About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
Genome Coordinate Discrepancy
The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details).
 Symbol
Name
ID
Fancl
Fanconi anemia, complementation group L
MGI:1914280

121 matching SNPs displayed


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs26827443
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26285398fFancl : Locus-Region1SNPT TTC     CT        T             C   TC/T
rs26827442
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26286184fFancl : Locus-Region1SNP C TC   C CT T      T            CC   TC/T
rs26827441
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26286292fFancl : Locus-Region1SNP GGGG   T GT G      T       T     G   TG/T
rs26827440
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26286847fFancl : Locus-Region1SNP AAAA   A AG A      G       G    AA   GA/G
rs4228639
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26286878rFancl : Locus-Region1SNP T TTT  T T       AT                   A/T
rs4228638
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26286923rFancl : Locus-Region1SNP T TTT  T T       CT                   C/T
rs4228637
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26286971rFancl : Locus-Region2SNP GCCGGGGGGGGGCGGGC?GGGGGGCGG CGGGG GGG C/G
rs4228636
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26286973rFancl : Locus-Region1SNP T TTT  T T       CT                   C/T
rs4228635
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26286976rFancl : Locus-Region1SNP C CCC  A C       CC                   A/C
rs4228634
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26287046rFancl : Locus-Region1SNP A AAA  A A       TA                   A/T
rs4228633
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26287112rFancl : mRNA-UTR1SNP G GGG  A G       GG                   A/G
rs4228632
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26287138rFancl : mRNA-UTR1SNP A AAA  A A       TA                   A/T
rs4228631
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26287219rFancl : Coding-NonSynonymous2SNP GGGGT  T GT G    TTT       T     G   TG/T
rs4228630
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26287223rFancl : Coding-NonSynonymous1SNP T TTT  G T       GT                   G/T
rs26827439
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26287259fFancl : Coding-Synonymous1SNP  AA    G  A A      A                 AA/G
rs26827438
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26287358fFancl : Intron1SNP AAAA   G AA A      A       A    AA   AA/G
rs26827437
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26287582fFancl : Intron1SNP  AA       T A      T       T         TA/T
rs26827436
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26287911fFancl : Intron1SNP CCCC   T CCCC      C       C    CC   CC/T
rs26827435
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26287936fFancl : Intron1SNP    A   A AG        G       G     A   GA/G
rs26827434
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26288103fFancl : Intron1SNP  TTC   C CT T      T       T     C   TC/T
rs33855220
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26288168fFancl : Intron1SNP T        A                            A/T
rs26827433
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26288386fFancl : Intron1SNP AGGA   G AG G      G       G    AA   GA/G
rs26827432
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26288457fFancl : Intron1SNP GAAG   A GA A      A       A    GG   AA/G
rs26827431
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26288964fFancl : Intron1SNP  AAT     TA A      A       A     T   AA/T
rs26827430
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26289691fFancl : Intron1SNP CCCC     CT        T       T    CC   TC/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs26827429
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26289819fFancl : Intron1SNP  GGA   G  G G      G       G         GA/G
rs26827428
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26292735fFancl : Intron1SNP GGGG   G GA G      A            GG   AA/G
rs26827427
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26292790fFancl : Intron1SNP  TTA   T AT T      T       T    A    TA/T
rs26827426
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26292810fFancl : Intron1SNP TGGT   G TG G      G       G    TT   GG/T
rs26827425
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26292871fFancl : Intron1SNP TA T   A TA A      A       A     T   AA/T
rs26827424
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26292930fFancl : Intron1SNP  AAG     GA A      A       A     G   AA/G
rs26827423
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26295363fFancl : Intron1SNP  CCT   C TC C      C       C     C   CC/T
rs26827422
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26295409fFancl : Intron1SNP A  A     AT        T       T          A/T
rs26827421
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26296349fFancl : Intron1SNP GAAG   A GA A      A       A    GG   AA/G
rs3712699
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26305627fFancl : Intron1SNP   A G                                 A/G
rs26827420
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26310766fFancl : Intron1SNPT C        T C      T       T     C   TC/T
rs26827419
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26311164fFancl : Intron1SNPA AA    A  A A      A       A     G   AA/G
rs26827418
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26311396fFancl : Intron1SNPA GG       A G      A             G   AA/G
rs26827417
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26313380fFancl : Intron1SNPG  A       G A      G             G   GA/G
rs26827416
