About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
Genome Coordinate Discrepancy
The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details).
 Symbol
Name
ID
Gstm1
glutathione S-transferase, mu 1
MGI:95860

102 matching SNPs displayed


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs8261742
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107814718fGstm1 : Locus-Region1SNP CCTTCCTC   C  CC          C/T
rs8261743
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107814772fGstm1 : Locus-Region1SNP GGGGGGGG   G AGG          A/G
rs8261744
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107814804fGstm1 : Locus-Region1SNP GGGGGGGG   G AGG          A/G
rs8261745
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107814932fGstm1 : Locus-Region1SNP GG GGGGG   G AGGG         A/G
rs8261746
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107814945fGstm1 : Locus-Region1SNP AA AAAAA   A CAAA         A/C
rs8261711
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815092fGstm1 : Locus-Region1SNP GGGGGGGG   G AGGG    G    A/G
rs8261712
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815109fGstm1 : Locus-Region7Mixed --------   - C---    -    -/A/C/G
rs8261719
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815201fGstm1 : mRNA-UTR2SNPCCCTTCCTCC CC TCCCCC  T   CC/T
rs8261720
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815222fGstm1 : mRNA-UTR1SNP AAAAAAAA   A CAAA    AC   A/C
rs8261721
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815251fGstm1 : mRNA-UTR1SNP TTTTTTTT   T CTTT    T    C/T
rs8261722
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815261fGstm1 : mRNA-UTR1SNP CCCCCCCC   C TCCC    C    C/T
rs8261723
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815283fGstm1 : mRNA-UTR1SNP AAAAAAAA   A GAAA    A    A/G
rs8261724
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815349fGstm1 : mRNA-UTR1SNP CCCC CCC   C TCCC    CT   C/T
rs8261725
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815357fGstm1 : mRNA-UTR1SNP CCCC CCC   C TCCC    CC   C/T
rs8261727
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815441rGstm1 : mRNA-UTR1SNP  A AA GG   G G GG         A/G
rs8261726
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815565rGstm1 : mRNA-UTR1SNP  T    C      TT           C/T
rs13460013
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815582rGstm1 : mRNA-UTR1SNPAAAG A GAA A      A     A GA/G
rs8261741
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815676rGstm1 : Coding-Synonymous1SNP CCC CCCC   C TCCC         C/T
rs8261740
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815748rGstm1 : Intron1SNP GGGGGGGG   G TGGG    G    G/T
rs8261739
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815750rGstm1 : Intron1Mixed AAAAAAGA   A -AAA    A    -/A/G
rs8261738
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815758rGstm1 : Intron1SNP GGGGGGAG   G GGGG    G    A/G
rs8261737
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815766rGstm1 : Intron1SNP GGGGGGGG   G AGGG    G    A/G
rs8261730
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815771rGstm1 : Intron7Mixed ------G-   - ----    -    -/A/C/G/T
rs8261729
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815827rGstm1 : Intron1IN-DEL G-GG --    - G --    G    -/G
rs8261728
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107815865rGstm1 : Intron1SNP GGGGGGGG   G TGGG    G    G/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs29597558
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107816425fGstm1 : Intron1SNPTTTT T CTT T      TT      TC/T
rs8261749
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107817255rGstm1 : Intron1SNP GGGGGGGG   G CG G         C/G
rs8261748
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107817423rGstm1 : Intron1SNP AAAAAAAA   A TA A         A/T
rs8261747
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107817426rGstm1 : Intron1SNP GGGGGGGG   G CG G         C/G
rs8261750
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107817649fGstm1 : Intron1SNP GGGGGGGG   G GGGG    GA   A/G
rs8261751
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107817650fGstm1 : Intron1SNP GGGGGGGG   G  GGG    GA   A/G
rs8261752
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107817765fGstm1 : Coding-NonSynonymous1SNP AAAAAAAA   A AAAA    AG   A/G
rs8261753
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107817771fGstm1 : Coding-NonSynonymous1SNP AAAAAAAA   A  AAA    AC   A/C
rs8261754
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107817773fGstm1 : Coding-NonSynonymous1SNP AAAAAAAA   A   AA    AT   A/T
rs8261762
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107817857rGstm1 : Intron1SNP GGGGGGAG   G GGGG         A/G
