About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
Genome Coordinate Discrepancy
The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details).
 Symbol
Name
ID
Pik3ca
phosphatidylinositol 3-kinase, catalytic, alpha polypeptide
MGI:1206581

110 matching SNPs displayed


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs29865117
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32333308fPik3ca : Locus-Region1SNPG GGGG A GGAGGGGAGA/G
rs29865116
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32333517fPik3ca : Locus-Region1SNPA AAAA G AAGAAAAGAA/G
rs29865115
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32334448fPik3ca : Locus-Region1SNPA AAAA G AA AAAA AA/G
rs29865114
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32334463fPik3ca : Locus-Region1SNPG GGGG A GGGGGGG GA/G
rs29863603
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32334541fPik3ca : Locus-Region1SNPA AAAA G AA AAAA AA/G
rs6172258
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32334751fPik3ca : Locus-Region1SNP      G C         C/G
rs6172261
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32334755fPik3ca : Locus-Region1SNP      C A         A/C
rs6173347
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32334906fPik3ca : Locus-Region2SNPG GGGGGGAGGAGGGGAGA/G
rs6173479
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32334990fPik3ca : Locus-Region2SNPT TTTTTCCTT TTTT TC/T
rs6173480
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32334993fPik3ca : Locus-Region1SNP      C T         C/T
rs6173904
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32335010fPik3ca : Locus-Region2SNPC CCCCCAACC CCCC CA/C
rs6174029
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32335072fPik3ca : Locus-Region1SNP      G A         A/G
rs6174032
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32335074fPik3ca : Locus-Region1SNP      G A         A/G
rs6175584
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32335313fPik3ca : Coding-Synonymous2SNPG GGGGGGAGGAGGGG GA/G
rs29863602
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32335391fPik3ca : Coding-Synonymous1SNPA AAAA G AAGAAAAGAA/G
rs29863601
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32335704fPik3ca : Intron1SNPG GGGG A GG GGGG GA/G
rs29863600
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32335711fPik3ca : Intron1SNPA AAAA A AAGAAAAGAA/G
rs29863599
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32335953fPik3ca : Intron1SNPC CCCC G CCCCCCC CC/G
rs29863598
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32336260fPik3ca : Intron2SNPGGAGGAGA GGAAGGG GA/G
rs29863597
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32336310fPik3ca : Intron1SNPG GGGG G GGTGGGG GG/T
rs6343639
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32336396fPik3ca : Intron2SNPA AAAAAGGAA AAAA AA/G
rs29863596
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32336407fPik3ca : Intron1SNPT TTTT T TTGTTTT TG/T
rs6344162
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32336460fPik3ca : Intron2SNPA AAAAAGGAAGAAAA AA/G
rs6344201
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32336480fPik3ca : Intron2SNPT TTTTTTCTTCTTTT TC/T
rs6357465
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32336600fPik3ca : Intron2SNPA AAAAAGGAA AAAA AA/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs6357487
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32336617fPik3ca : Intron2SNPT TTTTTGGTT TTTT TG/T
rs6357518
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32336632fPik3ca : Intron2SNPT TTTTTCCTT TTTT TC/T
rs6357553
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32336655fPik3ca : Intron1SNP      G A         A/G
rs6357579
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32336673fPik3ca : Intron2SNPC CCCCCCTCCTCCCC CC/T
rs29863595
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32337031fPik3ca : Intron1SNPC CCCC T CCCCCCCCCC/T
rs29863594
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32337108fPik3ca : Intron1SNPT TTTT C TTCTTTTCTC/T
rs29862713
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32337166fPik3ca : Intron1SNPT TTTT C TTTTTTTTTC/T
rs29862712
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32337179fPik3ca : Intron1SNPC CCCC T CCCCCCCCCC/T
rs29862711
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32337346fPik3ca : Intron1SNPC CCCC T CCCCCCCCCC/T
rs29862710
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32337393fPik3ca : Intron1SNPC CCCC G CC CCCC CC/G