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26313911fFancl : Intron1SNPG AA       G A      G       G     G    A/G
rs26827415
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26313945fFancl : Intron1SNPT TT       T T      T             C   TC/T
rs26827414
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26316319fFancl : Intron1SNPG  T       G T      G       G     T   GG/T
rs26827413
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26316451fFancl : Intron1SNPA AA       A A      A       A     G   AA/G
rs26827412
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26317241fFancl : Intron1SNPC C          C      C       C     T   CC/T
rs26827411
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26319993fFancl : Intron1SNPGAGGA   G AGAG      G       G    AG   GA/G
rs26827410
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26320044fFancl : Intron1SNPAACCA     ACAC      A       A    AA   AA/C
rs26827409
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26320273fFancl : Intron1SNPAGGGG     GGGG      A       A    GG   AA/G
rs26827408
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26320279fFancl : Intron1SNPG GGG   A GG        G       G     G   GA/G
rs26827407
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26320319fFancl : Intron1SNPTTCCT   T TCTC      T       T    TT   TC/T
rs26827406
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26320440fFancl : Intron1SNPCCT C   C CTC       C       C    CC   CC/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs26827405
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26320509fFancl : Intron1SNPAATTA   A ATA       A       A    AA   AA/T
rs26827404
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26320792fFancl : Intron1SNPGAAAA   A AAAA      G       G    AA   GA/G
rs26827403
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26320884fFancl : Intron1SNPCT  T   T T T       C       C    TT   CC/T
rs26827402
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26320977fFancl : Intron1SNPG  A      A         G       G         GA/G
rs26827401
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26321564fFancl : Intron1SNPTCTTC   C CTCT      T       T    CC   TC/T
rs26827400
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26321886fFancl : Intron1SNPAA AA   A AAAA      A       A    AG   AA/G
rs26827399
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26321956fFancl : Intron1SNPCGGGG   G GGGG      C       C    GG   CC/G
rs26827398
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26322566fFancl : Intron1SNPTCTTC   C CTCT      T       T    CC   TC/T
rs26827397
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26322755fFancl : Intron1SNPTTTTT   T TTTT      T       T    TT   AA/T
rs26827396
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26322779fFancl : Intron1SNPAAAAA   A A AA      A       A    AG   AA/G
rs26827395
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26323107fFancl : Intron1SNPGTGGT   G TGTG      G       G    TG   GG/T
rs26827394
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26323150fFancl : Intron1SNPGAAAA   A AAAA      G       G    AA   GA/G
rs26827393
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26323314fFancl : Intron1SNPCGCCG   C GCGC      C       C    GC   CC/G
rs26827392
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26323320fFancl : Intron1SNPTCCCC   C  CCC      T       T    CC   TC/T
rs26827391
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26323354fFancl : Intron1SNPATAAT   A TATA      A       A    TT   AA/T
rs26827390
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26323545fFancl : Intron1SNPA A A   G A A               A     A    A/G
rs26827389
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26323626fFancl : Intron1SNPATAAT   A TATA      A       A    TA   AA/T
rs26827388
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26324415fFancl : Intron1SNPTTTTT   T TTTT      T       T    TC   TC/T
rs26827387
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26324533fFancl : Intron1SNPA       T           A       A          A/T
rs26827386
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26324729fFancl : Intron1SNPCTCCT   C TCTC      C       C    TC   CC/T
rs26827385
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26325041fFancl : Intron1SNPCCTTC   C CTCT      C       C    CC   CC/T
rs26827384
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26325918fFancl : Intron1SNPAAAAA   G AAAA      A       A    AA   AA/G
rs26827383
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26333396fFancl : Intron1SNP    C     C                       C   GC/G
rs26827382
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26334080fFancl : Intron1SNP T GT   G T T                    TT   TG/T
rs26827381
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26334742fFancl : Intron1SNP T  T   T T T                    TT   GG/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs26827380
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26334995fFancl : Intron1SNP    A   G A A                     A   AA/G
rs26827379
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26335109fFancl : Intron1SNP A GA   G A AG                   AG   GA/G
rs26827378
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26335333fFancl : Intron1SNP    A   G A  G                    A   GA/G
rs26827377
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26335506fFancl : Intron1SNP G GG   A G GG                   GG   GA/G
rs26827376
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26336223fFancl : Intron1SNP G  G   C G                       G   CC/G
rs6281835
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26352124fFancl : Intron1SNP     G   T                             G/T