rs29597561
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107817931fGstm1 : Coding-NonSynonymous1SNP   T   T  CT            CCTC/T
rs8261761
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107817937rGstm1 : Coding-NonSynonymous1SNP TTTTTTTT   T ATTT     T   A/T
rs8261760
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107817965rGstm1 : Intron1SNP GGGGGGGG   G CG G    G    C/G
rs8261759
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107817969rGstm1 : Intron1SNP CCCCCCCC   C TCCC         C/T
rs8261758
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107818012rGstm1 : Intron1SNP TTTTTTTT   T CTTT     C   C/T
rs8261757
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107818035rGstm1 : Intron1SNP TTTTTTTT   T TT T    GT   G/T
rs8261756
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107818060rGstm1 : Intron1SNP AAAAAAAA   A GAAA    AA   A/G
rs8261755
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107818097rGstm1 : Intron2SNPTTTTTTTCTT TT CTTTTT   CT  C/T
rs8261767
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107818243rGstm1 : Intron1SNP GGGGGGGG   G AGGG    GG   A/G
rs8261766
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107818307rGstm1 : Intron2SNPGGGAAGGAGG GG AGGGG   A    A/G
rs8261765
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107818308rGstm1 : Intron1SNP GGGGGGGG   G CGGG    GC   C/G
rs8261764
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107818325rGstm1 : Intron1SNP CCCCCCCC   C CCCC    CA   A/C
rs8261763
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107818366rGstm1 : Intron1SNP AAAAAAAA   A G AA    AA   A/G
rs8261768
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107818911fGstm1 : Intron1SNP CCCCC CC   C ACCC    CC   A/C
rs8261769
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107818918fGstm1 : Intron1SNP TTTTT TT   T CTTT    T    C/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs8261770
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107818986fGstm1 : Intron1SNP TTTTT TT   T CTTT    TC   C/T
rs8261771
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819133fGstm1 : Intron1SNP TTTTTTTT   T TTTT    TC   C/T
rs8261772
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819134fGstm1 : Intron1SNP GGGGGGGG   G GGGG    GC   C/G
rs8261773
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819191fGstm1 : Intron2SNPGGGAAGGGGG GG GGGGGG  AGG GA/G
rs16795512
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819410fGstm1 : Intron1SNP TTTTTTTT   TTCTTT  TTT    C/T
rs8261774
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819450fGstm1 : Coding-Synonymous2SNP TTTTT TT   T GTTT    T    G/T
rs29598710
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819504fGstm1 : Coding-Synonymous1SNP AAA A G AAA      A     AAAA/G
rs8261775
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819531fGstm1 : Intron2SNP GGGGGGG    G AGGG    GG   A/G
rs8261776
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819536fGstm1 : Intron1IN-DEL GGGGGGG    G -GGG    GG   -/G
rs8261777
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819558fGstm1 : Intron2SNP TTTTTTTT   T CTTT    TT   C/T
rs8261778
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819603fGstm1 : Intron5Mixed -------    - C---    --   -/A/C/G
rs8261792
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819603fGstm1 : Intron1SNP GGGGGGGG   G CGG      G   C/G
rs8261783
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819615fGstm1 : Intron3SNP TTTTTTCT   TTTTTT  TTTT   C/T
rs8261784
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819677fGstm1 : Intron1IN-DEL AA-A  A    A AAA     A    -/A
rs8261785
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819679fGstm1 : Intron1IN-DEL --A- A-    - A--     -A   -/A
rs8261786
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819703fGstm1 : Intron2SNP AAAAAAAA   A GAAA    AA   A/G
rs8261797
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819715rGstm1 : Intron1SNP CCCCCCCC   C CC C    TC   C/T
rs8261787
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819728fGstm1 : Intron2SNP TTTTTTTT   T CTTT     T   C/T
rs8261788
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819729fGstm1 : Intron2SNP AAAAAAAA   A CAAA     A   A/C
rs8261794
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819767rGstm1 : Intron1SNP CCCCCCCC   C TC C     C   C/T
rs8236519
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819785fGstm1 : Intron2SNP TTTTTTTT   T CTTT    TT   C/T
rs8236520
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819786fGstm1 : Intron2SNP CCTTCCCC   C CCCC    TC   C/T
rs8236521
