About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
 Symbol
Name
ID
Rfx5
regulatory factor X, 5 (influences HLA class II expression)
MGI:1858421

35 matching SNPs displayed
Full result set is also available in a tab-delimited format.


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33094596
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94952619fRfx5 : 1456 bp upstream of1SNPG GGGG G GAG GG  GGGA/G
rs33094599
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94952679fRfx5 : 1396 bp upstream of1SNPT TTTT T TCT TT  TTTC/T
rs33094602
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94952864fRfx5 : 1211 bp upstream of1SNPA AAAA A AAA AC  AAAA/C
rs30858039
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94953021fD3Umi6 : within coordinates of
Rfx5 : Locus-Region
4SNPAAGGG  GGGGGGAGG GGGA/G
rs33095734
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94953100fD3Umi6 : within coordinates of
Rfx5 : Locus-Region
1SNPA AAAA T AAA AA  AAAA/T
rs33095737
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94953318f4930532J02Rik : within coordinates of
Rfx5 : Locus-Region
1SNPG GGGG T GTG GG  GT G/T
rs33095740
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94953393f4930532J02Rik : within coordinates of
Rfx5 : Locus-Region
1SNPT TTTT A TAT TT  TATA/T
rs33090595
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94953461f4930532J02Rik : within coordinates of
Rfx5 : Locus-Region
1SNPT TTTT T TTT TT  TATA/T
rs33090597
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94953727f4930532J02Rik : within coordinates of
Rfx5 : Locus-Region
1SNPC CCCC G CGC CC  CGCC/G
rs33090599
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94953881f4930532J02Rik : within coordinates of
Rfx5 : Locus-Region
1SNPA A AA A ATA AA   AAA/T
rs33090601
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94955177fRfx5 : Intron1SNPT TTTT T TT  TT   CTC/T
rs30553963
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94955672fRfx5 : Intron4SNPG CCCCGGCCGGCGGC GG C/G
rs33090603
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94955808fRfx5 : Coding-Synonymous2SNPG GGGG GGGGG G  AGAGA/G
rs33091946
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94957049fRfx5 : Intron1SNPA AAAA GAAGA A   A AA/G
rs33091948
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94957156fRfx5 : Coding-Synonymous1SNPT TTTT TTTCT TT  TCTC/T
rs33091951
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94957213fRfx5 : Coding-Synonymous1SNPC CCCC TCCTC C   CTCC/T
rs33091953
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94957810fRfx5 : Coding-Synonymous1SNPG GGGG GGGGG G   GAGA/G
rs31277825
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94957838fRfx5 : Coding-NonSynonymous1SNP GG   A G           A/G
rs30210852
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94959097fB230398E01Rik : Noncoding-Transcript-Variant
Rfx5 : Coding-NonSynonymous
3SNP GA   G A   A  A    A/G
rs33092855
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94959751fB230398E01Rik : Noncoding-Transcript-Variant
Rfx5 : mRNA-UTR
1SNPT TTTT CTTCT T   TTTC/T
rs30012479
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94959817fB230398E01Rik : Noncoding-Transcript-Variant
Rfx5 : mRNA-UTR
3SNPAAG   A G   G  G    A/G
rs33092856
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94960104fB230398E01Rik : Intron
Rfx5 : mRNA-UTR
1SNPC CCCC GCCCC C   CG C/G
rs33092859
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94960292fB230398E01Rik : Intron
Rfx5 : mRNA-UTR
1SNPG GGGG GGGCG G   GCGC/G
rs33092862
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94960331fB230398E01Rik : Intron
Rfx5 : mRNA-UTR
1SNPC CCCC CCCTC CC  CCCC/T
rs30752164
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94961247fB230398E01Rik : Noncoding-Transcript-Variant
Rfx5 : mRNA-UTR
3SNPTTA   T     A  A    A/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs30153940
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94961374fB230398E01Rik : Noncoding-Transcript-Variant
Rfx5 : mRNA-UTR
2SNPGGA   A             A/G
rs33093884
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94961577fB230398E01Rik : Noncoding-Transcript-Variant
Rfx5 : Locus-Region
1SNPC CCCC CCCCC C   CTCC/T
rs33093886
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94961859fB230398E01Rik : Noncoding-Transcript-Variant
Rfx5 : Locus-Region
1SNPA AAAA AAAAA AA  ATAA/T
rs45776502
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94962268fRfx5 : 707 bp downstream of1SNP C                  C
rs33093889
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94962364fRfx5 : 803 bp downstream of1SNPC CCCC TCCTC C   CT C/T
rs33093891
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94962392fRfx5 : 831 bp downstream of1SNPC CCCC CCCCC C   CGCC/G
rs31092913
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94962972fRfx5 : 1411 bp downstream of3SNP GA   G A   A  A    A/G
rs33093893
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94963062fRfx5 : 1501 bp downstream of1SNPA AAAA GAAGA AA  AAAA/G
rs263603368
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94963115fRfx5 : 1554 bp downstream of1SNP            T  G    G/T
rs33094825
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94963400fRfx5 : 1839 bp downstream of1SNPC CCCC TCCTC C   CCCC/T

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
10/08/2014
MGI 5.20
The Jackson Laboratory