About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
Genome Coordinate Discrepancy
The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details).
 Symbol
Name
ID
Cfc1
cripto, FRL-1, cryptic family 1
MGI:109448

112 matching SNPs displayed


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs40306793
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34590809fCfc1 : Locus-Region1SNPC CCCA   C CCCA        C                 C C    C A/C
rs38775866
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34590823fCfc1 : Locus-Region1SNPG GGGA   G GGGG        G          G      G G    G A/G
rs32219634
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34591174fCfc1 : Locus-Region1SNPC G   G                                           C/G
rs32498408
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34591431fCfc1 : Locus-Region1SNPA G   G                                           A/G
rs31574610
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34591478fCfc1 : Locus-Region2SNPC CCT T  C CCC         C                 C C    C C/T
rs36251032
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34591673fCfc1 : Locus-Region1SNPC CCCT   T CCTT        C          C      C T    T C/T
rs37190222
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34591720fCfc1 : Locus-Region1SNPG GGGA   G GGGA        G                 G A    G A/G
rs37453887
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592183fCfc1 : Locus-Region1SNPG GGGG   A GGAG        G          G      G A    G A/G
rs32125657
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592205fCfc1 : Locus-Region1SNP  C   C    A                                      A/C
rs32723752
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592376fCfc1 : Locus-Region1SNPCCC   C    T                                      C/T
rs31993771
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592384fCfc1 : Locus-Region2SNPTTTTTTT  C ?TCT        T          T      T T    C C/T
rs36986412
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592414fCfc1 : Locus-Region1SNPC CCCT   C CCCT        C          C      C C    C C/T
rs38906549
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592426fCfc1 : Locus-Region1SNPA AAAA   A AAAA        A          A      A T    A A/T
rs31704897
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592475fCfc1 : Locus-Region1SNPCCC   C    T                                      C/T
rs36824115
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592534fCfc1 : mRNA-UTR1SNPA AAA    T AAT         A                 A T    A A/T
rs36924279
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592558fCfc1 : mRNA-UTR1SNPA AAAA   G AAG         A          A      A G    A A/G
rs32467200
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592638fCfc1 : mRNA-UTR2SNPCCCCCCC  C TCC         C          C      C C    C C/T
rs37385782
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592657fCfc1 : mRNA-UTR1SNPC CCCC   T CCCC        C          C      C C    C C/T
rs36791827
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592778fCfc1 : Coding-NonSynonymous1SNPA AAAA   A AAGA        A          A      A G    A A/G
rs37626687
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592828fCfc1 : Intron1SNPT TTTT   G GTG         T          T      T G    T G/T
rs37478891
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592876fCfc1 : Intron1SNPT TTTT   C CT          T          T      T      T C/T
rs36902009
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34592948fCfc1 : Intron1SNPG GGGG   A AGAG        G          G      G A    G A/G
rs39512643
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34593008fCfc1 : Intron1SNPG GGGG   G GGGG        G          G      G T    G G/T
rs37281628
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34593058fCfc1 : Coding-Synonymous1SNPG GGGG   G AGGA        G          G      G G    G A/G
rs38436815
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34593064fCfc1 : Coding-Synonymous1SNPC CCCC   T CCCC        C          C      C T    C C/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs36979110
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34593227fCfc1 : Coding-NonSynonymous1SNPG GGGG   G GGTG        G          G      G G    G G/T
rs31710287
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34593292fCfc1 : Coding-Synonymous2SNPCCCCCCC  T TCTT        C          C      C T    C C/T
rs31623365
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34593338fCfc1 : Coding-NonSynonymous2SNPCCCCCCC  A ACAA        C          C      C A    C A/C
rs32012239
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34593443fCfc1 : Intron2SNPGGGGGGG  G AGGA        G          G      G G    G A/G
rs36772471
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34593450fCfc1 : Intron1SNPG GGGG   G GGAG        G          G      G G    G A/G
rs32648534
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34593627fCfc1 : Intron2SNPAAAAAAA  A CAAC        A          A      A A    A A/C
rs36887816
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34593648fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCAC        C          C      C C    C A/C
rs38946050
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34593879fCfc1 : Intron1SNPA AAAA   A TAAT        A          A      A A    A A/T
rs32015067
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34593904fCfc1 : Intron1SNP TT   T    C                                      C/T
rs38196543
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34594205fCfc1 : Coding-Synonymous1SNPC CCCC   C CCCC        C          C      C T    C C/T
rs37709535
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34594290fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCTC        C          C      C C    C C/T
rs36764524
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34594296fCfc1 : Intron1SNPC CACC   C CCCC        C          C      C C    C A/C
