About   Help   FAQ
Mouse SNPs
Query Results -- Summary
 Symbol
Name
ID
Col1a2
collagen, type I, alpha 2
MGI:88468

90 matching SNPs displayed
Full result set is also available in a tab-delimited format.


Legend
 Results are sorted by chromosome/coordinate value. Chromosome transitions are marked by blank rows.
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs243762058
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4503962fCol1a2 : Locus-Region
Sig : within coordinates of
1SNP      TA A/T
rs261862333
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4504414fCol1a2 : Locus-Region
Sig : within coordinates of
1SNP      CT C/T
rs32456814
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4504465fCol1a2 : Locus-Region
Sig : within coordinates of
1SNP      GT G/T
rs245646429
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4504471fCol1a2 : Locus-Region
Sig : within coordinates of
1SNP      AG A/G
rs259066605
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4504510fCol1a2 : Locus-Region
Sig : within coordinates of
1SNP      AG A/G
rs51077798
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4504537fCol1a2 : Locus-Region
Sig : within coordinates of
2SNP T   TGT G/T
rs30517328
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4504540fCol1a2 : Locus-Region
Sig : within coordinates of
3SNPGG T GGG G/T
rs32456815
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4504721fCol1a2 : Locus-Region
Sig : within coordinates of
1SNP      GC C/G
rs234815360
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4504744fCol1a2 : Locus-Region
Sig : within coordinates of
1SNP      GA A/G
rs254411272
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4504768fCol1a2 : Locus-Region
Sig : within coordinates of
1SNP      AG A/G
rs214072098
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4505123fCol1a2 : Locus-Region
Sig : within coordinates of
1SNP      AG A/G
rs232370283
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4505246fCol1a2 : Locus-Region
Sig : within coordinates of
1SNP      TC C/T
rs32456818
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4505363fCol1a2 : Locus-Region
Sig : within coordinates of
1SNP      TA A/T
rs32456822
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4506033fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      CA A/C
rs234759618
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4506159fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      TC C/T
rs32457594
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4506233fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      CG C/G
rs32457595
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4506254fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      CT C/T
rs240834971
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4506374fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      GA A/G
rs30515437
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4506528fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNP CCT CCCCC/T
rs219404592
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4506546fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      CG C/G
rs32454399
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4508317fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
2SNP TT  TCT C/T
rs30064148
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4508700fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
2SNP AAG  GA A/G
rs228054965
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4509666fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      AG A/G
rs6186117
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4509941fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP   CT    C/T
rs6186547
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4509963fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
4SNP CCTCCCC C/T
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs6199303
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4510065fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP   AG    A/G
rs264450852
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4510067fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      TC C/T
rs6199900
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4510209fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP   CT    C/T
rs32455316
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4510279fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      TC C/T
rs6200457
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4510313fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP   CT    C/T
rs32455317
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4510432fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      AG A/G
rs213813896
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4510749fCol1a2 : Coding-Synonymous
Sig : within coordinates of
1SNP      TC C/T
rs226263768
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4511691fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      TG G/T
rs30666252
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4511895fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
2SNPTTTG    GG/T
rs245481754
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4512743fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      AG A/G
rs216199048
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4512775fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      TC C/T
rs234718591
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4513339fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      AC A/C
rs264415818
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4513942fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      TC C/T
rs212429680
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4513944fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      CA A/C
rs235850941
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4513993fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      GA A/G
rs30119906
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4514195fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNP AAT AAA A/T
rs6275208
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4514790fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP   GA    A/G
rs30907113
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4515294fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNP CCA CAC A/C
rs239491447
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4515443fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      GA A/G
rs252648656
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4515446fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      AG A/G
rs221713422
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4515513fCol1a2 : Coding-Synonymous
Sig : within coordinates of
1SNP      GA A/G
rs30519867
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4515717fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNP GGT  TG G/T
rs30119445
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4516038fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNPGGGT  TG G/T
rs30949223
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4516068fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNPCCCG  GC C/G
rs245070299
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4516591fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      AG A/G
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs30564406
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4517941fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNP GGA GGG A/G
rs32456290
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4519356fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
2SNP A   AAA A
rs30809337
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4519375fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNPTT G TTT G/T
rs30562067
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4519715fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNP C A CCC A/C
rs30467654
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4519939fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNP A G AAA A/G
rs30611181
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4520165fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNP TTC TTT C/T
rs30573489
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4520294fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
2SNP GGT  GG G/T
rs29886656
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4520346fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNP  GA  GG A/G
rs46980807
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4520403fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      TC C/T
rs29880110
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4520412fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
2SNP  GA  GA A/G
rs32456291
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4520575fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
2SNP  C   CC C
rs29921052
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4520671fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNP AAG  AA A/G
rs30804543
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4520699fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNP TTC  TT C/T
rs30119862
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4521557fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNP CCT CCC C/T
rs30906868
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4521839fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNP TTA TTT A/T
rs30214896
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4521948fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNP TTC TTT C/T
rs32458004
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4522156fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
2SNP  A  AAA A
rs52408990
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4522236fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP  T  T   T
rs30035607
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4523027fCol1a2 : Coding-Synonymous
Sig : within coordinates of
3SNP TTC TTT C/T
rs32458005
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4523249fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP      AG A/G
rs32458006
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4523599fCol1a2 : Coding-Synonymous
Sig : within coordinates of
1SNP      CT C/T
rs30070257
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4523660fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNPTTTG TTT G/T
rs49546097
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4526346fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP TT     GG/T
rs30170734
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4527999fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
2SNP A T T   A/T
rs32459902
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4529293fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP A   A  GA/G
SNP ID
(dbSNP Build 137)
Map Position
(GRCm38)
Gene : dbSNP Function ClassAssays
(ss)
Variation
Type
Allele
Summary
(all strains)
rs47253841
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4529537fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP G   G  AA/G
rs46682617
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4529558fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP T      CC/T
rs49848702
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4529612fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP AA  A  GA/G
rs50720367
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4529613fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP CC  C  TC/T
rs49789136
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4530235fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP CC  C  AA/C
rs32460779
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4530255fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP GG  G  CC/G
rs32460780
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4530283fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP        CC
rs49885471
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4530402fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP TT  T  GG/T
rs30845823
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4535033fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
3SNPAAAG AAA A/G
rs6353520
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4537576fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP   AG    A/G
rs6354093
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4537685fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP   AT    A/T
rs6354459
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4537692fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP   CT    C/T
rs50064243
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4538268fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP  A     GA/G
rs32458465
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4538325fCol1a2 : Intron
Sig : within coordinates of
1SNP  A     GA/G
rs13459049
MPD | dbSNP | MGI SNP Detail
Chr6:4540674fCol1a2 : mRNA-UTR
Sig : within coordinates of
3SNP AAC AAA A/C

Contributing Projects:
Mouse Genome Database (MGD), Gene Expression Database (GXD), Mouse Tumor Biology (MTB), Gene Ontology (GO), MouseCyc
Citing These Resources
Funding Information
Warranty Disclaimer & Copyright Notice
Send questions and comments to User Support.
last database update
08/19/2014
MGI 5.19
The Jackson Laboratory