About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
Genome Coordinate Discrepancy
The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details).
 Symbol
Name
ID
Esrra
estrogen related receptor, alpha
MGI:1346831

97 matching SNPs displayed


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs16818119
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6983576rEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Intron
Trmt112 : Locus-Region
2SNPC CCCCCC  C CCCCC   C  CCCCC        C  CCC  CCT  CCCT    C C/T
rs31295304
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6983845fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Intron
Trmt112 : Locus-Region
2SNPCCCCC CC  C GCCC          C            C          C C    G C/G
rs16818123
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6983916fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Intron
Trmt112 : Locus-Region
2SNPT TTTTT   T TTTTT   T  TTTTT        T  TT   TTA   TTA    T A/T
rs16818124
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984111fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : mRNA-UTR
Trmt112 : Locus-Region
1SNP  CCCC      C   C   C  CCC C        C   C   CCG    C       C/G
rs16818125
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984210fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : mRNA-UTR
1SNP  CCCC          C   C  CCC C        C   C   GCC    C       C/G
rs16818126
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984213fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : mRNA-UTR
1SNP  CCCC          C   C  CCC C        C   C   ACC    C       A/C
rs36576097
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984330fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : mRNA-UTR
1SNPA AAA A   A AAAA          A            A          A G    A A/G
rs16818127
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984351fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : Intron
1SNP  GGGGGG  G G   G   GA GGG G        G   GG  GGG  G G       A/G
rs16818128
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984378fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : Intron
2SNPT TTTTTT  C TTCTT   TC TTTTT        T  TTT  CTC  TTTC    T C/T
rs16818129
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984380fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : Intron
1SNP  CCCCCC  C C   C   CT CCC C        C   CC  CCC  C C       C/T
rs16818130
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984387fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : Intron
7Mixed  ------  - -   -   -C ?-- -        -   --  ---  - -       -/A/C/G/T
rs16818137
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984396fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : Intron
3SNPTTTTTTTT  C CTCTT   TC TTTTT        T  TTT  CTC  TTTC    C C/T
rs16818138
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984454fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : mRNA-UTR
1SNP  TTTTTT  C T   T   TT TTT T        T   TT  CTT  T T       C/T
rs16818139
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984455fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : mRNA-UTR
1SNP    C CC  A     C   CC CC           C   CC  ACC  C         A/C
rs16818140
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984463fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : mRNA-UTR
2SNPG GGG GG  A GGAGG   GG GGGG         G  GGG  AGG  GG G    G A/G
rs16818141
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984486fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : mRNA-UTR
3SNPCCCCCCCC  C TCCCC   CC CCCCC        C  CCC  CCC  CCCC    C C/T
rs16818142
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984498fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : mRNA-UTR
1SNP  CCCCCC  C C   C   CT CCC C        C   CC  CCC  C C       C/T
rs16818143
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984525fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : mRNA-UTR
2SNPG GGGGGG  A GGAGG   GC GGGGG        G  GGG  AGC  GGG     G A/C/G
rs16818144
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984527fEsrra : Locus-Region
Prdx5 : Locus-Region
Trmt112 : mRNA-UTR
1SNP  TTTTTT  T T   T   TG TTT T        T   TT  TTT  T T       G/T
rs16818145
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6984997fEsrra : Locus-Region
Trmt112 : Intron
1SNP  AAAAAA  A A   A   AG AAA A        A   AA  AAA  A A       A/G
rs16818146
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985027fEsrra : Locus-Region
Trmt112 : Intron
1SNP  CCCCCC  C C   C   CG CCC C        C   CC  CCC  C C       C/G
rs16818147
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985171fEsrra : Locus-Region
Trmt112 : Intron
1SNP  TTTTTT  T T   T   TA TTT T        T   TT  TTT  T T       A/T
rs16818148
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985186fEsrra : Locus-Region
Trmt112 : Intron
1SNP  TTTTTT  T T   T   TC TTT T        T   TT  TTT  T T       C/T
rs16818149
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985193fEsrra : Locus-Region
Trmt112 : Intron
1SNP  AAAAAA  A A   A   AC AAA A        A   AA  AAA  A A       A/C
rs16818150
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985202fEsrra : Locus-Region
Trmt112 : Intron
1SNP  TTTTTT  T T   T   TC TTT T        T   TT  TTT  T T       C/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs16818151
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985203fEsrra : Locus-Region
Trmt112 : Intron
1SNP  GGGGGG  G G   G   GA GGG G        G   GG  GGG  G G       A/G
rs16818152
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985226fEsrra : Locus-Region
Trmt112 : Intron
1SNP  TTTTTT  T T   T   TC TTT T        T   TT  TTT  T T       C/T
rs16818153