rs36601412
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34594397fCfc1 : Intron1SNPT TTTT   G TTGT        T          T      T T    T G/T
rs37480088
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34594415fCfc1 : Intron1SNPA AAAA   T AATA        A          A      A A    A A/T
rs36327591
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34594448fCfc1 : Intron1SNPG GGGG   C GGCG        G          G      G G    G C/G
rs38221084
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34594461fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCCC        C          C      C G    C C/G
rs36586324
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34594615fCfc1 : Intron1SNPT TTTT   G TTGT        T          T      T T    T G/T
rs36484009
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34594677fCfc1 : Intron1SNPT TTTT   C TTCT        T          T      T T    T C/T
rs36483202
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34594690fCfc1 : Intron1SNPT TTTT   T TTTT        T          T      T C    T C/T
rs37161173
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34594882fCfc1 : Intron1SNPA AAAA   G AAAA        A          A      A A    A A/G
rs38566647
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34594907fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCTC        C          C      C C    C C/T
rs38084315
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34594930fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   A CCAC        C          C      C A    C A/C
rs39003590
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34594949fCfc1 : Intron1SNPG GGGG   A GGAG        G          G      G A    G A/G
rs37940210
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595061fCfc1 : Intron1SNPG GGGG   A GGAG        G          G      G A    G A/G
rs37814946
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595145fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCAC        C          C      C C    C A/C
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs36848521
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595236fCfc1 : Intron1SNPA AAAA   A AATA        A          A      A A    A A/T
rs37237597
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595245fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   T CCCC        C          C      C C    C C/T
rs37033832
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595256fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C ACCA        C          C      C C    C A/C
rs37039255
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595371fCfc1 : Intron1SNPG GGGG   A GGGG        G          G      G G    G A/G
rs37452355
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595391fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCCC        C          C      C T    C C/T
rs36523512
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595428fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCTC        C          C      C T    C C/T
rs36849430
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595482fCfc1 : Intron1SNPA AAAA   A AATA        A          A      A A    A A/T
rs36479765
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595485fCfc1 : Intron1SNPA AAAA   G AAAA        A          A      A A    A A/G
rs38327578
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595522fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCTC        C          C      C C    C C/T
rs38360537
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595531fCfc1 : Intron1SNPT TTTT   C TTCT        T          T      T T    T C/T
rs38472836
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595549fCfc1 : Intron1SNPT TTTT   C TTCT        T          T      T T    T C/T
rs36502663
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595644fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCCC        C          C      C T    C C/T
rs36264012
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595687fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCCC        C          C      C C    T C/T
rs37364373
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34595985fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCCC        C          C      C G    C C/G
rs38273602
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34596085fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   T CCTC        C          C      C C    C C/T
rs37398358
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34596179fCfc1 : Intron1SNPA AAAA   C AACA        A          A      A A    A A/C
rs36455121
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34596206fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCCC        C          C      C T    C C/T
rs36341881
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34596236fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C TCCT        C          C      C C    C C/T
rs37218139
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34596287fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   G CCGC        C          C      C C    C C/G
rs38562997
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34596437fCfc1 : Intron1SNPA AAAA   G GAGG        A          A      A G    A A/G
rs36965056
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34596520fCfc1 : Intron1SNPG GGGG   G GGGG        G          G      G A    G A/G
rs36249672
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34596694fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCCC        C          C      C T    C C/T
rs31697915
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34596820fCfc1 : Intron1SNP  T        C                                      C/T
rs32468342
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34597272fCfc1 : Intron1SNP  G   G    A                                      A/G
rs38747020
