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Query Results -- Summary
 Symbol
Name
ID
Hoxd4
homeobox D4
MGI:96208

41 matching SNPs displayed
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Legend
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SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs32919135
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:74710121fDel(2Cd44-Hoxd11)43Ddu : within coordinates of
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Hoxd3 : Locus-Region
Hoxd3os1 : Noncoding-Transcript-Variant
Hoxd4 : 1808 bp upstream of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP GA        G                                      A/G
rs32867179
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Locus-Region
Hoxd3os1 : Intron
Hoxd4 : 1428 bp upstream of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
3SNPCCC   G    C       C               C              C/G
rs232862344
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Locus-Region
Hoxd3os1 : Intron
Hoxd4 : 519 bp upstream of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP                   T               C              C/T
rs27967859
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd4-Hoxd11)36Ddu : within coordinates of
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Hoxd3 : Intron
Hoxd3os1 : Intron
Hoxd4 : within coordinates of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPA          A T         A          A      A        A/T
rs27967858
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
Hoxd3os1 : Intron
Hoxd4 : within coordinates of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPA  AAA     AAGA        A          A      A G    A A/G
rs27967857
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
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In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPG GGGG     GGAG        G          G      G A    G A/G
rs27967856
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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1SNPC  CCC     CCGC        C          C      C G    C C/G
rs33761389
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
Hoxd3os1 : Intron
Hoxd4 : within coordinates of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
3SNPCCC   T    C       C               C              C/T
rs27967855
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
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1SNPG GGGG     GGAG        G          G      G A    G A/G
rs27967854
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
Hoxd3os1 : Noncoding-Transcript-Variant
Hoxd4 : within coordinates of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPT TTTT     TTCT        T          T      T C    T C/T
rs27967853
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd3os1 : Locus-Region
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In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPT TTTT     TTCT        T          T      T C    T C/T
rs27967852
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
Hoxd3os1 : Locus-Region
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In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPC CCCC     CCTC        C          C      C T    C C/T
rs27967851
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd3os1 : Locus-Region
Hoxd4 : within coordinates of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPC CCCC     CCGC        C          C      C G    C C/G
rs27967850
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd3os1 : Locus-Region
Hoxd4 : within coordinates of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPT TTTT     TTCT        T          T      T C    T C/T
rs27967849
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : within coordinates of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPC CCCC     CCTC        C          C      C T    C C/T
rs27967848
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:74718649fDel(2Cd44-Hoxd11)43Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)55Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)56Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd9)63Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd10)26Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd9)40Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd11)36Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)28Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : within coordinates of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPT TT T     TTCT        T          T      T C      C/T
rs221858407
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:74718669fDel(2Cd44-Hoxd11)43Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)55Ddu : within coordinates of
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Del(2Hoxd1-Hoxd9)63Ddu : within coordinates of
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Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd9)40Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd11)36Ddu : within coordinates of
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Hoxd3 : Intron
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In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP                   A               G              A/G
rs27967847
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:74718757fDel(2Cd44-Hoxd11)43Ddu : within coordinates of
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Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
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Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
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In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPC CCCC     CCTC        C          C      C T    C C/T
rs4223222
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
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rs4223223
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Hoxd3 : Intron
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rs4223224
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rs4223225
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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rs4223226
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rs4223227
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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rs4223228
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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2SNPT TTTTT  C TTCT     T TT          T      T C    T C/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs4223229
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Hoxd3 : Intron
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1SNP  T TTT  T T        A T                           A/T
rs4223230
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
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1SNP  C CCC  C C        G C                           C/G
rs27967846
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Locus-Region
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1SNPG GGGG     GGCG        G          G      G C    G C/G
rs27967845
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Locus-Region
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPG GGGG     GGCG        G          G      G C    G C/G
rs27967844
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd4-Hoxd9)40Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd11)36Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)28Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : mRNA-UTR
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPA AA A     AACA        A          A      A C    A A/C
rs27967843
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd4-Hoxd11)36Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)28Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Intron
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPT TT T     TTCT        T          T      T T    T C/T
rs27967842
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd9)40Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd11)36Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)28Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : mRNA-UTR
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPG GGGG     GGGG        G          G      G T    G G/T
rs27967841
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd1-Hoxd9)63Ddu : within coordinates of
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Del(2Hoxd4-Hoxd9)40Ddu : within coordinates of
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Del(2Hoxd4-Hoxd13)28Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Intron
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPT TTTT     TTCT        T          T      T C    T C/T
rs27967840
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:74723309fDel(2Cd44-Hoxd11)43Ddu : within coordinates of
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Del(2Hoxd1-Hoxd9)63Ddu : within coordinates of
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Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd9)40Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd11)36Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)28Ddu : within coordinates of
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Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Intron
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPA AAAA     AATA        A          A      A T    A A/T
rs27967839
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:74723557fDel(2Cd44-Hoxd11)43Ddu : within coordinates of
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Del(2Hoxd1-Hoxd10)26Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd9)40Ddu : within coordinates of
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Del(2Hoxd4-Hoxd13)28Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Intron
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNPC CCCC     CCAC        C          C      C A    C A/C
rs241446380
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd1-Hoxd9)63Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd10)26Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd9)40Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd11)36Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)28Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Intron
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP                   A               G              A/G
rs260992950
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd1-Hoxd4)55Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)56Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd9)63Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd10)26Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd9)40Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd11)36Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)28Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Gm28230 : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : mRNA-UTR
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP                   G               A              A/G
rs108837940
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd1-Hoxd4)55Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)56Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd9)63Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd10)26Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd9)40Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd11)36Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)28Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Gm28230 : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : mRNA-UTR
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP  C        C                           T          C/T
rs13476579
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
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Del(2Hoxd1-Hoxd4)55Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)56Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd9)63Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd10)26Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd9)40Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd11)36Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)28Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd4-Hoxd13)30Ddu : within coordinates of
Gm28230 : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : Coding-NonSynonymous
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
2SNP C C C     C       C     G C CCC   G  C CC   CCC CC/G
rs242267488
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:74730138fDel(2Cd44-Hoxd11)43Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)55Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)56Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd9)63Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd10)26Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Gm28230 : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : 1015 bp downstream of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP                   C               A              A/C
rs265100436
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:74730934fDel(2Cd44-Hoxd11)43Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)55Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd4)56Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd9)63Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd10)26Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)1Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)12Ddu : within coordinates of
Del(2Hoxd1-Hoxd13)54Ddu : within coordinates of
Gm28230 : within coordinates of
Hoxd3 : Intron
Hoxd4 : 1811 bp downstream of
In(2Cd44;Hoxd11)2Ddu : within coordinates of
1SNP                   A               C              A/C

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
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10/08/2014
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