About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
 Symbol
Name
ID
Lrrtm1
leucine rich repeat transmembrane neuronal 1
MGI:2389173

90 matching SNPs displayed
Full result set is also available in a tab-delimited format.


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs29884452
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77242651fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : Locus-Region
Sndy1 : within coordinates of
4SNPCCC CTC  TT TT  C  CC/T
rs30805057
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77245616fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : Intron
Sndy1 : within coordinates of
3SNPA A   A  G   G  A   A/G
rs30889421
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77249774fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPG GGGG G GGGG GA AGGA/G
rs52112979
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77250630fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP C       A          A/C
rs52583799
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77250632fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP             A  C   A/C
rs30889423
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77250918fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP  TTTT T  TTT TA ATTA/T
rs30890455
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77251086fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC C  CCC CT TTCC/T
rs30890457
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77251357fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC T  CTC CC CCCC/T
rs30890459
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77251555fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC C  CCC CT TTCC/T
rs30890461
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77251694fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC C  CCC CT TTCC/T
rs30882394
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77251764fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPA AAAA A  AAA AT TAAA/T
rs30882396
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77251877fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC G CCGC CC CCCC/G
rs30882398
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77251920fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPA AAAA C  ACA AC CCAA/C
rs30882400
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77252456fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPG GGGG A GGAG GA AAGA/G
rs6364096
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77252644fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP      C T           C/T
rs6365245
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77252828fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
2SNPA AAAAACCAACA AC CCAA/C
rs6365307
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77252864fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP      C A           A/C
rs6365309
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77252868fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP      T A           A/T
rs6365842
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77252970fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
2SNPC CCCCCCT CCC CT T CC/T
rs30883434
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77253188fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT A  TAT TT TTTA/T
rs30883436
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77253252fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT C  TCT TT TTTC/T
rs30883438
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77253263fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT C  TCT TT TTTC/T
rs6380320
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77253304fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP      A C           A/C
rs6380365
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77253324fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
2SNPA AAAAA G AGA  G GGAA/G
rs6380441
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77253361fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP      A G           A/G
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs30883441
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77253479fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC T  CTC CC   CC/T
rs30883443
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77253514fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC T  CTC CC CCCC/T
rs30884295
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77253641fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPA AAAA A AAAA AG GGAA/G
rs30884297
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77253955fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT C TTCT TC CCTC/T
rs30884299
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254063fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPA AAAA    AGA AA AAAA/G
rs30884301
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254120fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPA AAAA C  ACA  C CCAA/C
rs30884303
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254148fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT C  TTT TT TTTC/T
rs30884995
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254157fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC C CCCC CT TTCC/T
rs30884997
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254176fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT G  TTT TT TTTG/T
rs30884999
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254258fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPA AAAA G  AGA AA AAAA/G
rs6398932
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254411fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
2SNPT TTTTTTC TCT  C CTTC/T
rs6399559
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254547fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP      G C           C/G
rs6400005
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254594fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP      A G           A/G
rs30885002
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254634fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPG GGGG G  GGG GA  GGA/G
rs6400570
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254714fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
2SNPA AAAAA C ACA AC CCAA/C
rs30885925
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254739fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC C  CCC CT  CCC/T
rs6400636
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254754fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
2SNPT TTTTTGG TGT TG GGTG/T
rs30885928
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254876fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT C  TCT TC CCTC/T
rs30885930
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254910fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC C  CCC CT TCCC/T
rs30885932
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77254972fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC    CTC CT  TCC/T
rs30886834
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77255068fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC T  CTC CT TTCC/T
rs30886836
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77255260fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPG GGGG G  GGG GA AAGA/G
rs30886838
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77255650fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPG GGGG G GGGG GT  GGG/T
rs30886840
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77255662fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPG GGGG G  GGG GT TGGG/T
rs30886842
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77256194fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPG GGGG C GGCG GC CCGC/G
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs30887764
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77256340fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPA AAAA G  AGA AG GGAA/G
rs30887766
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77257022fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPG GGGG G  GGG GG  AGA/G
rs30887768
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77257031fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC C CCCC CA ACCA/C
rs30887770
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77257183fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CC C T  CTC CC CCCC/T
rs52165680
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77257250fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP CC      A          A/C
rs30114879
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77257253fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP CC   C  A          A/C
rs29876916
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77257256fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
2SNP AC   C  A          A/C
rs30887772
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77257326fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC C CCCC CT TTCC/T
rs30888524
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77257392fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP  TT T G  TGT TG GGTG/T
rs30888526
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77257407fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPA AAAA G AAGA AG   AA/G
rs30888528
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77257437fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC C  CCC CT TTCC/T
rs30888530
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77257621fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : within coordinates of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC T CCTC CT T CC/T
rs30888532
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77257943fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 152 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPA AAAA G  AGA AA AAAA/G
rs30889214
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77257957fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 166 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC C  CCC CA AACA/C
rs30889216
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77258033fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 242 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPG GGGG C  GCG GG G GC/G
rs30889218
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77258110fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 319 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT T  TTT  G GTTG/T
rs30889220
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77258297fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 506 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT C  TCT TC C TC/T
rs30889222
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77258315fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 524 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPA AA A G  AGA A    AA/G
rs30889904
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77258337fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 546 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPA AAAA A  AAA  G   AA/G
rs30889906
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77258419fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 628 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT C  TCT TT TTTC/T
rs30882624
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77258559fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 768 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT A  TAT TT T TA/T
rs30882626
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77258567fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 776 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT T  TTT TC CCTC/T
rs30882628
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77258615fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 824 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPG GGGG G  GGG GA AGGA/G
rs30882630
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77258641fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 850 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT C  TCT TC  CTC/T
rs30882632
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77258695fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 904 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT T  TTT TC CCTC/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs30883514
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77258775fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 984 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC C  CCC CA AACA/C
rs30883516
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77258822fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 1031 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT C  TCT TT TTTC/T
rs30883518
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77258994fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 1203 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPG GGGG G GGGG GA AAGA/G
rs30883520
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77259096fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 1305 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP   A A G  AGA  G   AA/G
rs30883522
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77259145fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 1354 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP  AAAA A  AAA AG GGAA/G
rs30884304
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77259176fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 1385 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPA AAAA T  ATA A    AA/T
rs30884306
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77259256fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 1465 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT A  TAT T    TA/T
rs30884308
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77259298fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 1507 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT  TTT    T T TC C TC/T
rs30884310
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77259362fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 1571 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPA AAAA A  AAA AG GGAA/G
rs30884312
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77259395fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 1604 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPA AAAA C AACA AA AAAA/C
rs30884944
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77259451fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 1660 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPT TTTT T  TTT  C C TC/T
rs30884946
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77259465fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 1674 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC A  CAC CC   CA/C
rs30884948
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77259491fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 1700 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNPC CCCC T  CTC CT   CC/T
rs30884950
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77259525fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 1734 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP  GG G    GAG GG GGGA/G
rs30884952
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:77259574fCtnna2 : Intron
Lrrtm1 : 1783 bp downstream of
Sndy1 : within coordinates of
1SNP  AA A    A A  T   AA/T

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
04/08/2014
MGI 5.17
The Jackson Laboratory