About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
 Symbol
Name
ID
Otx2
orthodenticle homolog 2
MGI:97451

63 matching SNPs displayed
Full result set is also available in a tab-delimited format.


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs251387441
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48655808fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 1871 bp downstream of
sunk : within coordinates of
1SNP              A   G    A/G
rs222032551
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48655974fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 1705 bp downstream of
sunk : within coordinates of
1SNP              T   C    C/T
rs46585133
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48656020fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 1659 bp downstream of
sunk : within coordinates of
1SNP C       C             C
rs48946557
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48656062fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 1617 bp downstream of
sunk : within coordinates of
3SNP T    T CT C  T C T   TC/T
rs51486233
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48656213fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 1466 bp downstream of
sunk : within coordinates of
2SNP T       T    T   T    T
rs52320406
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48656552fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 1127 bp downstream of
sunk : within coordinates of
1SNP  A      A             A
rs46106806
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48656657fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 1022 bp downstream of
sunk : within coordinates of
3SNPG GGG G GGGAG G AAG GGGA/G
rs48704520
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48656719fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 960 bp downstream of
sunk : within coordinates of
2SNPA AAA A AAGAG G AAA GAAA/G
rs48287989
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48656781fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 898 bp downstream of
sunk : within coordinates of
1SNPT TTT   C TTT   TT  TT C/T
rs254561538
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48657231fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 448 bp downstream of
sunk : within coordinates of
1SNP              T   T    T
rs223211741
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48657235fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 444 bp downstream of
sunk : within coordinates of
1SNP              C   C    C
rs46613103
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48657471fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 208 bp downstream of
sunk : within coordinates of
2SNP  TTT T TTATA A TTT ATTA/T
rs30798879
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48657627fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 52 bp downstream of
sunk : within coordinates of
4SNPTTTTT TCCTTCT T CCT TTTC/T
rs232792174
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48657842fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
1SNP              T   T    T
rs31501120
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48657844fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
1SNP TT    A T             A/T
rs252642691
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48658377fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : mRNA-UTR
sunk : within coordinates of
1SNP              A   C    A/C
rs30192180
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48659117fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Coding-Synonymous
sunk : within coordinates of
3SNP AA    G A    A   A    A/G
rs30544845
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48659135fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Coding-Synonymous
sunk : within coordinates of
4SNPGGG   GA GGAG G AAG G GA/G
rs30554353
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48659181fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Coding-NonSynonymous
sunk : within coordinates of
3SNP GG    C G    G   G    C/G
rs52175934
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48659559fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
3SNPTTTTT T CTCCC C CCT C CC/T
rs232983306
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48659626fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
1SNP              C   G    C/G
rs52217375
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48659691fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
2SNP AA           G   A    A/G
rs31202309
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48660079fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
4SNPTTTTT TCTTTCT T CCT TTTC/T
rs247991589
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48660231fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
1SNP              T   G    G/T
rs30893125
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48660351fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
3SNP CC    T C    C   C    C/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs31507902
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48660369fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
3SNP TT    C      C   T    C/T
rs30905344
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48660370fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
3SNP CC    T      C   C    C/T
rs47011554
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48660847fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
2SNPG GGG G GGGTG G TTG GGGG/T
rs30304496
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48660920fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
1SNP  C    G C             C/G
rs30996635
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48660955fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
3SNP  T    C T    T   T    C/T
rs31523107
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48661416fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Coding-Synonymous
sunk : within coordinates of
4SNPA AAA ATAAATA A TTA AAAA/T
rs31533221
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48661798fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
4SNPCCCCC CTCCCTC C TTC CCCC/T
rs30295275
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48661833fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
4SNPGGGGG GCGGGCG G CCG GGGC/G
rs256976751
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48662090fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
1SNP              T   C    C/T
rs51645689
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48662343fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
3SNPCCCCC C CCTCT T CCC TCCC/T
rs30877041
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48662409fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Intron
sunk : within coordinates of
3SNP GG    T G    G   T    G/T
rs51821647
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48662623fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : mRNA-UTR
sunk : within coordinates of
2SNP GG      G    A   G    A/G
rs30204436
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48662671fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : mRNA-UTR
sunk : within coordinates of
3SNP AA    G A    G   A    A/G
rs8244142
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48663192rA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
5SNPCCCCCCCTCC TCCC TTCCCCCC/T
rs8244141
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48663220rA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
1IN-DEL  T TTT TT   -     T   -/T
rs8244140
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48663223rA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
1IN-DEL  T TTT -T   T     T   -/T
rs8244139
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48663566rA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
1IN-DEL     A A     -     -   -/A
rs51638239
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48663821fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
3SNPTTTTT T TTTCT T CCT T TC/T
rs8244138
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48663912rA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
3SNP TT TTT CT   CCT  T    C/T
rs8244137
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48663924rA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
1SNP  G GGG AG   G         A/G
rs52152078
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48664000fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
1SNP              T   G    G/T
rs264328197
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48665040fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : within coordinates of
sunk : within coordinates of
1SNP              A   C    A/C
rs30541876
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48665178fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : within coordinates of
sunk : within coordinates of
2SNP G     A G    A   G    A/G
rs234215269
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48666068fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : within coordinates of
sunk : within coordinates of
1SNP              G   T    G/T
rs31237610
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48666494fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : within coordinates of
sunk : within coordinates of
3SNP  A    G A    G   A    A/G
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs31464452
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48666803fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : within coordinates of
sunk : within coordinates of
4SNPTTTTT TCCTCCC C CCT CT C/T
rs238339850
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48667942fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 298 bp upstream of
Otx2os1 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
1SNP              A   G    A/G
rs47760407
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48668136fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 492 bp upstream of
Otx2os1 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
2SNP  A           A   A    A
rs48602831
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48668312fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 668 bp upstream of
Otx2os1 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
2SNP  G           G   G    G
rs49874208
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48668449fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 805 bp upstream of
Otx2os1 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
2SNPG GGG G GGGCG G CCG GGGC/G
rs47854907
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48668482fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 838 bp upstream of
Otx2os1 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
1SNP      G C  C    CC     C/G
rs266086484
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48668548fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 904 bp upstream of
Otx2os1 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
1SNP              G   A    A/G
rs232887603
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48668663fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 1019 bp upstream of
Otx2os1 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
1SNP              G   A    A/G
rs244574016
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48668664fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 1020 bp upstream of
Otx2os1 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
1SNP              A   G    A/G
rs256272813
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48668996fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 1352 bp upstream of
Otx2os1 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
1SNP              G   C    C/G
rs46500471
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48669037fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 1393 bp upstream of
Otx2os1 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
2SNP TT      T    T   T    T
rs45808419
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48669071fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 1427 bp upstream of
Otx2os1 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
1SNP AA      A             A
rs51954470
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr14:48669074fA930006J02Rik : within coordinates of
Otx2 : 1430 bp upstream of
Otx2os1 : Locus-Region
sunk : within coordinates of
2SNP CC      C    G   C    C/G

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
07/01/2014
MGI 5.18
The Jackson Laboratory