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34597621fCfc1 : Intron1SNPT TTTT   C TTCT        T          T      T C    T C/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs36271159
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34597708fCfc1 : Intron1SNPG GGGG     GGCG        G          G      G C    G C/G
rs39155254
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34597742fCfc1 : Intron1SNPT TTTT   C TTCT        T          T      T C    T C/T
rs37015169
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34597772fCfc1 : Intron1SNPG GGGG   A GGGG        G          G      G G    G A/G
rs38260099
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34597888fCfc1 : Intron1SNPG GGGG   A GGGG        G          G      G G    G A/G
rs36425591
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34597944fCfc1 : Intron1SNPT TTTT   C TTTT        T          T      T T    T C/T
rs37603087
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34597951fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCGC        C          C      C C    C C/G
rs38532021
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34598068fCfc1 : Intron1SNPT TTTT   A TT T        T          T      T A    T A/T
rs37643129
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34598138fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   C CCTC        C          C      C C    C C/T
rs36454002
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34598457fCfc1 : Intron1SNPG AAAA   G GAGG        G          G      A G    G A/G
rs36733264
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34598537fCfc1 : Intron1SNP  AAAA   G  AG                           A A    G A/G
rs36781800
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34598593fCfc1 : Intron1SNPA GGGG   A AG A        A          A      G      A A/G
rs38148469
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34598623fCfc1 : Intron1SNPT CCCC   T TCTT        T          T      C T    T C/T
rs36382592
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34598745fCfc1 : Intron1SNPA AAAA   C AAAA        A          A      A C    A A/C
rs37930359
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34598759fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   T CCTC        C          C      C T    C C/T
rs38220196
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34598832fCfc1 : Intron1SNPT CCCC   C CCCC        T          C      C C    C C/T
rs36765759
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34598846fCfc1 : Intron1SNPG GGGG   T GGGG        G          G      G G    G G/T
rs38271175
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34598997fCfc1 : Intron1SNPG GGGG   A GGAG        G          G      G A    G A/G
rs36465513
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34599032fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   A CCCC        C          C      C A    C A/C
rs37942018
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34599068fCfc1 : Intron1SNPA AAAA   G AAGA        A          A      A G    A A/G
rs38228440
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34599095fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   G CCGC        C          C      C G    C C/G
rs36796346
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34599185fCfc1 : Intron1SNPC CCCC   T CCCC        C          C      C C    C C/T
rs36600864
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34599213fCfc1 : Intron1SNPT TTTT   C TTTT        T          T      T T    T C/T
rs36763391
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34599227fCfc1 : Intron1SNPG GGGG   A GGGG        G          G      G G    G A/G
rs36501643
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34599620fCfc1 : Intron1SNPA AAAA   A AAAA        A          A      A G    A A/G
rs32288407
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34599751fCfc1 : Intron2SNP GTTTTT  G GTGG                            G      G/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs32321402
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34599790fCfc1 : Intron2SNPGGGGGGG  G AGGA        G          G      G G    G A/G
rs37166299
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34600796fCfc1 : Intron1SNPC CCCC     CCGC        C          C      C G      C/G
rs39216815
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34600905fCfc1 : Coding-NonSynonymous1SNPT TTTT     TTCT        T          T      T T      C/T
rs4222271
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34601108rCfc1 : mRNA-UTR2SNPT TTTTT  C TTCT       TT          T      T C      C/T
rs4222270
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34601157rCfc1 : Locus-Region3SNP CGGGGG  C CGCC       CC          C      G G      C/G
rs4222269
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34601201rCfc1 : Locus-Region4SNPCCTTTTTTTCCCTCCTTCCTCCCCTTCTTCCTTCCTCCCCCTCCCTCTCTC/T
rs4222268
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34601245rCfc1 : Locus-Region2SNP  TTTTT  T GTGG       GG          G      T G      G/T
rs4222267
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34601277rCfc1 : Locus-Region2SNPA AAAAA  G AAGA       AA          A      A      A A/G
rs4222266
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34601285rCfc1 : Locus-Region1SNP  A AAA  T A          A                           A/T
rs4222265
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34601289rCfc1 : Locus-Region1SNP  T TTT  C T          T                           C/T
rs36241239
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34601391fCfc1 : Locus-Region1SNPG GGGG     GGAG        G          G      G G      A/G
rs4222264
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr1:34601392rCfc1 : Locus-Region1SNP  A AAA  G A          A                           A/G

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
05/08/2013
MGI 5.13
The Jackson Laboratory