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Genome
Coordinate Discrepancy The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details). |
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Symbol Name ID |
Cog1 component of oligomeric golgi complex 1 MGI:1333873 |
| SNP ID (dbSNP Build 128) | Map Position (NCBI Build 37) |  | Gene : dbSNP Function Class | Assays (ss) | Variation Type |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | Allele Summary (all strains) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs29440291 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113511817 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | T | T | C | C/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29437832 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113511825 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | T | T | C | C/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29435461 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113511827 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | A | A | G | A/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29409155 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113511861 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | C | C | T | C/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29475872 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113512011 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | C | C | T | C | C | C/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29390448 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113512057 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | A | A | G | A | A | A/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29427292 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113512119 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | T | T | C | T | T | C/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29422856 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113512414 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | T | G | G | G/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29404124 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113512468 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | T | C | C | C/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29389166 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113513989 | f | Cog1 : Coding-Synonymous | 1 | SNP | C | T | T | C/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs30925927 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113514040 | r | Cog1 : Intron | 1 | SNP | G | A | A/G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29442248 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113514045 | f | Cog1 : Intron | 2 | SNP | T | C | C | C | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29400988 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113514885 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | C | G | C/G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29426471 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113516363 | f | Cog1 : Coding-Synonymous | 1 | SNP | T | C | C | C | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29462865 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113516676 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | C | T | T | T | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29395720 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113516704 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | C | T | T | T | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29428822 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113516810 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | A | T | T | T | A/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29429856 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113516822 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | G | G | A | A | A/G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29388069 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113516960 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | G | T | T | T | G/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs13481240 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113517043 | f | Cog1 : Intron | 2 | SNP | G | G | G | A | G | G | A | A | A | G | A | G | G | G | G | G | G | G | G | G | A | A | A | A | A | G | G | A | G | G | G | G | G | G | G | G | G | A | G | G | G | G | G | G | G | A/G | ||
| rs3699250 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113517416 | f | Cog1 : Coding-Synonymous | 1 | SNP | C | T | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs3699253 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113517422 | f | Cog1 : Coding-Synonymous | 1 | SNP | T | G | G/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs3700356 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113517564 | f | Cog1 : Coding-Synonymous | 1 | SNP | A | C | A/C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs3700383 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113517576 | f | Cog1 : Coding-NonSynonymous | 1 | SNP | A | G | A/G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017628 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113518268 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | C | A | C | C | A | C | C | C | A | C | C | C | C | A/C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SNP ID (dbSNP Build 128) | Map Position (NCBI Build 37) | | Gene : dbSNP Function Class | Assays (ss) | Variation Type | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | Allele Summary (all strains) |
| rs27017627 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113518382 | f | Cog1 : Coding-Synonymous | 1 | SNP | C | C | C | C | C | T | C | T | C | T | T | C | T | C/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017626 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113518466 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | G | C | C | G | G | C | C | C | C | C | C | C | C/G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs3720721 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113518603 | f | Cog1 : Intron | 2 | SNP | G | G | A | G | G | A | G | A | G | G | A | G | G | G | G | A/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017625 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113518691 | f | Cog1 : Coding-Synonymous | 1 | SNP | C | A | C | C | A | C | C | A | C | C | C | C | C | C | A/C | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017624 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113518703 | f | Cog1 : Coding-Synonymous | 1 | SNP | A | A | G | A | G | A | A | A | A | A | A | A/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017623 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113518745 | f | Cog1 : Coding-Synonymous | 1 | SNP | C | T | T | C | T | T | T | C | T | T | T | T | T | T | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017622 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113518940 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | A | G | A | G | A | A | A | A | G | A/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017621 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113518954 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | A | A | G | A | A | A | A | A | A | G | A | A/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017620 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113518988 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | G | A | G | G | A | A | G | G | G | G | G | G | G | A | G | A/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017619 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113519031 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | T | A/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017618 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113519059 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | G | A | A | G | A | A | G | A | A | A | A | G | G | A/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017617 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113519249 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | T | C | T | T | C | T | T | T | T | T | T | T | T | C | T | C/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017616 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113519659 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | C | C | T | C | C | C | C | C | C | C | C | C | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017615 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113519661 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | C | G | G | C | G | G | G | G | G | G | G | C | G | C/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017614 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113519692 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | A | G | G | A | G | G | G | G | G | G | G | G | A | G | A/G | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017613 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113519693 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | T | T | T | T | T | G | T | T | T | T | T | G/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017612 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113520053 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | G | G | G | G | G | A | G | G | G | G | G | G | G | G | G | A/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017611 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113520092 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | C | T | C | T | T | C | T | C/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017610 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113520103 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | T | A | A | A | A | A | A | A | A/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017609 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113520191 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | G | A | G | G | A | G | G | G | G | G | G | G | G | A | G | A/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017608 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113520209 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | C | C | C | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | C | C | C/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017607 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113520309 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | T | C | T | T | C | T | T | T | T | T | T | T | C | T | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017606 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113520373 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A | A/G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017605 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113520462 | f | Cog1 : Intron | 1 | SNP | T | A | A | T | T | A | A | A | A | A | T | A | A/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017604 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113520708 | f | Cog1 : Intron Fam104a : Locus-Region | 1 | SNP | C | C | C | C | C | C | T | C | C | C | C | C | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SNP ID (dbSNP Build 128) | Map Position (NCBI Build 37) | | Gene : dbSNP Function Class | Assays (ss) | Variation Type | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | Allele Summary (all strains) |
| rs27017603 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113520716 | f | Cog1 : Intron Fam104a : Locus-Region | 1 | SNP | G | G | A | G | G | G | G | G | G | G | A/G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017602 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113520842 | f | Cog1 : Intron Fam104a : Locus-Region | 1 | SNP | G | G | G | G | G | C | G | G | C | G | G | G | G | G | C | C/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017601 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113520920 | f | Cog1 : Intron Fam104a : Locus-Region | 1 | SNP | A | A | A | A | A | G | A | A | A | A | A | A | A | A | G | A/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017600 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113520959 | f | Cog1 : Intron Fam104a : Locus-Region | 1 | SNP | C | T | C | C | T | C | C | C | C | C | C | C | C | T | C | C/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017598 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113522262 | f | Cog1 : Coding-Synonymous Fam104a : Locus-Region | 1 | SNP | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | A | G | A/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs6236076 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113522443 | f | Cog1 : Intron Fam104a : Locus-Region | 1 | SNP | T | C | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs6236500 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113522448 | f | Cog1 : Intron Fam104a : Locus-Region | 1 | SNP | C | T | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs6236568 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113522487 | f | Cog1 : Coding-Synonymous Fam104a : Locus-Region | 1 | SNP | A | G | A/G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs6236594 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113522503 | f | Cog1 : Coding-NonSynonymous Fam104a : Locus-Region | 1 | SNP | A | G | A/G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs6236607 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113522506 | f | Cog1 : Coding-NonSynonymous Fam104a : Locus-Region | 1 | SNP | A | G | A/G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017597 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113522508 | f | Cog1 : Coding-Synonymous Fam104a : Locus-Region | 1 | SNP | T | C | T | T | T | T | T | T | T | T | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs6237113 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113522576 | f | Cog1 : Intron Fam104a : Locus-Region | 1 | SNP | T | C | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs6237162 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113522602 | f | Cog1 : Intron Fam104a : Locus-Region | 1 | SNP | C | T | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs6237220 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113522630 | f | Cog1 : Intron Fam104a : Locus-Region | 2 | SNP | C | T | T | C | T | C | C | T | T | T | T | T | T | T | C | T | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||
| rs6238188 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113522789 | f | Cog1 : Intron Fam104a : mRNA-UTR | 1 | SNP | C | G | C/G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs6238190 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113522791 | f | Cog1 : Intron Fam104a : mRNA-UTR | 2 | SNP | A | A | A | A | G | G | A | A | G | A | A | A | A | G | A | A/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017596 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113523085 | f | Cog1 : Intron Fam104a : mRNA-UTR | 1 | SNP | T | T | T | T | T | C | T | T | C | T | T | T | T | T | T | C/T | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017595 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113523304 | f | Cog1 : Intron Fam104a : mRNA-UTR | 2 | SNP | T | T | C | T | T | C | C | T | T | C | T | T | T | T | C | T | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017594 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113523568 | f | Cog1 : Coding-Synonymous Fam104a : mRNA-UTR | 2 | SNP | T | T | C | T | T | C | C | T | T | C | T | T | T | T | C | T | C/T | |||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29431996 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113523801 | f | Cog1 : Locus-Region Fam104a : mRNA-UTR | 1 | SNP | C | G | C | C/G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs27017593 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113523849 | f | Cog1 : Locus-Region Fam104a : mRNA-UTR | 1 | SNP | T | G | T | T | G | G | T | T | T | T | T | T | G | T | G/T | |||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29462721 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113523932 | f | Cog1 : Locus-Region Fam104a : mRNA-UTR | 1 | SNP | C | A | C | A/C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29424751 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113524054 | f | Cog1 : Locus-Region Fam104a : mRNA-UTR | 1 | SNP | G | A | G | G | A/G | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rs29402746 MPD | dbSNP | MGI SNP Detail | Chr11:113524072 | f | Cog1 : Locus-Region Fam104a : mRNA-UTR | 1 | SNP | G | A | G | G | A/G |
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc |
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last database update 05/08/2013 MGI 5.13 |
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