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985335fEsrra : Locus-Region
Trmt112 : Coding-NonSynonymous
1IN-DEL  GGGGGG  G G   G   GG GGG G        -   GG  GGG  G G       -/G
rs16818154
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985336fEsrra : Locus-Region
Trmt112 : Coding-NonSynonymous
1IN-DEL  AAAAAA  A A   A   AA AAA A        -   AA  AAA  A A       -/A
rs16818155
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985337fEsrra : Locus-Region
Trmt112 : Coding-NonSynonymous
1IN-DEL  GGGGGG  G G   G   GG GGG G        -   GG  GGG  G G       -/G
rs16818156
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985606fEsrra : mRNA-UTR
Trmt112 : Locus-Region
1SNP  GGGGG     G   G   GG GG  G        G   G    GT  G G       G/T
rs16818157
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985718fEsrra : mRNA-UTR
Trmt112 : Locus-Region
1SNP  CCCCCC    C   C   CC CCC C        C   C    CT  C C       C/T
rs16818158
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985719fEsrra : mRNA-UTR
Trmt112 : Locus-Region
2SNP TTTTTTT    G   T   TG TTT T        T   T    TG  T T       G/T
rs16818159
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985923fEsrra : mRNA-UTR
Trmt112 : Locus-Region
2SNP  GGGGGG    A   G   GG GGG G        G   G    GG  G G       A/G
rs16818160
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985948fEsrra : mRNA-UTR
Trmt112 : Locus-Region
1SNP  CCCCC     C   C   CC CCC C        C   C    CT  C C       C/T
rs31051713
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6985993fEsrra : mRNA-UTR
Trmt112 : Locus-Region
1SNP  A    A    T                                              A/T
rs16818161
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6986009fEsrra : mRNA-UTR
Trmt112 : Locus-Region
1SNP  GGGGG     G   G   GG GGC G        G   G    GG  G G       C/G
rs16818162
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6986197fEsrra : mRNA-UTR1SNP  TTTTTT  C T   T   TT TTT T        T   TT  CTC  T T       C/T
rs16818163
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6986457fEsrra : Coding-Synonymous1SNP  GGGGGG  G G   G   GT GGG G        G   GG  GGG  G G       G/T
rs16818164
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6986466fEsrra : Coding-Synonymous1SNP  CCCCCC  C C   C   CT CCC C        C   CC  CCC  C C       C/T
rs16818165
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6986649fEsrra : Intron1SNP  GGGGGG  G G   G   GT GGG G        G   GG  GGG  G G       G/T
rs16818172
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6986747rEsrra : Intron1SNP  GGGGGG  G G   G   GA GGG G        G   GG  GGG  G G       A/G
rs16818171
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6986779rEsrra : Intron3SNPTTTTTTTT  C CCCTT   TC TTTTC        C  TTT  CTC  TTTC    C C/T
rs16818170
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6986780rEsrra : Intron1SNP  GGGGGG  G G   G   GA GGG G        G   GG  GGG  G G       A/G
rs16818169
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6986852rEsrra : Coding-Synonymous1SNP  CCCCCC  C C   C   CT CCC C        C   CC  CCC  C C       C/T
rs16818168
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6986882rEsrra : Coding-Synonymous2SNPG GGGGGG  A GGAGG   GG GGGGG        G  GGG  AGG  GGGG    G A/G
rs16818167
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6987124rEsrra : Intron1IN-DEL   -----  - -   -   -C  -C -             -       -         -/C
rs16818166
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6987143rEsrra : Intron1SNP  CCCCCC  C C   C   CT CCC C        C   CC  CCC  C C       C/T
rs13483512
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6987339fEsrra : Coding-Synonymous3SNPCCCCC CCCCCCACCCCCCCCCC   C CCCCACAC CCCCCCC   CC C CCCCCCCA/C
rs16818178
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6987507rEsrra : Intron1SNP  AAAAAA  A A   A   AG AAA A        A   AA  AAA  A A       A/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs16818177
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6987512rEsrra : Intron1SNP  TTTTTT  A T   T   TT TTT T        T   TT  ATT  T T       A/T
rs16818176
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6987547rEsrra : Intron1SNP  GGGGGG  G G   G   GC GGG G        G   GG  GGG  G G       C/G
rs16818175
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6987550rEsrra : Intron2SNPG GGGGGG  C GGCGG   GG GGGGG        G  GGG  CGG  GGGG    G C/G
rs16818174
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6987743rEsrra : Intron1SNP  GGGGGG  G G   G   GA GGG G        G   GG  GGG  G G       A/G
rs16818173
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6987758rEsrra : Intron1SNP  TTTTTT  T T   T   TC TTT T        T   TT  TTT  T T       C/T
rs16818179
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6988263fEsrra : Intron1IN-DEL  ------  T -   -   -  --- -        -   --  T-T  - -       -/T
rs16818180
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6988410fEsrra : Coding-Synonymous1SNP  TTTTTT  C T   T   T  TTT T        T   TT  CTC  T T       C/T
rs16818181
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6988413fEsrra : Coding-Synonymous2SNPG GGGGGG  G TGGGG   G  GGGGG        G  GGG  GGG  GGGG      G/T
rs37452406
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6988416fEsrra : Coding-Synonymous1SNPG GGG G   G  GGG          G            G          G G    A A/G
rs16818182
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6988562fEsrra : Intron1SNP  TTTTTT  C T   T    T TTT T        T   TT   TT            C/T
rs16783871
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6988830fEsrra : Intron2SNP  AAAAAA  G A   A   AA AAA A        A   AA  GAA  A A       A/G
rs16783872
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6988842fEsrra : Intron2SNP  GGGGGG  G G   G   GA GGG G        G   GG  GGG  G G       A/G