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819895fGstm1 : Intron2SNP TTTTTTTT   T CTTT    TT   C/T
rs8236522
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819926fGstm1 : Intron2SNP CCCCCCCC   C GCCC    CC   C/G
rs8236523
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819950fGstm1 : Intron2SNP GGGGGGGG   G TGGG    GG   G/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs8236524
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107819956fGstm1 : Intron2SNP CCCCCCCC   C TCCC     C   C/T
rs8261801
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107820033rGstm1 : Intron1SNP CCCCCCCC   C TCCC         C/T
rs8261800
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107820142rGstm1 : Intron1SNP TTTTTTTT   T ATTT    T    A/T
rs8261799
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107820205rGstm1 : Intron1SNP CCCCCCCC   C TCCC    C    C/T
rs8261802
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107820338fGstm1 : Coding-NonSynonymous1SNP GGGGGGGG   G TGGG     G   G/T
rs8236525
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107820445fGstm1 : Intron2SNP CCCCCCCC   C ACCC    CC   A/C
rs8261803
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107820612fGstm1 : Intron1SNP CCC CCCC   C CCCC    TC   C/T
rs8261804
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107820760fGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : mRNA-UTR
1SNP CCC CCCC   C CCCC    CT   C/T
rs8236526
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107820772rGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : mRNA-UTR
2SNP AAAAAAAA   A TAAA    AA   A/T
rs8236527
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107820775rGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : mRNA-UTR
2SNP AAAAAAAA   A GAAA    AA   A/G
rs8261805
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107820935fGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1SNP GGGGGGGG   G AGGG    GA   A/G
rs8261806
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107820991fGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1SNP TTTTTTTT   T GTTT    TT   G/T
rs8261807
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107820997fGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1SNP CCCCCCCC   C TCCC    CC   C/T
rs8261808
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107821045fGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1SNP TTTTTTTT   T GTTT    T    G/T
rs8261809
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107821063fGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
2SNPGGGGGGGCGG GG GGGGG   G    C/G
rs16802400
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107821099fGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1SNP TTTTTTT    TTTTTT  TTTG   G/T
rs16802401
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107821118fGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1SNP CCCCCCTC   CCCCCC  CCC    C/T
rs8261810
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107821126fGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
2SNP TTTTTTTT   TTCTTT  TTT    C/T
rs8245149
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107821206rGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1SNP CCCCCCAC   C CCCC    CC   A/C
rs8245148
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107821239rGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1SNP AAAAAAAA   A GAA     AA   A/G
rs8245147
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107821244rGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1SNP CCCCCCCC   C TCCC    CC   C/T
rs8245146
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107821249rGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1SNP CCCCCCCC   C TCCC    CC   C/T
rs8245145
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107821259rGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1IN-DEL --AA----   - ----    A-   -/A
rs8245144
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107821262rGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1SNP AAAAAAAA   A GAAA    AG   A/G
rs29599765
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107821289fGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1SNPGGGT G GGG G      GG      GG/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs8245143
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107821339rGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1SNP  TTTTT     T C T     TT   C/T
rs8245142
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:107821340rGm12502 : Locus-Region
Gstm1 : Locus-Region
1SNP CCCCCCC    C TCC     CC   C/T

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
05/22/2013
MGI 5.13
The Jackson Laboratory