About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
Genome Coordinate Discrepancy
The genome coordinates for mouse SNPs are derived from a different NCBI build of the mouse genome than are the genome coordinates for MGI genes. (see details).
 Symbol
Name
ID
Rara
retinoic acid receptor, alpha
MGI:97856

103 matching SNPs displayed


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs16808254
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98809598rRara : Intron1SNP AAAAAAAA AAGAAA AAAAAAA A  A/G
rs16808253
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98809718rRara : Intron1SNP TTTTTTCT TTTTTT TTTTCTT T  C/T
rs16808251
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98809723rRara : Intron2Mixed -----??- --?--- ----?-- -  -/G/T
rs16808250
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98809756rRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808249
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98809789rRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808248
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98809796rRara : Intron1SNP CCCCCCTC CCCCCC CCCCTCC C  C/T
rs16808247
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98809881rRara : Intron1SNP GGGGGGGG GGAGGG GGGGGGG G  A/G
rs16808246
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810064rRara : Intron1SNP GGGGGGGG GGGGGG GGGGAGG G  A/G
rs16808255
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810224fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808256
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810300fRara : Intron1SNP  CCCCCCC CCCC    CCCTCC C  C/T
rs16808257
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810313fRara : Intron1SNP  ACCCCCC CCCCC   CCCCCC C  A/C
rs16808258
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810351fRara : Intron1SNP AG         G AA A  G  G G  A/G
rs16808259
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810358fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808260
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810373fRara : Intron1SNP AG         G AA A     G G  A/G
rs16808261
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810408fRara : Intron1SNP AAAAAAAA AATAAA AAAATAA A  A/T
rs16808262
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810415fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808263
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810416fRara : Intron1SNP CCCCCCGC CCGCCC CCCCCCC C  C/G
rs16808264
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810433fRara : Intron1SNP GGGGGGGG GGAGG   GGGGGG G  A/G
rs16808265
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810452fRara : Intron1SNP  G         G AA A  G  G G  A/G
rs16808266
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810457fRara : Intron1SNP  G         G AA A     G G  A/G
rs16808267
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810465fRara : Intron1SNP GGGGGGTG GGTGGG GGGGTGG G  G/T
rs16808268
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810468fRara : Intron1SNP  G   A     G AA A     G G  A/G
rs16808269
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810494fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808270
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810513fRara : Intron1SNP  TTTTTTT TTTT    TTTCTT T  C/T
rs16808271
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810519fRara : Intron1IN-DEL ------T- T----- ---- -- -  -/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs16808272
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810519fRara : Intron1IN-DEL ------C- C----- ---- -- -  -/C
rs16808273
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810519fRara : Intron1IN-DEL ------C- C----- ---- -- -  -/C
rs16808274
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810519fRara : Intron1IN-DEL ------A- A----  ---- -- -  -/A
rs16808275
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810768fRara : Intron1SNP GGGGG GG AGGGG  GGGGGGG G  A/G
rs16808276
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810786fRara : Intron1SNP TTTTTTTT TTCTT  TTTTTTT T  C/T
rs16808277
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810827fRara : Intron1SNP GGGGGGGG GGAGGG GGGGGGG G  A/G
rs16808278
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810831fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808279
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98810884fRara : Intron1SNP GGGGGGAG GG GGG GGGGAGG G  A/G
rs16808280
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98811150fRara : Intron1SNP GGGGGGAG GGGGGG GGGGAGG G  A/G
rs16808281
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98811198fRara : Intron1SNP GAGGGGGG GGGGGG GGGGGGA A  A/G
rs16808282
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98811199fRara : Intron1SNP TTTTTTGT TTTTTT TTTTTTT T  G/T
rs16808283
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98811227fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808284
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98811924fRara : mRNA-UTR1SNP TTTTT TT TTCTTT TTTTTTT T  C/T
rs16808285
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98812015fRara : Coding-Synonymous1SNP TTTTTTTT TTCTTT TTTTTTT T  C/T
rs16808286
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98812019fRara : Coding-NonSynonymous1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808287
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98812033fRara : Coding-Synonymous1SNP AAAAAAAA AAGAAA AAAAAAA A  A/G
rs16808288
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98812048fRara : Coding-Synonymous1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808289
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98812176fRara : Intron1SNP CCCCCCTC CCCCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808290
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98812267fRara : Intron1SNP GGGGGGGG GGAGGG GGGGGGG G  A/G
rs16808291
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98812320fRara : Intron1SNP TTTTTTTT TTCTTT TTTTTTT T  C/T
rs16808292
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98812363fRara : Intron1SNP TTTTTTTT TTCTTT TTTTTTT T  C/T
rs16808293
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98827278fRara : Intron1IN-DEL ------A- -- --- ------- -  -/A
rs16808294
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98827548fRara : Intron2SNP CCCCCCCC CC CCCCCCCCTCCCCTCC/T
rs29478907
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98827791fRara : Coding-Synonymous1SNPTC      T                   C/T
rs16808295
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98827841fRara : Intron1SNP A AAAAAA AAGAAA AAAAAAA A  A/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs16808296
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98827957fRara : Intron1SNP AGAAAAGA GAGAAA AAAAGAG G  A/G