rs16783873
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6988934fEsrra : Intron2SNP  AAAAAA  A A   A   AT AAA A        A   AA  AAA  A A       A/T
rs16783874
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6989027fEsrra : Intron3SNP AAAAAAA  A G   A   AA AAA A        A   AA  AAA  A A       A/G
rs16818183
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6989112fEsrra : Intron2SNPT TTTTTT  C TTCTT   TT TTTTT        T  TTT  CTT  TTTT    T C/T
rs36269021
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6989961fEsrra : Intron1SNPT TTT T   C TTCT                       T          T T    T C/T
rs37224534
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6989988fEsrra : Intron1SNPT TTT T   C TTCT          T            T          T T    T C/T
rs36921323
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6990048fEsrra : Intron1SNPT TTT T   C TTCT          T            T          T T    T C/T
rs37247774
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6990062fEsrra : Intron1SNPA AAA     G AAG           A            A          A A    A A/G
rs39329961
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6990074fEsrra : Intron1SNPC CCC C   G CCGC          C            C          C C    C C/G
rs36634216
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6990092fEsrra : Intron1SNPC CCC C   C CCCC          C            C          C T    C C/T
rs37101410
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6990124fEsrra : Intron1SNPT TTT T   C TTCT          T            T          T C    C C/T
rs37711743
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6991180fEsrra : Intron1SNPA AAA A   A AGAA          A            A          A A    A A/G
rs37465969
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6993072fEsrra : Intron1SNPC CCC C   C CCCC          C            C          C T    C C/T
rs36310372
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6993128fEsrra : Intron1SNPA AAA A   G AAGA          A            A          A G    G A/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs16818098
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994117fEsrra : Intron1SNP  GGGGG   G G   G   GG GGG G        G   GG  GGA  G G       A/G
rs16818099
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994193fEsrra : Intron1SNP  AAAAAA  A T   A   AA AAA A        A   AA  AAA  A A       A/T
rs16818100
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994195fEsrra : Intron1SNP  CCCCCC  C C   C   CT CCC C        C   CC  CCC  C C       C/T
rs16818101
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994216fEsrra : Intron1SNP  CCCCCC  C C   C   CG CCC C        C   CC  CCC  C C       C/G
rs16818102
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994348fEsrra : Intron1SNP  GGGGGG  G G   G   GG GGG G        G   GG  GGA  G G       A/G
rs16818103
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994382fEsrra : Intron1SNP  AAAAAA  A A   A   AT AAA A        A   AA  AAA  A A       A/T
rs16818104
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994383fEsrra : Intron1SNP  AAAAAA  A A   A   AT AAA A        A   AA  AAA  A A       A/T
rs16818105
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994385fEsrra : Intron1SNP  TTTTTT  T T   T   TA TTT T        T   TT  TTT  T T       A/T
rs16818106
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994389fEsrra : Intron1SNP  AAAAAA  A A   A   AG AAA A        A   AA  AAA  A A       A/G
rs16818107
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994399fEsrra : Intron1SNP  AAAAAA  A A   A   AT AAA A        A   AA  AAA  A A       A/T
rs16818108
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994432fEsrra : Intron1SNP  TTTTTT  C C   T   TC TTT T        T   TT  CTC  T T       C/T
rs16818109
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994435fEsrra : Intron1IN-DEL  - ---   C C   -    C --           -    -  C C    -       -/C
rs16818110
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994489fEsrra : Intron4Mixed  ------  - -   -   -A --- -        -   --  ---  - -       -/A/G
rs16818114
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994629fEsrra : Coding-Synonymous1SNP  CCCCCC  C C   C   CT CCC C        C   CC  CCC  C C       C/T
rs16818115
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994821fEsrra : Coding-Synonymous2SNPAAAAAAAA  G G   A   AG AAA A        A   AA  GAG  A A       A/G
rs16783875
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6994954fEsrra : Intron
Tex40 : Locus-Region
3SNPAAAAAAAA  C C   A   AC AAA A        A   AA  CAC  A A       A/C
rs16818118
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6995213rEsrra : Intron
Tex40 : Locus-Region
1SNP  CCCCC         C    C CC               C    CA            A/C
rs16818117
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6995260rEsrra : Intron
Tex40 : Locus-Region
1IN-DEL  TTTTT         T    - TT               T    TT            -/T
rs16818116
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6995261rEsrra : Intron
Tex40 : Locus-Region
1IN-DEL  AAAAA         A    - AA               A    AA            -/A
rs6366877
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6995541fEsrra : Intron
Tex40 : Locus-Region
1SNP       A   G                                               A/G
rs6368101
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6995794fEsrra : Intron
Tex40 : Locus-Region
1SNP       C   T                                               C/T
rs30942069
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr19:6996417fEsrra : Locus-Region
Tex40 : Locus-Region
1SNP       C    A                                              A/C

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
05/22/2013
MGI 5.13
The Jackson Laboratory