About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
Genome Coordinate Discrepancy
The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details).
 Symbol
Name
ID
Pip5k1a
phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, type 1 alpha
MGI:107929

115 matching SNPs displayed


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs30555886
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94861595fPip5k1a : Locus-Region1SNP GA   A  A        A/G
rs31641726
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94861621fPip5k1a : Locus-Region1SNP TC   C  C        C/T
rs30258119
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94861630fPip5k1a : Locus-Region1SNP AC   C  C        A/C
rs33099383
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94862267fPip5k1a : Locus-Region1SNPG      A   G GGGGGA/G
rs33100226
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94862366fPip5k1a : Locus-Region1SNPA      A   C AAACAA/C
rs33100229
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94863900fPip5k1a : mRNA-UTR1SNPC      T     CCC CC/T
rs33100231
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94864369fPip5k1a : Intron1SNPG      C   G GGG  C/G
rs33101134
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94864386fPip5k1a : Intron1SNPC      C   T CCC CC/T
rs30547687
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94864818fPip5k1a : Intron1SNPCCA      A        A/C
rs30019755
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94865730fPip5k1a : Intron2SNPGGA   AA A A GAG AA/G
rs30359866
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94865778fPip5k1a : Intron1SNP CT   T  T        C/T
rs31341813
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94866339fPip5k1a : Intron1SNPTT    A  A        A/T
rs30759278
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94866354fPip5k1a : Intron1SNPAAC   C  C        A/C
rs30659068
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94867709fPip5k1a : Intron1SNP GA   A  A        A/G
rs33094236
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94868494fPip5k1a : Intron1SNPT      T T C TTT TC/T
rs33094238
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94868605fPip5k1a : Intron1SNPT      C   C TC  CC/T
rs33094240
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94868752fPip5k1a : Intron1SNPT      T   C TTTCTC/T
rs33094242
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94868786fPip5k1a : Intron1SNPG      G   A GGGAGA/G
rs31286689
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94868933fPip5k1a : Intron2SNPTTG   GG   G TGTGGG/T
rs30559316
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94869217fPip5k1a : Intron2SNPTTC   CC C C TC  CC/T
rs30054576
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94870099fPip5k1a : Intron2SNPAAC   CC C C AC  CA/C
rs30308568
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94870162fPip5k1a : Intron2SNPAA    GG G G AG GGA/G
rs31337212
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94870227fPip5k1a : Intron2SNPTTC   CC C C TCT CC/T
rs33095293
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94870466fPip5k1a : Intron1SNPA      G   G AG  GA/G
rs33096636
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94871396fPip5k1a : Intron1SNPG      A   A GGG  A/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33096639
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94871455fPip5k1a : Intron1SNPG G    G   A GGGAGA/G
rs33096642
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94871458fPip5k1a : Intron1SNPT T    C   T TT  TC/T
rs33097415
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94871785fPip5k1a : Intron1SNPC      C   T CCC CC/T
rs33097418
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94871819fPip5k1a : Intron1SNPC      T   C CCC  C/T
rs31234705
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94871902fPip5k1a : Intron2SNPCCT   T  T C CT  TC/T
rs31053758
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94871945fPip5k1a : Intron2SNPTTC   CC C C TC  CC/T
rs33098444
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94871967fPip5k1a : Intron1SNPT      G   T T    G/T
rs33098447
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94872243fPip5k1a : Intron1SNPT T    A   T TTTT A/T
rs30213636
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94872313fPip5k1a : Intron2SNPTTC    C      C  CC/T
rs31579178
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94873376fPip5k1a : Intron2SNP TC   CC C G  C GCC/G/T
rs33099465
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94873721fPip5k1a : Intron1SNPT TTTT T TTTTTTTCTC/T
rs33099467
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94873807fPip5k1a : Intron1SNPT TTTT T T C TTTCTC/T