rs16808297
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98828944fRara : Intron1SNP GGGGGGGG GGCGGG GGGGGGG G  C/G
rs16808298
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98828958fRara : Intron1SNP AAAAAAGA AAGAAA AAAAGAA A  A/G
rs16808299
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98828962fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCACCC CCCCCCC C  A/C
rs16808300
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98829002fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808301
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98829003fRara : Intron1SNP TTTT TTT TTGTTT TTTTTTT T  G/T
rs16808302
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98829061fRara : Intron1SNP GGGGGGGG GGTGGG GGGGGGG G  G/T
rs16808303
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98829176fRara : Intron1SNP  GG G GG  GG  G G   TG     G/T
rs16808304
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98829202fRara : Intron1SNP GGGGGGGG GGGGGG GGGGAGG G  A/G
rs16808305
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98829209fRara : Intron1SNP TCTTTTCT CCCTTT TTTTCTC C  C/T
rs16808306
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98829344fRara : Intron1SNP TTTTTTCT TTTTTT TTTTCTT T  C/T
rs16808307
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98829475fRara : Coding-Synonymous1SNP TTTTTTTT TTCTTT TTTTTTT T  C/T
rs16808308
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98829481fRara : Coding-NonSynonymous1SNP CCCCC CC CCAC C CCCCCCC C  A/C
rs16808309
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98829545fRara : Intron1SNP CCCCCCTC CCCCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808310
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98829718fRara : Intron1SNP GGGGGGGG GGAGGG GGGGGGG G  A/G
rs16808311
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98829764fRara : Intron1SNP TTTTTTTT  TATTT TTTTTTT T  A/T
rs16808312
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98831288fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCGCCC CCCCCCC C  C/G
rs16808313
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98831293fRara : Intron1SNP AAAAAAAA AAGAAA AAAAAAA A  A/G
rs16808314
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98831544fRara : Coding-Synonymous1SNP GGGGGGGG GGCGGG GGGGTGG G  C/G/T
rs16808315
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98831996fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808316
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832017fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808317
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832074fRara : Intron1SNP GGGGGGGG GGGGGG GGGGAGG G  A/G
rs16808318
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832080fRara : Intron1SNP AAAAAAAA AAGAAA AAAAAAA A  A/G
rs16808319
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832091fRara : Intron1Mixed CCCCCC-C CCCCCC CCCCTCC C  -/C/T
rs16808320
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832184fRara : Intron1SNP AAAAAAAA AAGAAA AAAAAAA A  A/G
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs16808321
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832206fRara : Intron1IN-DEL CCCCCCCC CC-CCC CCCCCCC C  -/C
rs16808322
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832207fRara : Intron1IN-DEL AAAAAAAA AA-AAA AAAAAAA A  -/A
rs16808323
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832217fRara : Intron2Mixed -------- --?--- ------- -  -/A/T
rs16808325
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832306fRara : Intron5Mixed ???????? ??A??? ??????? ?  -/A/C/G/T
rs16808330
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832321fRara : Intron1SNP AAAAAAAA AATAAA AAAAAAA A  A/T
rs16808331
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832328fRara : Intron1SNP GGGGGGGG GGAGGG GGGGGGG G  A/G
rs16808332
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832412fRara : Intron1SNP TTTTTTTT TTGTTT TTTTTTT T  G/T
rs16808333
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832418fRara : Intron1SNP AAAAAAAA AAGAAA AAAAAAA A  A/G
rs16808334
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832461fRara : Intron1SNP TTTTTTTT TTCTTT TTTTTTT T  C/T
rs16808335
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832469fRara : Intron1SNP GGGGGGGG GGCGGG GGGGGGG G  C/G
rs27026032
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832541fRara : Intron1SNP  G      C              G C C/G
rs16808336
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832652fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCGCCC CCCCCCC C  C/G
rs16808337
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832667fRara : Intron1SNP TTTTTTCT TTCTTT TTTTCTT T  C/T
rs16808338
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98832814fRara : Intron1SNP GGGGGGGG GGAGGG GGGGGGG G  A/G
rs16808339
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98833239fRara : Intron1SNP GGG   GG   AG G     GG  G  A/G
rs16808340
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98833280fRara : Intron1SNP CC    TC   TC C C CCTC  C  C/T
rs16808341
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98833451fRara : Intron1SNP AAAAAAAA  AGAAA AAAAAAA A  A/G
rs16808342
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98833467fRara : Intron11Mixed --------  -A--- ------- -  -/A/C/G/T
rs16808353
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98833507fRara : Intron1SNP GGGGGGGG  GTGGG GGGGGGG G  G/T
rs16808354
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98833681fRara : Intron1SNP AAAAAAAA  AGAAA AAAAAAA A  A/G
rs16808355
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98833821fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808356
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98834031fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCCCCC CCCCTCC C  C/T
rs16808357
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98834039fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCCCCC CCCCTCC C  C/T
rs16808358
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98834101fRara : Intron1SNP CCCCCCTC CCACCC CCCCACC C  A/C/T
rs16808359
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98834112fRara : Intron1SNP CCCCCCTC CCCCCC CCCCTCC C  C/T
SNP ID
(dbSNP Build 128)
Map Position
(NCBI Build 37)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs16808360
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98834209fRara : Intron1SNP CCCCCCCC CCTCCC CCCCCCC C  C/T
rs16808361
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98834211fRara : Intron1SNP TTTTTTCT TTTTTT TTTTCTT T  C/T
rs16808362
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr11:98834253fRara : Intron1SNP TTTTTTTT TTTTTT TTTTGTT T  G/T

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
05/22/2013
MGI 5.13
The Jackson Laboratory