rs29862709
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32337453fPik3ca : Intron1SNPA AAAA A AAGAAAA AA/G
rs29862708
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32337966fPik3ca : Intron1SNPA AAAA C AA AAAA AA/C
rs29862707
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32337996fPik3ca : Intron1SNPC CCCC T CC CCCC CC/T
rs29862706
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32338017fPik3ca : Intron1SNPA AAAA G AA AAAA AA/G
rs29862705
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32338251fPik3ca : Intron1SNPC CCCC T CCTCCCCTCC/T
rs29862704
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32338306fPik3ca : Intron1SNPC CCCC T CCCCCCC CC/T
rs29862003
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32338422fPik3ca : Intron1SNPG GGGG A GG GGGG GA/G
rs29862002
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32338727fPik3ca : Coding-Synonymous1SNPG GGGG A GGGGGGG GA/G
rs29862001
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32339275fPik3ca : Intron1SNPT TTTT A TTTTTTTTTA/T
rs29862000
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32339294fPik3ca : Intron1SNPT TTTT C TTTTTTTTTC/T
rs29861999
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32339422fPik3ca : Intron1SNPA AAAA G AAAAAAA AA/G
rs29861998
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32339669fPik3ca : Intron1SNPC CCCC A CCCCCCCCCA/C
rs29861997
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32339770fPik3ca : Intron1SNPT TTTT C TTCTTTT TC/T
rs29861996
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32339891fPik3ca : Intron1SNPG GGGG T GGGGGGGGGG/T
rs29861995
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32339906fPik3ca : Intron1SNPC CCCC C CCTCCCCTCC/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs29861994
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32339998fPik3ca : Intron1SNPA AAAA A AAGAAAA AA/G
rs29861313
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32340247fPik3ca : Intron1SNPA AAAA G AAGAAAA AA/G
rs29861312
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32340292fPik3ca : Intron1SNPT TTTT T TTGTTTTGTG/T
rs29861311
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32340294fPik3ca : Intron1SNPT TTTT C TTCTTTT TC/T
rs30201993
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32341702fPik3ca : Coding-Synonymous1SNP GG   G  A        A/G
rs29861310
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32342014fPik3ca : Intron1SNPG GGGG A GGAGGGGAGA/G
rs29861309
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32342221fPik3ca : Intron1SNPT TTTT C TTCTTTTCTC/T
rs29861308
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32342409fPik3ca : Intron1SNPG GTGG G T GGGTGGGG/T
rs29861307
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32342614fPik3ca : Coding-Synonymous1SNPG GGGG   G AGGGGAGA/G
rs29861306
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32342910fPik3ca : Intron2SNPGGGTGGGG ? GGGTGGGC/G/T
rs29861305
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32343197fPik3ca : Intron1SNPC CCCC C C TCCCCTCC/T
rs29861304
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32344040fPik3ca : Intron1SNPA AAAA   A GAAAA AA/G
rs29860463
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32344425fPik3ca : Intron1SNPC   CC   G GC  CGGC/G
rs29860462
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32345366fPik3ca : Intron1SNPC CCCC C CCGCCCC CC/G
rs31643889
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32345435fPik3ca : Intron1SNP GA   G  G        A/G
rs29860461
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32345636fPik3ca : Intron1SNPC CCCC   C TCCCC CC/T
rs29860460
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32346756fPik3ca : Intron1SNPA AAAA   A GAAAA AA/G
rs29860459
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32349024fPik3ca : Intron1SNPT TTTT   T CTTTT TC/T
rs30210635
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32349667fPik3ca : Intron1SNP CT      C        C/T
rs29860458
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32350645fPik3ca : Intron2SNPG AGGAG  GAGAGGG GA/G
rs29860457
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32351726fPik3ca : Intron1SNPT TTTT   T ATTTT TA/T
rs29860456
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32352111fPik3ca : Intron1SNPG GGGG A GGGGGGGGGA/G
rs29860455
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32352168fPik3ca : Intron1SNPG GGGG A GGGGGGGGGA/G
