About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
Genome Coordinate Discrepancy
The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details).
 Symbol
Name
ID
a
nonagouti
MGI:87853

103 matching SNPs displayed


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33639582
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154837311fa : Locus-Region1SNP GA        A                                         A/G
rs29516126
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154839361fa : mRNA-UTR1SNP AG   G    G                                         A/G
rs29581619
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154839394fa : Intron1SNP GT   T    T                                         G/T
rs33647142
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154840269fa : Intron1SNPA G        G                                         A/G
rs27342022
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154844104fa : Intron1SNP   GAA   A GA A         A            G      A A      A/G
rs6253389
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154845754fa : Intron1SNP      A   G                                          A/G
rs6253415
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154845769fa : Intron1SNP      G   A                                          A/G
rs6253434
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154845778fa : Intron1SNP      C   A                                          A/C
rs27342021
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154845866fa : Intron1SNP  GG       G  A                      G               A/G
rs6266964
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154846012fa : Intron1SNP      A   G                                          A/G
rs6268035
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154846173fa : Intron1SNP      C   T                                          C/T
rs6268038
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154846174fa : Intron1SNP      T   C                                          C/T
rs33170095
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154848309fa : Intron1SNP CT   T    T                                         C/T
rs6373548
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154854914fa : Intron1SNP      A   G                                          A/G
rs6373555
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154854923fa : Intron1SNP      G   A                                          A/G
rs27342012
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154857609fa : Intron2SNPA CCA C    C C          C            C      A C    A A/C
rs33068342
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154857998fa : Intron1SNP AG   G    G                                         A/G
rs32896950
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154858042fa : Intron1SNP GA   A    A                                         A/G
rs32842208
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154858195fa : Intron1SNP AT   T    T                                         A/T
rs33470682
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154858285fa : Intron1SNP AG   G    G                                         A/G
rs27342011
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154858914fa : Intron1SNPC TTCC   C TCTC         T            T      C T    C C/T
rs27342009
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154859067fa : Intron1SNP  CCTT   T C CT         C            C        C      C/T
rs27342010
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154859067fa : Intron1SNPA GGA    G G G          G            G      A G    A A/G
rs27342008
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154859132fa : Intron1SNPT CCT    C C C          C            C      T C    T C/T
rs27342007
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154859345fa : Intron1SNPG GGGG   A GGGG         G            G      G G    G A/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs27342006
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154859389fa : Intron1SNPG AAG    A AGA          A            A      G A    G A/G
rs27342005
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154859402fa : Intron1SNPG AAG    A AGAG         A            A      G A    G A/G
rs32886538
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154859970fa : Intron1SNP T    C    C                                         C/T
rs32829597
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154860076fa : Intron1SNP T    G    G                                         G/T
rs27342004
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154860221fa : Intron2SNPCCTTCCT  C TCTC         T            T      C C    C C/T
rs27342003
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154860959fa : Intron1SNPT CCTT   C CTCT         C            C      T C    T C/T
rs27342002
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154860983fa : Intron1SNPC TTCC   C TCTC         T            T      C C    C C/T
rs27342001
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154861044fa : Intron1SNPG AAGG   G AGAG         A            A      G G    G A/G
rs27342000
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154861075fa : Intron1SNPC TTCC   C TCCC         T            T      C C    C C/T
rs27341999
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154861464fa : Intron1SNPT TTT       TTT         T            T      T C    T C/T
rs27341998
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154861482fa : Intron2SNPGGAAGGA  G AGAG         A            A      G      G A/G
rs32977908
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154861630fa : Intron1SNPTTG   G    G                                         G/T
rs33068333
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154861630fa : Intron1SNPCCG   G    G                                         C/G
rs33756621
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154861630fa : Intron1SNPCCG   G    G                                         C/G
rs33756680
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154861793fa : Intron1SNPTTG   G    G                                         G/T
rs27341997
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154862072fa : Intron1SNPC TTCC   C TCTC         T            T      C T    C C/T
rs27341996
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154862153fa : Intron1SNPG GGGG   G GGGG         G            G      G A    G A/G
rs33355726
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154862177fa : Intron1SNP CT   T    T                                         C/T
rs33528720
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154862267fa : Intron1SNP CT   T    T                                         C/T
rs27341995
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154862296fa : Intron2SNPTTCCTTC  T CTCT         C            C      T C    T C/T
rs27341994
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154862480fa : Intron2SNPGGAAGGA  G AGAG         A            A      G A    G A/G
rs27341993
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154862539fa : Intron1SNPT CCTT   T CTCT         C            C      T C    T C/T
rs27341992
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154862899fa : Intron1SNPA GGGG   G GGGG         G            G      G G    G A/G
rs27341991
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154864296fa : Intron1SNPA GGAA   G GAGA         G            G      A G    A A/G
rs27341990
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154864812fa : Intron1SNPG AAGG     AGAG         A            A      G A    G A/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs27341989
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154867051fa : Intron2SNPT CCT    C CTCT         C            C      T C    T C/T
rs33140809