rs6282412
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26352272fFancl : Intron1SNP     A   G                             A/G
rs6282489
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26352303fFancl : Intron1SNP     C   T                             C/T
rs6282507
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26352315fFancl : Intron1SNP     A   G                             A/G
rs6296040
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26352443fFancl : Intron1SNP     A   G                             A/G
rs26827375
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26352949fFancl : Intron1SNP CCCC   T CCCC                   CC    C/T
rs6317700
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26354188fFancl : Intron1SNP     C   T                             C/T
rs6318136
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26354246fFancl : Intron1SNP     C   G                             C/G
rs6318678
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26354343fFancl : Intron1SNP     G   A                             A/G
rs6332056
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26354457fFancl : Intron1SNP     T   C                             C/T
rs6332119
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26354494fFancl : Intron1SNP     T   C                             C/T
rs6333143
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26354661fFancl : Intron1SNP     G   C                             C/G
rs6333193
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26354700fFancl : Intron1SNP     C   T                             C/T
rs6333715
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26354796fFancl : Intron1SNP     A   T                             A/T
rs6333736
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26354807fFancl : Intron1SNP     T   C                             C/T
rs6334157
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26354827fFancl : Intron1SNP     A   C                             A/C
rs26827374
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26359501fFancl : Intron1SNP  CCT     TC C                   TC    C/T
rs26827373
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26359940fFancl : Intron1SNPGTTTT   T TTTT      G       G    TT   GG/T
rs26827372
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26360486fFancl : Intron1SNPGGGGG   A GGGG      G       G    GG   GA/G
rs26827371
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26360771fFancl : Intron1SNPA TTT     TT        A            T    AA/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs26827370
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26360895fFancl : Intron1SNPC       T           C       C         TC/T
rs26827369
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26360928fFancl : Intron1SNPCTCCT   C TCTC      C       C    TC   CC/T
rs26827368
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26360958fFancl : Intron1SNPCCCCC   C CCCC      C       C    CC   TC/T
rs26870343
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26361028fFancl : Intron1SNPGAAAA   G AAAA      G       G    AA   GA/G
rs26870342
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26361087fFancl : Intron1SNPGGGGG   G GGGG      G       G    GG   AA/G
rs26870341
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26361112fFancl : Intron1SNPGAAAA   G AAAA      G       G    AA   GA/G
rs26870340
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26361262fFancl : Intron1SNPCTTTT   T TTT       C       C    TT   TC/T
rs26870339
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26368069fFancl : Intron1SNPAAAAA   G AAAA      A       A    AA   GA/G
rs26870338
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26368128fFancl : Intron1SNPTAAAA   A AAAA      T       T    AA   AA/T
rs26870337
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26368211fFancl : Intron1SNP TTTT   C TTT       T            TT   CC/T
rs26870336
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26368393fFancl : Coding-Synonymous1SNPGAAAA   G AAAA      G       G    AA   GA/G
rs26870335
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26368605fFancl : Intron1SNPCCCCC   C CCCC      C       C    CC   TC/T
rs26870334
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26370159fFancl : Intron
Vrk2 : Locus-Region
1SNPA   G      G G      A            GG   GA/G
rs26870333
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26370205fFancl : Intron
Vrk2 : Locus-Region
1SNPG   A   G  A        G       G    AA   GA/G
rs26870332
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26370260fFancl : Intron
Vrk2 : Locus-Region
1SNPG   T   T TT        G       G    T    GG/T
rs26870331
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26370263fFancl : Intron
Vrk2 : Locus-Region
1SNPT  G       G        T       T     G   TG/T
rs3719024
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26370846fFancl : Intron
Vrk2 : Locus-Region
1SNP    AG                                 A/G
rs26870330
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26371552fFancl : mRNA-UTR
Vrk2 : Coding-NonSynonymous
1SNPTTTTT   T TT T      T       T    TT   CC/T
rs26870329
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26371676fFancl : mRNA-UTR
Vrk2 : Coding-Synonymous
1SNPGGGGG   A GGGG      G       G    GG   GA/G
rs26870328
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26371920fFancl : Locus-Region
Vrk2 : Intron
1SNPG A A   G  A        G       G    AA    A/G
rs26870327
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:26372157fFancl : Locus-Region
Vrk2 : Intron
1SNPACCCC   C CCC       A       A    C    AA/C

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
05/08/2013
MGI 5.13
The Jackson Laboratory