rs33099470
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94873835fPip5k1a : Intron1SNPG GGGG G GGGGG GCGC/G
rs33099472
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94874045fPip5k1a : Intron1SNPC CCCC T CCTCCCCT C/T
rs33100474
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94874073fPip5k1a : Intron1SNPC CCCC G CCCCCCCC C/G
rs30550252
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94874266fPip5k1a : Intron1SNP AG   G  G        A/G
rs33100476
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94874395fPip5k1a : Intron1SNPT TTTT T TTCTTTTTTC/T
rs31243022
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94875052fPip5k1a : Intron2SNPAAGGGGGG GGGGAGGGGA/G
rs33100479
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94875986fPip5k1a : Intron1SNPA AAAA C AA AAAA AA/C
rs33100482
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94876407fPip5k1a : Coding-NonSynonymous1SNPT TTTT T TTTTTTTCTC/T
rs33101554
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94876421fPip5k1a : Coding-Synonymous1SNPC CCCC C CCCCCCCTCC/T
rs31546276
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94876525fPip5k1a : Intron2SNPCCGCCGCC CCCCCCCCCC/G
rs33094225
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94877687fPip5k1a : Intron1SNPT TTTT C TTCTTTTC C/T
rs31738205
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94877906fPip5k1a : Intron2SNPCCTTTTTC TTCCC  CCC/T
rs33094230
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94878373fPip5k1a : Intron1SNPA AAAA G AAGAAAAA A/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33094232
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94878409fPip5k1a : Intron1SNPG GGGG T GGTTGGGTTG/T
rs33095215
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94878496fPip5k1a : Intron1SNPT TTTT C TTTTTTTTTC/T
rs33095217
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94878578fPip5k1a : Intron1SNPA A AA A ACAAAACAAA/C
rs30902173
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94878668fPip5k1a : Intron1SNPAAG   G  G        A/G
rs30105801
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94878679fPip5k1a : Intron1SNPGGA   A  A        A/G
rs30115745
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94879205fPip5k1a : Intron1SNPGGA   A  A        A/G
rs30606061
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94880343fPip5k1a : Intron1SNP G    A  A        A/G
rs33862087
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94880657fPip5k1a : Intron1SNP CT   T           C/T
rs33095220
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94881165fPip5k1a : Intron1SNPA AAA  A AAGAAAAAAA/G
rs30603422
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94881513fPip5k1a : Intron1SNP TC   C  C        C/T
rs33095223
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94882011fPip5k1a : Intron1SNPC CCCC T CCTCCCCTCC/T
rs33096126
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94883894fPip5k1a : Intron1SNPG GGGG G GGCGGGGGGC/G
rs30760659
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94884577fPip5k1a : Intron2SNPTTCCCCC  CC CTCCC C/T
rs30749996
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94885518fPip5k1a : Intron2SNP GCCCCC  CC  GCC  C/G
rs33096131
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94885542fPip5k1a : Intron1SNPT TTTT T TT GTTT TG/T
rs33096133
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94885556fPip5k1a : Intron1SNPG GGGG G GG GGGGTGG/T
rs33097365
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94886882fPip5k1a : Intron1SNPC CCCC A CC CCCCCAA/C
rs6226045
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94887177fPip5k1a : Intron1SNP      T C         C/T
rs30401244
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94887205fPip5k1a : Intron1SNPGGA   A  A        A/G
rs30660442
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94887397fPip5k1a : Intron1SNPGGA   A  A        A/G
rs33097367
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94888966fPip5k1a : Intron1SNPC CCCC G CC GCCC GC/G
rs33097370
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94889115fPip5k1a : Intron1SNPA AAAA G AA AAAA GA/G
rs6262194
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94889208fPip5k1a : Intron2SNPT TTTTTCCTT TTTT  C/T
rs6262312
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94889286fPip5k1a : Intron1SNP      T G         G/T
rs6263370
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94889438fPip5k1a : Intron1SNP      T C         C/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs31597293
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94889797fPip5k1a : Intron1SNPCC    T  T        C/T
