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Mouse SNPs
Query Results -- Summary
 Symbol
Name
ID
Hoxd4
homeobox D4
MGI:96208

16 matching SNPs displayed
Full result set is also available in a tab-delimited format.


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs4223229
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:74720062fDel(2Cd44-Hoxd11)43Ddu : within coordinates of
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Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Locus-Region
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP  T TTTTT    AT                  A/T
rs4223230
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Locus-Region
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP  C CCCCC    GC                  C/G
rs27967846
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Locus-Region
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPG GGGG  GGCG   G     G    GC   G C/G
rs27967845
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Locus-Region
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPG GGGG  GGCG   G     G    GC   G C/G
rs27967844
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : mRNA-UTR
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPA AA A  AACA   A     A    AC   A A/C
rs27967843
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Intron
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPT TT T  TTCT   T     T    TT   T C/T
rs27967842
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : mRNA-UTR
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPG GGGG  GGGG   G     G    GT   G G/T
rs27967841
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Intron
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPT TTTT  TTCT   T     T    TC   T C/T
rs27967840
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Intron
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPA AAAA  AATA   A     A    AT   A A/T
rs27967839
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Intron
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPC CCCC  CCAC   C     C    CA   C A/C
rs241446380
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Intron
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP            A         G          A/G
rs260992950
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd4-Hoxd13)28Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : mRNA-UTR
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP            G         A          A/G
rs108837940
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:74727011fDel(2Cd44-Hoxd11)43Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)55Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)56Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd9)63Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd10)26Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd9)40Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd11)36Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)28Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : mRNA-UTR
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP  C     C               T        C/T
rs13476579
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:74727562fDel(2Cd44-Hoxd11)43Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)55Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)56Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd9)63Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd10)26Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd9)40Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd11)36Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)28Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Coding-NonSynonymous
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
2SNP C C C  C   C   GCCCC GC CC CCC CC/G
rs242267488
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:74730138fDel(2Cd44-Hoxd11)43Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)55Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)56Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd9)63Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd10)26Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : 978 bp downstream of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP            C         A          A/C
rs265100436
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:74730934fDel(2Cd44-Hoxd11)43Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)55Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)56Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd9)63Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd10)26Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : 1774 bp downstream of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP            A         C          A/C

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
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07/15/2014
MGI 5.18
The Jackson Laboratory