  b from C57BL/6J
• Allele 2
  s from M. spretus

2x2 Data Reported

Marker 1	Marker 2	# Recombinants	# Parentals
D13Mit231	D13Mit193	9	276
D13Mit231	Dhfr	9	276
D13Mit231	D13Sel1	9	276
D13Mit193	Dhfr	0	276
D13Mit193	D13Sel1	0	276
D13Mit193	Hexb	7	272
Dhfr	Hexb	7	272
D13Sel1	Hexb	7	272
Hexb	D13Mit111	1	279
Hexb	D13Mit110	1	279
Hexb	D13Hun34	1	279
Hexb	D13Hun33	1	279
Hexb	D13Mit128	1	279
D13Mit111	D13Hun34	0	281
D13Mit110	D13Hun34	0	281
D13Mit70	Htr1a	5	276
D13Mit70	D13Mit47	5	276
D13Mit70	D13Mit71	5	276
D13Mit70	D13Mit112	5	276
Htr1a	Gzma	15	261
Htr1a	Gzma	15	261
D13Mit47	Gzma	15	261
D13Mit71	Gzma	15	261
D13Mit112	Gzma	15	261
Gzma	Itga1	3	273
Gzma	Itga2	3	273
Gzma	D13Hun39	3	273
Itga1	D13Mit77	1	269
Itga2	D13Mit77	1	269
D13Hun39	D13Mit77	1	269

Statistics

Marker 1	Marker 2	# Recombinants	Total	% Recombinants	Std Error
D13Mit231	D13Mit193	9	285	3.158	1.036
D13Mit231	Dhfr	9	285	3.158	1.036
D13Mit231	D13Sel1	9	285	3.158	1.036
D13Mit193	Dhfr	0	276	0.000	0.000
D13Mit193	D13Sel1	0	276	0.000	0.000
D13Mit193	Hexb	7	279	2.509	0.936
Dhfr	Hexb	7	279	2.509	0.936
D13Sel1	Hexb	7	279	2.509	0.936
Hexb	D13Mit111	1	280	0.357	0.357
Hexb	D13Mit110	1	280	0.357	0.357
Hexb	D13Hun34	1	280	0.357	0.357
Hexb	D13Hun33	1	280	0.357	0.357
Hexb	D13Mit128	1	280	0.357	0.357
D13Mit111	D13Hun34	0	281	0.000	0.000
D13Mit110	D13Hun34	0	281	0.000	0.000
D13Mit70	Htr1a	5	281	1.779	0.789
D13Mit70	D13Mit47	5	281	1.779	0.789
D13Mit70	D13Mit71	5	281	1.779	0.789
D13Mit70	D13Mit112	5	281	1.779	0.789
Htr1a	Gzma	15	276	5.435	1.365
Htr1a	Gzma	15	276	5.435	1.365
D13Mit47	Gzma	15	276	5.435	1.365
D13Mit71	Gzma	15	276	5.435	1.365
D13Mit112	Gzma	15	276	5.435	1.365
Gzma	Itga1	3	276	1.087	0.624
Gzma	Itga2	3	276	1.087	0.624
Gzma	D13Hun39	3	276	1.087	0.624
Itga1	D13Mit77	1	270	0.370	0.370
Itga2	D13Mit77	1	270	0.370	0.370
D13Hun39	D13Mit77	1	270	0.370	0.370