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154867201fa : Intron1SNPC A   A                                              A/C
rs33752300
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154867201fa : Intron1SNPT C   C                                              C/T
rs27341988
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154867678fa : Intron2SNPTTCCTTC  C C C          C            C      T C    T C/T
rs29720448
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154867689fa : Intron1SNP AG   G                                              A/G
rs27341987
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154868218fa : Intron1SNPA GGA    G GAGA         G            G      A G    A A/G
rs27341986
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154868269fa : Intron1SNP  GGA    G G G          G            G      A G    A A/G
rs33475810
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154868586fa : Intron1SNPAAG   G    G                                         A/G
rs29557205
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154868761fa : Intron1SNPTTC        C                                         C/T
rs27341985
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154868765fa : Intron2SNPGGTTG    G TGTG         T            T      G T    G G/T
rs29625376
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154868890fa : Intron1SNPAAG   G    G                                         A/G
rs27341984
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154869074fa : Intron1SNPG GGGG   A GGGG         G            G      G G    G A/G
rs29718661
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154869849fa : Intron1SNPC T   T    T                                         C/T
rs27341983
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154870959fa : Intron1SNPG GGGG   G  GTG         G            G      G G    G G/T
rs27341982
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154871232fa : Intron1SNPG GGGG   G  GGG         G            G      G A    G A/G
rs13476855
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154871394fa : Coding-NonSynonymous3SNPAAGGAAGGGGGGAGAGAAAGA   GG G GGAAGAGGGGAAGGAAGGAAGGAAA/G
rs27341981
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154871574fa : Intron2SNPAATTAAT  T TATA         T            T      A T    A A/T
rs27341980
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154871639fa : Intron2SNPGGAAGGA  A AGAG         A            A      G A    G A/G
rs27341979
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154871652fa : Intron2SNPTTCCTTC  C CTCT         C            C      T C    T C/T
rs27341978
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154871888fa : Intron2SNPAAGGAAG  G GAGA         G            G      A G    A A/G
rs32974689
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154871970fa : Intron1SNPAAG   G    G                                         A/G
rs27341977
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154872932fa : Intron1SNPC CCCC   A  CCC         C            C      C C    C A/C
rs27341976
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154873061fa : Intron2SNPCCTTCC     TCTC         T            T      C T    C C/T
rs27341975
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154873127fa : Intron2SNPAATTAA   A TATA         T            T      A T    A A/T
rs27341974
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154873403fa : Intron2SNPTTCCTTC  T CTCT         C            C      T T    T C/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs27341973
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154873615fa : Intron2SNPTTGGTTG  G GTGT         G            G      T G    T G/T
rs27341972
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154873748fa : Intron1SNP  TT     C  TTT         T            T      T T    T C/T
rs27341971
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154873750fa : Intron2SNPAAGGAAG    GAGA         G            G      A G    A A/G
rs27341970
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154873851fa : Intron2SNPCCTTCCT  C  CTC         T            T      C C    C C/T
rs32929200
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154874762fa : Intron1SNPAAG   G    G                                         A/G
rs29876654
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154875033fa : Intron1SNPAAG   G    G                                         A/G
rs27341969
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154875368fa : Intron1SNPA AAAA   G  AAA         A            A      A A    A A/G
rs33386381
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154875430fa : Intron1SNP TC   C    C                                         C/T
rs27341968
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154875638fa : Intron1SNPG GGGG   G  GGG         G            G      G C    G C/G
rs27341967
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154875711fa : Intron2SNPAAGG     G   G          G            G      A G    A A/G
rs27341966
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154875756fa : Intron2SNPGGAAGG   A  GAG         A            A      G A    G A/G
rs27341965
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154875813fa : Intron2SNPAAGG     G   G          G            G      A G      A/G
rs27341964
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154875835fa : Intron1SNPG GGGG   A  GGG         G            G      G G    G A/G
rs27341963
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154875861fa : Intron1SNPA AAAA   A  AGA         A            A      A A    A A/G
rs27341962
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154875895fa : Intron2SNPTTCCTT   C CTCT         C            C      T C    T C/T
rs27341961
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154875902fa : Intron1SNPA AAAA   T  AAA         A            A      A A    A A/T
rs27341960
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154875925fa : Intron2SNPGGAAGGA  G AGAG         A            A      G G    G A/G
rs27341959
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154876008fa : Intron1SNPA GGAA   G  AGA         G            G      A G    A A/G
rs27341958
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154876051fa : Intron1SNPG GGGG   G  GAG         G            G        G    G A/G
rs27341957
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154876505fa : Coding-NonSynonymous1SNPA AAAA   A  AAA         A            A      A G    A A/G
rs3090503
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154876669fa : mRNA-UTR2SNPG GGGG   T  GGG      GGGG G G        G      G G    G G/T
rs27341956
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154876860fa : Locus-Region1SNPG CCGG   G  GCG         C            C      G C    G C/G
rs27341955
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154876889fa : Locus-Region1SNPT TTTT   G  TTT         T            T      T T    T G/T
rs27341954
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154876937fa : Locus-Region1SNPC GGCC   C  CGC         G            G      C G    C C/G
rs27341953
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154876959fa : Locus-Region1SNPA TTAA   T  ATA         T            T      A T    A A/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs27341952
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154877005fa : Locus-Region1SNPG AAG    A  GAG         A            A      G A    G A/G
rs27341951
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154877058fa : Locus-Region1SNPC TT         T          T            T      C C    C C/T
rs27341950
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr2:154877247fa : Locus-Region1SNPG AAGG   G  GAG         A            A      G A    G A/G

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
05/08/2013
MGI 5.13
The Jackson Laboratory