rs29860454
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32352424fPik3ca : Intron1SNPC CCCC T CCTCCCCTCC/T
rs29859463
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32352579fPik3ca : Intron1SNPA AAAA T AAAAAAAAAA/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs29859462
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32352743fPik3ca : Intron1SNPA AAAA G AAGAAAAGAA/G
rs29859461
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32353064fPik3ca : Intron1SNPT TTTT C TTCTTTTCTC/T
rs29859460
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32353223fPik3ca : Intron1SNPG GGGG G GGAGGGGAGA/G
rs29859459
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32353257fPik3ca : Intron1SNPG GGGG G GGAGGGGAGA/G
rs29859458
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32353292fPik3ca : Intron1SNPC CCCC T CCCCCCCCCC/T
rs29859457
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32353503fPik3ca : Intron1SNPT TGTT G GGGTTGTGTG/T
rs31694715
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32353525fPik3ca : Intron1SNP CT               C/T
rs29859456
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32353532fPik3ca : Intron1SNPC AACA C AACACACCCA/C
rs29859455
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32353539fPik3ca : Intron1SNPA AAAA G AAAAAAAAAA/G
rs30610758
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32353892fPik3ca : Intron1SNP GG      C        C/G
rs31236588
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32353892fPik3ca : Intron1SNP GG      C        C/G
rs31554042
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32353892fPik3ca : Intron1SNP CG      G        C/G
rs29859454
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32354133fPik3ca : Intron1SNPT TTTT C TTCTTTTCTC/T
rs29858423
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32354479fPik3ca : Intron1SNPC CCCC A CCACCCCACA/C
rs29858422
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32354541fPik3ca : Intron1SNPG GGGG G GGAGGGGAGA/G
rs29858421
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32354556fPik3ca : Intron1SNPT TTTT C TTCTTTTCTC/T
rs29858420
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32354909fPik3ca : Intron1SNPA AAAA C AAAAAAAAAA/C
rs29858419
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32355011fPik3ca : Intron1SNPT TTTT T TTTTTTTGTG/T
rs29858418
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32355166fPik3ca : Intron1SNPT GTTG T TTTGTTTTTG/T
rs29858417
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32355226fPik3ca : Intron1SNPG GGGG G GGAGGGGAGA/G
rs29858416
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32355313fPik3ca : Intron1SNPC CCCC C CCGCCCCGCC/G
rs29858415
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32356205fPik3ca : Intron1SNPA AAAA   AATAAAATAA/T
rs29858414
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32356232fPik3ca : Intron1SNPG GGGG A GGAGGGGAGA/G
rs31292377
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32356657fPik3ca : Intron1SNP CT      C        C/T
rs29865631
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32357256fPik3ca : Intron1SNPG GGGG A GGAGGGGAGA/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs29865630
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32357474fPik3ca : Intron1SNPG GGGG G GG GGGGA A/G
rs29865629
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32358108fPik3ca : Intron1SNPG GGGG G GGTGGGGTGG/T
rs29865628
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32358628fPik3ca : Intron1SNPG GGGG G GGAGGGGAGA/G
rs29865627
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32358984fPik3ca : Intron1SNPC CCCC C CCGCCCCGCC/G
rs30595216
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32360077fPik3ca : Intron1SNPAAC   A  A        A/C
rs29865626
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32360693fPik3ca : Coding-Synonymous1SNP  AAAA G AAGAAAAGAA/G
rs29865625
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32360785fPik3ca : Intron1SNPG GGGG G GGGGGGGAGA/G
rs29865624
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32361032fPik3ca : Intron1SNPA AAAA G AAGAAAAGAA/G
rs29864813
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32361450fPik3ca : Intron1SNPA AAAA G AAAAAAAAAA/G
rs29864812
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:32361953fPik3ca : Locus-Region1SNPC CCCC T CCCCCCCCCC/T

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
05/22/2013
MGI 5.13
The Jackson Laboratory