rs31726409
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94890289fPip5k1a : Intron1SNPAAG   G           A/G
rs30808056
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94890290fPip5k1a : Intron1SNPAAG   G           A/G
rs31665321
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94890477fPip5k1a : Intron1SNPGGA   A           A/G
rs30706858
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94890620fPip5k1a : Intron1SNPAAG   G           A/G
rs33098434
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94892054fPip5k1a : Intron1SNPA AAAA G AA AAAA  A/G
rs33098436
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94892982fPip5k1a : Intron1SNPT TTTT C TT C TT CC/T
rs33098439
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94893025fPip5k1a : Intron1SNPT TTTT C TT TTTT  C/T
rs33098441
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94893214fPip5k1a : Intron1SNPA AAAA G AA AAAA  A/G
rs31041408
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94893361fPip5k1a : Intron1SNP CG   G  G        C/G
rs31290051
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94895432fPip5k1a : Intron2SNPC TTTTTT TT TCTT TC/T
rs33099445
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94895742fPip5k1a : Intron1SNPG GGGG G GGCGGGGGGC/G
rs33099448
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94895818fPip5k1a : Intron1SNPT TTTT G TTGTTTT TG/T
rs33099450
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94896094fPip5k1a : Intron1SNPA AAAA A AAGAAAAAAA/G
rs33099452
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94897413fPip5k1a : Intron1SNPG GGGG T GG GGGGGGG/T
rs33100325
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94899313fPip5k1a : Intron1SNPT TTTT T TTTCTTTTCC/T
rs33100327
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94899518fPip5k1a : Intron1SNPC CCC  C CCCCCCCGCC/G
rs33100330
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94899745fPip5k1a : Intron1SNPG GGGG G GGAGGGGGGA/G
rs30151263
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94900450fPip5k1a : Intron1SNPTT    T  A        A/T
rs30397838
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94900475fPip5k1a : Intron1SNPCCA      A        A/C
rs31422393
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94900475fPip5k1a : Intron1SNPCCA      A        A/C
rs33100333
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94900629fPip5k1a : Intron1SNPG GGGG G GGGGGGGAGA/G
rs33101265
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94901228fPip5k1a : Intron1SNPA AAAA G AAGAAAAGAA/G
rs33101267
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94901525fPip5k1a : Intron1SNPG GGGG C GGGGGGGC C/G
rs30254325
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94902031fPip5k1a : Intron1SNPGGT   G  T        G/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs33101269
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94902474fPip5k1a : Intron1SNPC CCCC A CCCCCCCCCA/C
rs31197581
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94903661fPip5k1a : Intron1SNP TC      C        C/T
rs33097345
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94905474fPip5k1a : Intron1SNPT TTTT C TTCTTT CCC/T
rs31318484
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94905516fPip5k1a : Intron1SNP  C   T  C        C/T
rs33097348
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94905690fPip5k1a : Intron1SNPA GGGG G GGGGAGGGGA/G
rs33097351
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94906207fPip5k1a : Intron1SNPC  CCC C CCTCCCC CC/T
rs33097353
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94906401fPip5k1a : Intron1SNPT  TTT C TTCTTTTCTC/T
rs30406152
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94906894fPip5k1a : Intron1SNP CT   C  T        C/T
rs33098116
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94907146fPip5k1a : Intron1SNPA AAAA G AAAAAAAA A/G
rs33098119
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94908733fPip5k1a : Intron1SNPC  CCC C  CT C C CC/T
rs30405133
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94908786fPip5k1a : Intron2SNPG GGGG G AGGGGGGGGA/G
rs33098944
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94909281fPip5k1a : Intron1SNPG  GGG T GGGGG GGGG/T
rs33098946
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94909419fPip5k1a : Intron1SNPC  CCC T CCTCC C CC/T
rs33098948
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94909508fPip5k1a : Intron1SNPC  CCC T CCCCCCC CC/T
rs33098950
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr3:94910420fPip5k1a : mRNA-UTR1SNPG  GGG G GGAGGGG GA/G

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
05/08/2013
MGI 5.13
The Jackson Laboratory